79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0512 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0512  coenzyme PQQ synthesis protein B  100 
 
 
303 aa  626  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4671  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  98.02 
 
 
303 aa  616  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0379  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  87.46 
 
 
303 aa  567  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0408  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  88.45 
 
 
303 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  89.77 
 
 
303 aa  569  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4824  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  88.45 
 
 
303 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0404  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  87.46 
 
 
303 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295796  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41670  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  73.6 
 
 
302 aa  473  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129417  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3308  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  73.03 
 
 
304 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1966  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  71.71 
 
 
304 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0167068  normal  0.26132 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38820  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  73.36 
 
 
304 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1683  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  60.46 
 
 
305 aa  386  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.34 
 
 
304 aa  370  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00766153  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0289  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  56.96 
 
 
311 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.625234 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2620  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  58.71 
 
 
309 aa  355  6.999999999999999e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6509  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  56.68 
 
 
306 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62343  normal  0.0320725 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2252  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.12 
 
 
305 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.544865  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2489  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.88 
 
 
305 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2095  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.56 
 
 
305 aa  328  6e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283708  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0732  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.93 
 
 
305 aa  328  8e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115489  normal  0.0583771 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2467  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.44 
 
 
306 aa  322  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.177654 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0245  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.9 
 
 
304 aa  321  9.999999999999999e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109677 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4035  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.8 
 
 
304 aa  320  9.999999999999999e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.476112  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1699  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.59 
 
 
305 aa  318  5e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.459515 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0861  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.49 
 
 
305 aa  318  6e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1779  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.94 
 
 
305 aa  317  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.398534  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2585  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.38 
 
 
310 aa  317  2e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0175933  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3056  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.09 
 
 
307 aa  313  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6247  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.41 
 
 
310 aa  311  9e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.25 
 
 
307 aa  309  4e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824566  normal  0.0122877 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6165  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.9 
 
 
307 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.494701  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5898  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.57 
 
 
307 aa  301  1e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.323021 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.3 
 
 
307 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1765  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3246  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.3 
 
 
307 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.3 
 
 
307 aa  289  3e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1771  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.5 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1819  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.52 
 
 
299 aa  211  9e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2453  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.85 
 
 
300 aa  211  2e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.743561  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2155  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.52 
 
 
299 aa  210  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal  0.0964958 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0845  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.13 
 
 
299 aa  211  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1981  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.85 
 
 
307 aa  206  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0518  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.87 
 
 
299 aa  204  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.423522  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1148  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  38.26 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5765  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.09 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0078  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.46 
 
 
307 aa  199  5e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0692  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.75 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3918  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.76 
 
 
303 aa  196  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2362  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.67 
 
 
296 aa  195  9e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5991  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.89 
 
 
299 aa  194  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823433  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1802  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.89 
 
 
299 aa  193  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.354155  normal  0.923595 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.89 
 
 
300 aa  192  5e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0451  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.13 
 
 
297 aa  192  7e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0793  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.54 
 
 
300 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.824687  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3322  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  37.05 
 
 
299 aa  186  3e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.332476 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0387  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.61 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.366425  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2174  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  35.64 
 
 
294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3422  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.67 
 
 
307 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.492214  normal  0.457991 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01591  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.74 
 
 
294 aa  179  4.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.992733  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.67 
 
 
308 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.790294  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6301  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.58 
 
 
309 aa  175  9e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.587139 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2030  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.87 
 
 
308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0880  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  33.97 
 
 
311 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1792  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  31.75 
 
 
280 aa  129  8.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000635041 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0898  coenzyme PQQ synthesis protein B  24.53 
 
 
311 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0135  beta-lactamase domain protein  22.33 
 
 
252 aa  53.5  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0878  beta-lactamase domain protein  23.79 
 
 
261 aa  48.9  0.0001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0553  beta-lactamase domain-containing protein  22.88 
 
 
251 aa  46.6  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.189756  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0765  Beta-lactamase-like  33.98 
 
 
264 aa  46.6  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2465  metallo-beta-lactamase family protein  33.33 
 
 
251 aa  46.2  0.0006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1343  lipoate-protein ligase B  30.1 
 
 
492 aa  45.8  0.0008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2496  beta-lactamase domain protein  29.13 
 
 
252 aa  45.8  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00269298  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11000  beta-lactamase domain protein  21.22 
 
 
252 aa  45.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00714887  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0921  beta-lactamase domain protein  25.13 
 
 
270 aa  44.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0540  PhnP protein  22.55 
 
 
253 aa  43.9  0.003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.14987  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1699  Beta-lactamase-like  26.61 
 
 
267 aa  43.5  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133966  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3277  beta-lactamase domain protein  29.13 
 
 
253 aa  43.5  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1496  putative hydrolase protein  31.19 
 
 
100 aa  43.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.51917  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2337  beta-lactamase-like  27.84 
 
 
240 aa  42.7  0.007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.462445  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1876  beta-lactamase domain protein  19.87 
 
 
261 aa  42.4  0.009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>