81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1966 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1966  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  100 
 
 		 304 aa  621  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0167068  normal  0.26132 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38820  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  81.25 
 
 		 304 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3308  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  80.59 
 
 		 304 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4824  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  75.33 
 
 		 303 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0379  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  74.01 
 
 		 303 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0404  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  74.34 
 
 		 303 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41670  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  76.32 
 
 		 302 aa  464  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129417  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0408  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  73.68 
 
 		 303 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0512  coenzyme PQQ synthesis protein B  71.71 
 
 		 303 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4671  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  71.71 
 
 		 303 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  70.07 
 
 		 303 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  60.33 
 
 		 304 aa  384  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00766153  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1683  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.15 
 
 		 305 aa  369  1e-101  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2467  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.67 
 
 		 306 aa  361  9e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.177654 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6509  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  60.4 
 
 		 306 aa  358  5e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62343  normal  0.0320725 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2620  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.87 
 
 		 309 aa  355  5e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2489  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.15 
 
 		 305 aa  355  6.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2095  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.48 
 
 		 305 aa  353  2e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1779  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  58.5 
 
 		 305 aa  345  4e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.398534  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4035  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  58.09 
 
 		 304 aa  338  8e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.476112  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0732  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  57.19 
 
 		 305 aa  338  9e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115489  normal  0.0583771 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2252  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.08 
 
 		 305 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.544865  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3056  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  57.79 
 
 		 307 aa  334  1e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0289  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.34 
 
 		 311 aa  331  7.000000000000001e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.625234 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0245  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.59 
 
 		 304 aa  328  5.0000000000000004e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109677 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1699  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.23 
 
 		 305 aa  326  3e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.459515 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0861  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.8 
 
 		 305 aa  320  3e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6247  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.9 
 
 		 310 aa  318  6e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2585  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.19 
 
 		 310 aa  317  1e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0175933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.77 
 
 		 307 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6165  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.4 
 
 		 307 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.494701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3246  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.77 
 
 		 307 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.77 
 
 		 307 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.11 
 
 		 307 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824566  normal  0.0122877 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5898  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.07 
 
 		 307 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5765  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.21 
 
 		 299 aa  218  7e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0845  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.16 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1981  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.81 
 
 		 307 aa  215  7e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1802  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.75 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.354155  normal  0.923595 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2453  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.42 
 
 		 300 aa  208  9e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.743561  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0078  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.14 
 
 		 307 aa  206  4e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1819  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.41 
 
 		 299 aa  205  9e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3322  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  39.94 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.332476 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1771  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.07 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2155  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.41 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal  0.0964958 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1148  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  39.1 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0451  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40 
 
 		 297 aa  202  7e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5991  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.26 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823433  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.56 
 
 		 300 aa  198  7e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2362  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.18 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0793  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.23 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.824687  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6301  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.42 
 
 		 309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.587139 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3422  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.85 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.492214  normal  0.457991 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0518  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.11 
 
 		 299 aa  195  9e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.423522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0880  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.38 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0692  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.81 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3918  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.61 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2030  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.29 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0387  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.58 
 
 		 300 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.366425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.9 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.790294  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01591  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.56 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.992733  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2174  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  36.63 
 
 		 294 aa  181  9.000000000000001e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1792  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  31.62 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000635041 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0898  coenzyme PQQ synthesis protein B  22.51 
 
 		 311 aa  61.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1711  coenzyme PQQ synthesis protein B  23.15 
 
 		 320 aa  50.8  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.290303 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0765  Beta-lactamase-like  33.66 
 
 		 264 aa  49.3  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1343  lipoate-protein ligase B  30.84 
 
 		 492 aa  49.3  0.00008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1876  beta-lactamase domain protein  37.5 
 
 		 261 aa  48.5  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0143  Beta-lactamase-like  26.67 
 
 		 264 aa  48.5  0.0001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0985  metallo-beta-lactamase family protein  27.5 
 
 		 263 aa  48.1  0.0002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2465  metallo-beta-lactamase family protein  32.67 
 
 		 251 aa  47.4  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2088  beta-lactamase domain-containing protein  37.5 
 
 		 242 aa  47.4  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2288  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  33.65 
 
 		 255 aa  46.6  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.52798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1173  beta-lactamase domain protein  25.6 
 
 		 246 aa  46.6  0.0005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2337  beta-lactamase-like  34.38 
 
 		 240 aa  45.1  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.462445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1284  beta-lactamase domain protein  22.33 
 
 		 254 aa  44.3  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.105861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0528  ATP-binding protein PhnP  24.38 
 
 		 246 aa  43.9  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0135  beta-lactamase domain protein  30.69 
 
 		 252 aa  42.7  0.008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0553  beta-lactamase domain-containing protein  30.69 
 
 		 251 aa  42.7  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.189756  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0314  beta-lactamase domain protein  32.04 
 
 		 251 aa  42.4  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1954  beta-lactamase-like protein  33.67 
 
 		 248 aa  42.7  0.009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>