101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6301 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6301  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  100 
 
 
309 aa  632  1e-180  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.587139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0880  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  67.2 
 
 
311 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  66.99 
 
 
308 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.790294  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2030  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  66.99 
 
 
308 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3422  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  65.26 
 
 
307 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.492214  normal  0.457991 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0387  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.84 
 
 
300 aa  350  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.366425  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  56.49 
 
 
300 aa  349  3e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0793  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.84 
 
 
300 aa  343  2e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.824687  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1981  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.13 
 
 
307 aa  317  2e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2155  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  46.28 
 
 
299 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal  0.0964958 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1819  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  45.95 
 
 
299 aa  281  1e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0078  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  46.28 
 
 
307 aa  278  9e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1771  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  44.66 
 
 
299 aa  277  1e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0845  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  46.53 
 
 
299 aa  276  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3322  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  47.08 
 
 
299 aa  276  4e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.332476 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01591  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  47.54 
 
 
294 aa  273  3e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.992733  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0518  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  45.31 
 
 
299 aa  271  7e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.423522  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1802  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  44.66 
 
 
299 aa  270  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.354155  normal  0.923595 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5765  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  45.63 
 
 
299 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5991  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  44.01 
 
 
299 aa  259  4e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823433  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1148  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  42.07 
 
 
299 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0692  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  45.16 
 
 
299 aa  251  8.000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2362  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  44.63 
 
 
296 aa  246  4e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3918  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  43.69 
 
 
303 aa  245  8e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0451  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  43.69 
 
 
297 aa  243  3e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2585  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.75 
 
 
310 aa  204  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0175933  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0861  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.54 
 
 
305 aa  203  3e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2453  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.81 
 
 
300 aa  196  3e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.743561  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1966  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.42 
 
 
304 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0167068  normal  0.26132 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6247  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.29 
 
 
310 aa  195  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1779  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.3 
 
 
305 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.398534  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41670  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.46 
 
 
302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129417  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0245  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.55 
 
 
304 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109677 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2252  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.31 
 
 
305 aa  186  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.544865  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0289  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.29 
 
 
311 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.625234 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38820  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.62 
 
 
304 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3308  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.03 
 
 
304 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1699  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.8 
 
 
305 aa  186  6e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.459515 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.14 
 
 
304 aa  185  9e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00766153  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.74 
 
 
303 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2467  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.28 
 
 
306 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.177654 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4824  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.48 
 
 
303 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6165  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.07 
 
 
307 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.494701  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0404  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.58 
 
 
303 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295796  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0379  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.58 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5898  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.76 
 
 
307 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.323021 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3246  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.82 
 
 
307 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.82 
 
 
307 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1765  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.54 
 
 
307 aa  177  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824566  normal  0.0122877 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0732  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.83 
 
 
305 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115489  normal  0.0583771 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.82 
 
 
307 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2489  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.98 
 
 
305 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4035  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.65 
 
 
304 aa  176  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.476112  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2095  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.89 
 
 
305 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283708  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6509  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.45 
 
 
306 aa  176  6e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62343  normal  0.0320725 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4671  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.16 
 
 
303 aa  175  8e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0512  coenzyme PQQ synthesis protein B  35.58 
 
 
303 aa  175  9e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1683  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.58 
 
 
305 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0408  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.35 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2620  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  34.73 
 
 
309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3056  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.4 
 
 
307 aa  162  9e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2174  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  32.03 
 
 
294 aa  150  3e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1792  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  24.91 
 
 
280 aa  69.3  0.00000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000635041 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2582  beta-lactamase domain protein  28.88 
 
 
239 aa  60.8  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.401562 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1711  coenzyme PQQ synthesis protein B  23.62 
 
 
320 aa  58.2  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.290303 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1016  hypothetical protein  25.44 
 
 
239 aa  55.8  0.000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2630  beta-lactamase-like  36.63 
 
 
260 aa  54.3  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.521897  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_002950  PG1343  lipoate-protein ligase B  27.13 
 
 
492 aa  53.9  0.000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0878  beta-lactamase domain protein  27.36 
 
 
261 aa  53.5  0.000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2465  metallo-beta-lactamase family protein  32.04 
 
 
251 aa  53.5  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0199  phosphonate metabolism  28.03 
 
 
286 aa  52.8  0.000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0038087  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0135  beta-lactamase domain protein  41.94 
 
 
252 aa  50.8  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0765  Beta-lactamase-like  30.1 
 
 
264 aa  50.4  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3277  beta-lactamase domain protein  28.69 
 
 
253 aa  50.1  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0921  beta-lactamase domain protein  24.86 
 
 
270 aa  49.3  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3330  beta-lactamase domain protein  30.69 
 
 
253 aa  49.3  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2787  metal-dependent hydrolase  25.19 
 
 
254 aa  48.5  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.145562 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0528  ATP-binding protein PhnP  32.99 
 
 
246 aa  48.1  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0898  coenzyme PQQ synthesis protein B  21.94 
 
 
311 aa  48.5  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0540  PhnP protein  27.73 
 
 
253 aa  48.1  0.0002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.14987  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0553  beta-lactamase domain-containing protein  27.72 
 
 
251 aa  47.8  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.189756  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0205  beta-lactamase domain protein  30.19 
 
 
270 aa  47.8  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4045  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  29.41 
 
 
261 aa  47.4  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0225  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  29.41 
 
 
261 aa  47.4  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1876  beta-lactamase domain protein  39.68 
 
 
261 aa  46.2  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3413  beta-lactamase domain-containing protein  28.71 
 
 
255 aa  45.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.615146  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2057  beta-lactamase domain-containing protein  30.39 
 
 
259 aa  45.4  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1284  beta-lactamase domain protein  24.53 
 
 
254 aa  45.8  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.105861  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0985  metallo-beta-lactamase family protein  25 
 
 
263 aa  44.3  0.002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0485  beta-lactamase domain-containing protein  25.58 
 
 
240 aa  45.1  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.300873  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2496  beta-lactamase domain protein  21.4 
 
 
252 aa  44.3  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00269298  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0580  metallo-beta-lactamase family protein  38.71 
 
 
264 aa  43.9  0.003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0432  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  29.57 
 
 
260 aa  43.9  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0467  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  29.57 
 
 
260 aa  43.9  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.169568  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0316  beta-lactamase domain-containing protein  26.72 
 
 
255 aa  44.3  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0013  beta-lactamase domain protein  33.33 
 
 
253 aa  43.9  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.173708 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1173  beta-lactamase domain protein  26.92 
 
 
246 aa  43.5  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2290  beta-lactamase domain protein  29.29 
 
 
255 aa  43.1  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.466086  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1954  beta-lactamase-like protein  29.9 
 
 
248 aa  42.7  0.007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4141  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  27.72 
 
 
251 aa  42.7  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>