81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0379 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0379  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  100 
 
 		 303 aa  628  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0404  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  99.34 
 
 		 303 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0408  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  97.36 
 
 		 303 aa  614  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4824  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  96.04 
 
 		 303 aa  607  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0512  coenzyme PQQ synthesis protein B  87.46 
 
 		 303 aa  567  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4671  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  87.13 
 
 		 303 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  82.51 
 
 		 303 aa  543  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41670  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  75.25 
 
 		 302 aa  476  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129417  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1966  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  74.01 
 
 		 304 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0167068  normal  0.26132 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3308  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  72.7 
 
 		 304 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38820  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  73.03 
 
 		 304 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1683  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  60.78 
 
 		 305 aa  390  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.34 
 
 		 304 aa  375  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00766153  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2620  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  58.84 
 
 		 309 aa  353  2e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0289  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.34 
 
 		 311 aa  351  8.999999999999999e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.625234 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6509  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  56.68 
 
 		 306 aa  339  4e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62343  normal  0.0320725 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2467  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  56.03 
 
 		 306 aa  338  8e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.177654 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2252  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.46 
 
 		 305 aa  334  9e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.544865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2489  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.56 
 
 		 305 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4035  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.45 
 
 		 304 aa  328  5.0000000000000004e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.476112  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1699  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.58 
 
 		 305 aa  328  7e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.459515 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2095  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.23 
 
 		 305 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283708  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0861  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.48 
 
 		 305 aa  325  5e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0732  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.28 
 
 		 305 aa  325  6e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115489  normal  0.0583771 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0245  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.05 
 
 		 304 aa  324  1e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109677 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1779  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.25 
 
 		 305 aa  321  9.000000000000001e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.398534  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2585  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.77 
 
 		 310 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0175933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6247  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.8 
 
 		 310 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3056  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.12 
 
 		 307 aa  308  5e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.95 
 
 		 307 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824566  normal  0.0122877 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6165  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.95 
 
 		 307 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.494701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.65 
 
 		 307 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5898  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.62 
 
 		 307 aa  294  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323021 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3246  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.65 
 
 		 307 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.32 
 
 		 307 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1771  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.48 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1819  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.5 
 
 		 299 aa  219  6e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0845  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.12 
 
 		 299 aa  218  7.999999999999999e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2155  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.5 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal  0.0964958 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2453  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.48 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.743561  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1981  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.31 
 
 		 307 aa  211  9e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1148  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  39.23 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0518  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.2 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.423522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5765  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.74 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1802  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.52 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.354155  normal  0.923595 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5991  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.22 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823433  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0451  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.46 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2362  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.93 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3322  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  39.14 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.332476 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0078  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.46 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3422  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.02 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.492214  normal  0.457991 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3918  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.48 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0793  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.34 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.824687  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.49 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0692  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.1 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.7 
 
 		 308 aa  188  8e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.790294  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01591  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.05 
 
 		 294 aa  188  8e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.992733  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0880  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.08 
 
 		 311 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0387  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.58 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.366425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2174  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  36.63 
 
 		 294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2030  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.14 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6301  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.58 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.587139 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1792  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  31.75 
 
 		 280 aa  129  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000635041 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0898  coenzyme PQQ synthesis protein B  22.44 
 
 		 311 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0135  beta-lactamase domain protein  22.15 
 
 		 252 aa  53.1  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1711  coenzyme PQQ synthesis protein B  23.97 
 
 		 320 aa  51.6  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.290303 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0765  Beta-lactamase-like  24.43 
 
 		 264 aa  50.4  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0553  beta-lactamase domain-containing protein  23.44 
 
 		 251 aa  50.4  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.189756  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0921  beta-lactamase domain protein  22.31 
 
 		 270 aa  50.1  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11000  beta-lactamase domain protein  21.5 
 
 		 252 aa  49.3  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00714887  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0878  beta-lactamase domain protein  24.36 
 
 		 261 aa  48.1  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2496  beta-lactamase domain protein  32.04 
 
 		 252 aa  48.1  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00269298  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1699  Beta-lactamase-like  26.61 
 
 		 267 aa  47.4  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133966  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2465  metallo-beta-lactamase family protein  33.01 
 
 		 251 aa  47  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1343  lipoate-protein ligase B  29.91 
 
 		 492 aa  46.6  0.0005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2337  beta-lactamase-like  29.59 
 
 		 240 aa  45.8  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.462445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3330  beta-lactamase domain protein  22.47 
 
 		 253 aa  43.5  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3594  beta-lactamase-like  22.5 
 
 		 265 aa  43.1  0.006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.545282 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1876  beta-lactamase domain protein  40 
 
 		 261 aa  42.7  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2057  beta-lactamase domain-containing protein  22.47 
 
 		 259 aa  42.7  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0485  beta-lactamase domain-containing protein  29.59 
 
 		 240 aa  42.7  0.008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.300873  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>