86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3918 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3918  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  100 
 
 		 303 aa  620  1e-176  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0692  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  62.63 
 
 		 299 aa  380  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5765  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.52 
 
 		 299 aa  334  9e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5991  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.52 
 
 		 299 aa  331  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823433  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2362  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.73 
 
 		 296 aa  330  1e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2155  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.84 
 
 		 299 aa  329  4e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal  0.0964958 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1819  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.84 
 
 		 299 aa  329  4e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0451  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.39 
 
 		 297 aa  328  6e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0518  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.84 
 
 		 299 aa  316  3e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.423522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1771  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.51 
 
 		 299 aa  316  3e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0845  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.53 
 
 		 299 aa  311  5.999999999999999e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3322  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  53.2 
 
 		 299 aa  311  1e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.332476 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1802  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.17 
 
 		 299 aa  305  9.000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.354155  normal  0.923595 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1148  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  51.17 
 
 		 299 aa  298  7e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01591  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  49.83 
 
 		 294 aa  290  1e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.992733  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1981  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  46.38 
 
 		 307 aa  277  2e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0793  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.33 
 
 		 300 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.824687  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50 
 
 		 300 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0387  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.49 
 
 		 300 aa  269  5e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.366425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2030  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  46.15 
 
 		 308 aa  258  6e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0078  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  44.3 
 
 		 307 aa  251  1e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  44.34 
 
 		 308 aa  245  6e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.790294  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6301  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  43.69 
 
 		 309 aa  245  8e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.587139 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3422  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  44.84 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.492214  normal  0.457991 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0880  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  44.59 
 
 		 311 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2585  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.56 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0175933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6247  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.43 
 
 		 310 aa  203  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1699  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.13 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.459515 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1683  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.78 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0861  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.14 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3308  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.45 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38820  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.45 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0289  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.44 
 
 		 311 aa  199  6e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.625234 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6509  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.35 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62343  normal  0.0320725 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0512  coenzyme PQQ synthesis protein B  38.76 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4824  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.48 
 
 		 303 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2252  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.83 
 
 		 305 aa  195  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.544865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4671  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.76 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0408  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.48 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0379  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.48 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0732  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.81 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115489  normal  0.0583771 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0404  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.48 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1779  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.85 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.398534  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4035  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.93 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.476112  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.03 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00766153  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1966  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.61 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0167068  normal  0.26132 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.7 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2467  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.87 
 
 		 306 aa  189  7e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.177654 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.16 
 
 		 307 aa  189  7e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824566  normal  0.0122877 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41670  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.16 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129417  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3056  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.06 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2620  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.86 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.16 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6165  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.83 
 
 		 307 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.494701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5898  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.83 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323021 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0245  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.54 
 
 		 304 aa  182  9.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109677 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2095  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.49 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.83 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3246  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.83 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2489  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.62 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2453  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.49 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.743561  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2174  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  35.35 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1711  coenzyme PQQ synthesis protein B  24.3 
 
 		 320 aa  62  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.290303 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0898  coenzyme PQQ synthesis protein B  20.83 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0765  Beta-lactamase-like  25.32 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3330  beta-lactamase domain protein  24.42 
 
 		 253 aa  53.5  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1792  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.05 
 
 		 280 aa  51.2  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000635041 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2337  beta-lactamase-like  22.08 
 
 		 240 aa  49.7  0.00005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.462445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1016  hypothetical protein  25.34 
 
 		 239 aa  49.7  0.00006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0485  beta-lactamase domain-containing protein  32.99 
 
 		 240 aa  49.7  0.00006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.300873  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3434  beta-lactamase domain protein  26.05 
 
 		 274 aa  49.3  0.00009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0553  beta-lactamase domain-containing protein  23.28 
 
 		 251 aa  48.9  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.189756  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2465  metallo-beta-lactamase family protein  23.42 
 
 		 251 aa  47  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2582  beta-lactamase domain protein  23.98 
 
 		 239 aa  47.8  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.401562 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0189  beta-lactamase domain-containing protein  23.99 
 
 		 245 aa  46.6  0.0006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0908747  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0878  beta-lactamase domain protein  24.89 
 
 		 261 aa  46.2  0.0007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2630  beta-lactamase-like  21.43 
 
 		 260 aa  45.8  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.521897  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1173  beta-lactamase domain protein  24.89 
 
 		 246 aa  45.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0528  ATP-binding protein PhnP  29.17 
 
 		 246 aa  45.4  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0921  beta-lactamase domain protein  27.66 
 
 		 270 aa  44.3  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1954  beta-lactamase-like protein  29.9 
 
 		 248 aa  43.5  0.004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3277  beta-lactamase domain protein  23.86 
 
 		 253 aa  43.9  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1284  beta-lactamase domain protein  26.55 
 
 		 254 aa  43.1  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.105861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2057  beta-lactamase domain-containing protein  26.58 
 
 		 259 aa  42.7  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0199  phosphonate metabolism  24.29 
 
 		 286 aa  42.4  0.009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0038087  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2213  beta-lactamase domain protein  24.67 
 
 		 292 aa  42.4  0.01  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.104031  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>