125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3422 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3422  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  100 
 
 
307 aa  617  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.492214  normal  0.457991 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2030  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  85.34 
 
 
308 aa  530  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  81.11 
 
 
308 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.790294  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0880  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  73.87 
 
 
311 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6301  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  65.26 
 
 
309 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.587139 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  60.46 
 
 
300 aa  354  1e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0387  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  58.17 
 
 
300 aa  352  4e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.366425  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0793  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.8 
 
 
300 aa  351  8.999999999999999e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.824687  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1981  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.61 
 
 
307 aa  309  4e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1819  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.81 
 
 
299 aa  295  7e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2155  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.49 
 
 
299 aa  292  6e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal  0.0964958 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0078  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  49.51 
 
 
307 aa  290  3e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1771  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  49.84 
 
 
299 aa  288  9e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0518  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  49.51 
 
 
299 aa  288  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.423522  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3322  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  50.16 
 
 
299 aa  288  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.332476 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1802  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.16 
 
 
299 aa  287  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.354155  normal  0.923595 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01591  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  49.02 
 
 
294 aa  283  3.0000000000000004e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.992733  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5765  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.32 
 
 
299 aa  280  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5991  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  49.68 
 
 
299 aa  279  5e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823433  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0451  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  46.28 
 
 
297 aa  275  5e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1148  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  45.48 
 
 
299 aa  267  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0845  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  46.91 
 
 
299 aa  264  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2362  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  46.43 
 
 
296 aa  264  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3918  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  44.84 
 
 
303 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0692  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.72 
 
 
299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2585  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.82 
 
 
310 aa  206  3e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0175933  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0861  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.81 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4824  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.85 
 
 
303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1966  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.85 
 
 
304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0167068  normal  0.26132 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0379  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.02 
 
 
303 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0404  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.02 
 
 
303 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295796  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2252  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.97 
 
 
305 aa  192  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.544865  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0408  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.7 
 
 
303 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6247  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.12 
 
 
310 aa  188  9e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0289  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.58 
 
 
311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.625234 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4035  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.85 
 
 
304 aa  183  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.476112  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2453  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.42 
 
 
300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.743561  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41670  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.7 
 
 
302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129417  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6509  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.12 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62343  normal  0.0320725 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0512  coenzyme PQQ synthesis protein B  35.67 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4671  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.35 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6165  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.87 
 
 
307 aa  178  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.494701  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5898  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.87 
 
 
307 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.323021 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1699  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.66 
 
 
305 aa  177  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.459515 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.42 
 
 
303 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3246  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.94 
 
 
307 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.94 
 
 
307 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1765  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3308  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.13 
 
 
304 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.94 
 
 
307 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2467  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.83 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.177654 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38820  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.81 
 
 
304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0732  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.17 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115489  normal  0.0583771 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.94 
 
 
307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824566  normal  0.0122877 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1683  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.9 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0245  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.22 
 
 
304 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109677 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1779  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.87 
 
 
305 aa  169  6e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.398534  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  33.86 
 
 
304 aa  168  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00766153  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2489  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  34.48 
 
 
305 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2095  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  34.48 
 
 
305 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283708  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2620  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  34.7 
 
 
309 aa  163  3e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3056  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.28 
 
 
307 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2174  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  33.98 
 
 
294 aa  152  8.999999999999999e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0898  coenzyme PQQ synthesis protein B  23.03 
 
 
311 aa  63.5  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3277  beta-lactamase domain protein  23.34 
 
 
253 aa  62  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1711  coenzyme PQQ synthesis protein B  24.69 
 
 
320 aa  59.7  0.00000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.290303 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2465  metallo-beta-lactamase family protein  35.29 
 
 
251 aa  57.8  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1343  lipoate-protein ligase B  29.91 
 
 
492 aa  57.8  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1016  hypothetical protein  26.32 
 
 
239 aa  57.4  0.0000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1792  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  33.07 
 
 
280 aa  55.5  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000635041 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0878  beta-lactamase domain protein  31.75 
 
 
261 aa  55.5  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0553  beta-lactamase domain-containing protein  25.31 
 
 
251 aa  54.7  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.189756  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2582  beta-lactamase domain protein  26.07 
 
 
239 aa  53.5  0.000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.401562 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2057  beta-lactamase domain-containing protein  32.67 
 
 
259 aa  53.5  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0199  phosphonate metabolism  26.4 
 
 
286 aa  53.1  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0038087  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0765  Beta-lactamase-like  31.37 
 
 
264 aa  53.5  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2630  beta-lactamase-like  29.37 
 
 
260 aa  53.1  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.521897  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0013  beta-lactamase domain protein  22.03 
 
 
253 aa  51.6  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.173708 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4141  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  29.93 
 
 
251 aa  51.2  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0205  beta-lactamase domain protein  28.21 
 
 
270 aa  51.2  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2787  metal-dependent hydrolase  23.26 
 
 
254 aa  50.4  0.00004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.145562 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2010  beta-lactamase domain protein  28.95 
 
 
257 aa  50.4  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1876  beta-lactamase domain protein  39.68 
 
 
261 aa  50.1  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2496  beta-lactamase domain protein  27 
 
 
252 aa  49.7  0.00007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00269298  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3330  beta-lactamase domain protein  30.39 
 
 
253 aa  49.3  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0528  ATP-binding protein PhnP  26.39 
 
 
246 aa  48.9  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0135  beta-lactamase domain protein  39.34 
 
 
252 aa  48.5  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0432  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  27.86 
 
 
260 aa  48.5  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0467  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  27.86 
 
 
260 aa  48.5  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.169568  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0580  metallo-beta-lactamase family protein  39.34 
 
 
264 aa  48.1  0.0002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2297  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  27.21 
 
 
251 aa  48.1  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11000  beta-lactamase domain protein  29.37 
 
 
252 aa  47.8  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00714887  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0540  PhnP protein  32.76 
 
 
253 aa  47.8  0.0002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.14987  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3413  beta-lactamase domain-containing protein  27.78 
 
 
255 aa  47.8  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.615146  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2878  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  27.27 
 
 
254 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0485  beta-lactamase domain-containing protein  31.25 
 
 
240 aa  47.4  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.300873  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1284  beta-lactamase domain protein  25.71 
 
 
254 aa  47.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.105861  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1699  Beta-lactamase-like  26.7 
 
 
267 aa  47  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133966  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0314  beta-lactamase domain protein  30 
 
 
251 aa  47  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2088  beta-lactamase domain-containing protein  29.11 
 
 
242 aa  46.6  0.0005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0921  beta-lactamase domain protein  25 
 
 
270 aa  46.6  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>