99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6247 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6247  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  100 
 
 
310 aa  634    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2585  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  70.65 
 
 
310 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0175933  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0289  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.59 
 
 
311 aa  335  5.999999999999999e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.625234 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.73 
 
 
304 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00766153  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.77 
 
 
307 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824566  normal  0.0122877 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1683  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.38 
 
 
305 aa  325  7e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2489  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.13 
 
 
305 aa  319  3e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1966  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.9 
 
 
304 aa  318  6e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0167068  normal  0.26132 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1699  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.88 
 
 
305 aa  318  9e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.459515 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2095  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.85 
 
 
305 aa  317  2e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283708  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2620  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.88 
 
 
309 aa  317  2e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4824  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.13 
 
 
303 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6165  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.17 
 
 
307 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.494701  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6509  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.67 
 
 
306 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62343  normal  0.0320725 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5898  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.85 
 
 
307 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.323021 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.73 
 
 
303 aa  311  5.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0512  coenzyme PQQ synthesis protein B  52.41 
 
 
303 aa  311  9e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1779  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.07 
 
 
305 aa  311  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.398534  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0404  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.8 
 
 
303 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295796  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0408  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.45 
 
 
303 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0379  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.8 
 
 
303 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41670  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.09 
 
 
302 aa  310  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129417  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3308  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.73 
 
 
304 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38820  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.73 
 
 
304 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0732  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.55 
 
 
305 aa  309  5e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115489  normal  0.0583771 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4671  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.09 
 
 
303 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2467  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.77 
 
 
306 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.177654 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.21 
 
 
307 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1765  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3246  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.21 
 
 
307 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4035  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.75 
 
 
304 aa  302  4.0000000000000003e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.476112  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.88 
 
 
307 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0861  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  48.24 
 
 
305 aa  301  1e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0245  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.28 
 
 
304 aa  298  1e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3056  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.27 
 
 
307 aa  294  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2252  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  47.74 
 
 
305 aa  285  9e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.544865  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5765  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  43.26 
 
 
299 aa  226  3e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5991  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.96 
 
 
299 aa  219  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823433  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1771  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.55 
 
 
299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1819  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.64 
 
 
299 aa  219  6e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2155  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.64 
 
 
299 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal  0.0964958 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0518  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.01 
 
 
299 aa  218  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.423522  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2362  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.32 
 
 
296 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1981  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.77 
 
 
307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1148  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  40.25 
 
 
299 aa  211  9e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1802  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.96 
 
 
299 aa  211  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.354155  normal  0.923595 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.39 
 
 
300 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0793  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.07 
 
 
300 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.824687  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2453  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  43.45 
 
 
300 aa  204  2e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.743561  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3918  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.43 
 
 
303 aa  203  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3322  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  40.19 
 
 
299 aa  203  4e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.332476 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0845  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.55 
 
 
299 aa  202  6e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0387  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.61 
 
 
300 aa  199  6e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.366425  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0078  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.13 
 
 
307 aa  198  9e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0880  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.99 
 
 
311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.32 
 
 
308 aa  195  9e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.790294  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6301  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.29 
 
 
309 aa  195  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.587139 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1792  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.58 
 
 
280 aa  190  2.9999999999999997e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000635041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2030  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.29 
 
 
308 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0451  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.14 
 
 
297 aa  187  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3422  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.12 
 
 
307 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.492214  normal  0.457991 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01591  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.22 
 
 
294 aa  186  5e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.992733  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0692  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.74 
 
 
299 aa  183  3e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2174  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  36.6 
 
 
294 aa  182  7e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0921  beta-lactamase domain protein  24.44 
 
 
270 aa  62.8  0.000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1876  beta-lactamase domain protein  23.2 
 
 
261 aa  60.5  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0878  beta-lactamase domain protein  24.92 
 
 
261 aa  58.2  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3277  beta-lactamase domain protein  26.18 
 
 
253 aa  57.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0765  Beta-lactamase-like  24.07 
 
 
264 aa  55.5  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0553  beta-lactamase domain-containing protein  23.15 
 
 
251 aa  54.3  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.189756  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2465  metallo-beta-lactamase family protein  32.17 
 
 
251 aa  53.5  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1284  beta-lactamase domain protein  23.34 
 
 
254 aa  53.1  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.105861  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3330  beta-lactamase domain protein  23.49 
 
 
253 aa  51.6  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1343  lipoate-protein ligase B  31.68 
 
 
492 aa  51.2  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0898  coenzyme PQQ synthesis protein B  21.18 
 
 
311 aa  50.1  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2524  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  29.45 
 
 
258 aa  49.7  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.632538 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2288  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  33.91 
 
 
255 aa  49.7  0.00006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.52798  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3063  beta-lactamase domain protein  27.54 
 
 
254 aa  49.3  0.00008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00796605 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2057  beta-lactamase domain-containing protein  24.05 
 
 
259 aa  47  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2496  beta-lactamase domain protein  26.21 
 
 
252 aa  46.6  0.0005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00269298  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1173  beta-lactamase domain protein  31.25 
 
 
246 aa  46.6  0.0005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1586  beta-lactamase-like protein  25.79 
 
 
267 aa  46.6  0.0006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2630  beta-lactamase-like  31.3 
 
 
260 aa  46.2  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.521897  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_002620  TC0659  hydrolase, metal-dependent, putative  26.54 
 
 
266 aa  46.2  0.0008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2290  beta-lactamase domain protein  24.13 
 
 
255 aa  45.8  0.0009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.466086  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0205  beta-lactamase domain protein  30.09 
 
 
270 aa  45.4  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0485  beta-lactamase domain-containing protein  31.63 
 
 
240 aa  44.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.300873  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0540  PhnP protein  24.39 
 
 
253 aa  44.7  0.002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.14987  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0013  beta-lactamase domain protein  27.56 
 
 
253 aa  45.1  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.173708 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11000  beta-lactamase domain protein  24.78 
 
 
252 aa  44.3  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00714887  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0985  metallo-beta-lactamase family protein  27.64 
 
 
263 aa  44.3  0.003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0135  beta-lactamase domain protein  29.7 
 
 
252 aa  44.3  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1954  beta-lactamase-like protein  29.9 
 
 
248 aa  44.3  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0314  beta-lactamase domain protein  30.7 
 
 
251 aa  43.9  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4045  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  32.46 
 
 
261 aa  43.5  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0225  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  32.46 
 
 
261 aa  43.5  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0528  ATP-binding protein PhnP  24.81 
 
 
246 aa  43.9  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2010  beta-lactamase domain protein  30.71 
 
 
257 aa  43.9  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0332  beta-lactamase domain protein  28.32 
 
 
251 aa  43.1  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20126  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1699  Beta-lactamase-like  27.33 
 
 
267 aa  42.4  0.01  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133966  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>