113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0793 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0793  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  100 
 
 
300 aa  597  1e-170  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.824687  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  98.67 
 
 
300 aa  588  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0387  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  90.67 
 
 
300 aa  542  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.366425  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2030  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.93 
 
 
308 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3422  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.8 
 
 
307 aa  351  8.999999999999999e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.492214  normal  0.457991 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6301  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.84 
 
 
309 aa  343  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.587139 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  57.65 
 
 
308 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.790294  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0880  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  56.45 
 
 
311 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1981  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  56.35 
 
 
307 aa  321  7e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0518  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.16 
 
 
299 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.423522  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01591  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.84 
 
 
294 aa  301  1e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.992733  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0078  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.29 
 
 
307 aa  300  2e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0845  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.8 
 
 
299 aa  299  3e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1802  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.16 
 
 
299 aa  299  4e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.354155  normal  0.923595 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5991  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.8 
 
 
299 aa  299  4e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823433  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3322  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  51.15 
 
 
299 aa  298  8e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.332476 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1819  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.83 
 
 
299 aa  298  1e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2155  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.83 
 
 
299 aa  296  2e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal  0.0964958 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2362  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.98 
 
 
296 aa  295  5e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0451  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.67 
 
 
297 aa  293  3e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5765  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.97 
 
 
299 aa  292  4e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1771  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  48.51 
 
 
299 aa  291  7e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1148  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  48.34 
 
 
299 aa  277  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3918  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.33 
 
 
303 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0692  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  49.83 
 
 
299 aa  265  5.999999999999999e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2585  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  43.37 
 
 
310 aa  217  2e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0175933  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0289  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.72 
 
 
311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.625234 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0861  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.46 
 
 
305 aa  210  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4035  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.11 
 
 
304 aa  209  4e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.476112  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6247  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.07 
 
 
310 aa  209  5e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0732  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.67 
 
 
305 aa  208  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115489  normal  0.0583771 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2252  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.1 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.544865  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1966  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.23 
 
 
304 aa  196  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0167068  normal  0.26132 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3246  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.59 
 
 
307 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.59 
 
 
307 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1765  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0245  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.83 
 
 
304 aa  195  7e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109677 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.22 
 
 
307 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5898  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.07 
 
 
307 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.323021 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6509  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.58 
 
 
306 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62343  normal  0.0320725 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.2 
 
 
303 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2467  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.58 
 
 
306 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.177654 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6165  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.75 
 
 
307 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.494701  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4824  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.93 
 
 
303 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0379  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.34 
 
 
303 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0512  coenzyme PQQ synthesis protein B  39.54 
 
 
303 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1683  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.64 
 
 
305 aa  191  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0404  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.34 
 
 
303 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295796  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2489  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.63 
 
 
305 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1779  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.56 
 
 
305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.398534  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2095  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.94 
 
 
305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283708  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4671  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.54 
 
 
303 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38820  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.41 
 
 
304 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3308  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.74 
 
 
304 aa  188  9e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0408  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.22 
 
 
303 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.05 
 
 
304 aa  187  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00766153  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2453  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.88 
 
 
300 aa  187  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.743561  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.07 
 
 
307 aa  186  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824566  normal  0.0122877 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41670  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.04 
 
 
302 aa  185  8e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129417  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3056  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.6 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2620  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.86 
 
 
309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1699  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.92 
 
 
305 aa  179  4.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.459515 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2174  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  35.22 
 
 
294 aa  144  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1711  coenzyme PQQ synthesis protein B  24.76 
 
 
320 aa  69.7  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.290303 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0898  coenzyme PQQ synthesis protein B  21.43 
 
 
311 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1792  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.79 
 
 
280 aa  62  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000635041 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2337  beta-lactamase-like  26.34 
 
 
240 aa  56.6  0.0000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.462445  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0921  beta-lactamase domain protein  30.34 
 
 
270 aa  56.6  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0878  beta-lactamase domain protein  28.7 
 
 
261 aa  56.2  0.0000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2878  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  31.36 
 
 
254 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1343  lipoate-protein ligase B  27.81 
 
 
492 aa  54.7  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0205  beta-lactamase domain protein  33.33 
 
 
270 aa  53.5  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1016  hypothetical protein  25.23 
 
 
239 aa  53.5  0.000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2465  metallo-beta-lactamase family protein  33.65 
 
 
251 aa  52.4  0.000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0199  phosphonate metabolism  27.09 
 
 
286 aa  52.4  0.000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0038087  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20450  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  29.36 
 
 
256 aa  52  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.214049  normal  0.511622 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0189  beta-lactamase domain-containing protein  25.34 
 
 
245 aa  52  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0908747  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3702  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  28.08 
 
 
250 aa  51.6  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1876  beta-lactamase domain protein  38.1 
 
 
261 aa  52  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3330  beta-lactamase domain protein  25.45 
 
 
253 aa  51.6  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2582  beta-lactamase domain protein  27.8 
 
 
239 aa  51.6  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.401562 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3434  beta-lactamase domain protein  24.75 
 
 
274 aa  49.3  0.00008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1954  beta-lactamase-like protein  23.66 
 
 
248 aa  49.3  0.00009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0485  beta-lactamase domain-containing protein  25.88 
 
 
240 aa  48.9  0.00009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.300873  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0765  Beta-lactamase-like  29.81 
 
 
264 aa  48.5  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2567  phosphonate metabolism protein, PhnP  28.44 
 
 
249 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0979832  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0528  ATP-binding protein PhnP  29.47 
 
 
246 aa  48.1  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3568  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  26.71 
 
 
250 aa  48.1  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4023  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  26.71 
 
 
250 aa  48.1  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2630  beta-lactamase-like  28.87 
 
 
260 aa  47.4  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.521897  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4141  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  28.71 
 
 
251 aa  47.4  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0432  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  26.55 
 
 
260 aa  47  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0467  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  26.55 
 
 
260 aa  47  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.169568  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0553  beta-lactamase domain-containing protein  27.2 
 
 
251 aa  47.4  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.189756  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1757  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  27.52 
 
 
256 aa  47  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0735161  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3277  beta-lactamase domain protein  26.72 
 
 
253 aa  47  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0512  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  27.72 
 
 
260 aa  46.6  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2288  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  31.68 
 
 
255 aa  45.8  0.0009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.52798  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1274  beta-lactamase-like  33.33 
 
 
265 aa  45.8  0.0009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.31947  normal  0.453666 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2297  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  27.72 
 
 
251 aa  45.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0314  beta-lactamase domain protein  29.81 
 
 
251 aa  45.4  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>