112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6165 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6165  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  100 
 
 
307 aa  616  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.494701  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5898  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  99.67 
 
 
307 aa  615  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.323021 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  87.3 
 
 
307 aa  543  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824566  normal  0.0122877 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  82.74 
 
 
307 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3246  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  82.08 
 
 
307 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  82.08 
 
 
307 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1765  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2467  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  61.17 
 
 
306 aa  360  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.177654 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1779  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.8 
 
 
305 aa  350  2e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.398534  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6509  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.94 
 
 
306 aa  347  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62343  normal  0.0320725 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2489  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  60.13 
 
 
305 aa  345  4e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0732  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.8 
 
 
305 aa  343  1e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115489  normal  0.0583771 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2095  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.8 
 
 
305 aa  343  1e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283708  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1699  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  57.14 
 
 
305 aa  339  2.9999999999999998e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.459515 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0289  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  56.55 
 
 
311 aa  338  8e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.625234 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0245  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  56.17 
 
 
304 aa  336  2.9999999999999997e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109677 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4035  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  57.52 
 
 
304 aa  333  1e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.476112  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2620  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.63 
 
 
309 aa  330  2e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3056  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  56.45 
 
 
307 aa  327  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2585  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  57.88 
 
 
310 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0175933  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.58 
 
 
304 aa  323  2e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00766153  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1683  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.05 
 
 
305 aa  322  4e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6247  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.17 
 
 
310 aa  313  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38820  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.99 
 
 
304 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1966  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.4 
 
 
304 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0167068  normal  0.26132 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3308  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.34 
 
 
304 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41670  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.55 
 
 
302 aa  304  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129417  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0512  coenzyme PQQ synthesis protein B  53.9 
 
 
303 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4824  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.92 
 
 
303 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4671  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.25 
 
 
303 aa  299  5e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0379  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.95 
 
 
303 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0408  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.6 
 
 
303 aa  295  5e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0404  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.62 
 
 
303 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295796  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.63 
 
 
303 aa  291  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2252  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  46.77 
 
 
305 aa  271  1e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.544865  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0861  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  44.84 
 
 
305 aa  268  1e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3322  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  40.85 
 
 
299 aa  203  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.332476 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1981  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.81 
 
 
307 aa  202  6e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0845  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.61 
 
 
299 aa  202  7e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1802  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.61 
 
 
299 aa  201  9e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.354155  normal  0.923595 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1148  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  39.56 
 
 
299 aa  197  3e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5765  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.84 
 
 
299 aa  195  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0793  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.75 
 
 
300 aa  192  7e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.824687  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.07 
 
 
300 aa  192  7e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2453  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.26 
 
 
300 aa  192  7e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.743561  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0518  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.51 
 
 
299 aa  192  9e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.423522  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1819  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.55 
 
 
299 aa  191  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01591  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.54 
 
 
294 aa  190  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.992733  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2155  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.55 
 
 
299 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal  0.0964958 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0078  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.31 
 
 
307 aa  188  1e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0451  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.29 
 
 
297 aa  186  3e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2362  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.23 
 
 
296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5991  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.03 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823433  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3918  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.83 
 
 
303 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0387  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.51 
 
 
300 aa  182  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.366425  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1771  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.55 
 
 
299 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6301  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.07 
 
 
309 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.587139 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2030  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.56 
 
 
308 aa  179  7e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3422  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.87 
 
 
307 aa  178  9e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.492214  normal  0.457991 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.66 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.790294  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0692  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.31 
 
 
299 aa  170  3e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0880  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.65 
 
 
311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2174  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  34.63 
 
 
294 aa  157  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1792  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.59 
 
 
280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000635041 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2582  beta-lactamase domain protein  28.12 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.401562 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2088  beta-lactamase domain-containing protein  29 
 
 
242 aa  64.7  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0878  beta-lactamase domain protein  30.17 
 
 
261 aa  63.5  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1876  beta-lactamase domain protein  28.48 
 
 
261 aa  62  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0734  beta-lactamase domain protein  30.04 
 
 
278 aa  58.9  0.00000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0189  beta-lactamase domain-containing protein  25.82 
 
 
245 aa  58.5  0.0000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0908747  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1016  hypothetical protein  27.75 
 
 
239 aa  56.6  0.0000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0485  beta-lactamase domain-containing protein  28.98 
 
 
240 aa  56.6  0.0000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.300873  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2213  beta-lactamase domain protein  29.73 
 
 
292 aa  55.8  0.0000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.104031  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3434  beta-lactamase domain protein  28.19 
 
 
274 aa  55.5  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0765  Beta-lactamase-like  24.53 
 
 
264 aa  54.7  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1711  coenzyme PQQ synthesis protein B  24.44 
 
 
320 aa  54.7  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.290303 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0553  beta-lactamase domain-containing protein  24.2 
 
 
251 aa  53.9  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.189756  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1343  lipoate-protein ligase B  30.52 
 
 
492 aa  52.8  0.000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2787  metal-dependent hydrolase  25.47 
 
 
254 aa  52.8  0.000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.145562 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2337  beta-lactamase-like  23.2 
 
 
240 aa  52.8  0.000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.462445  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0921  beta-lactamase domain protein  22.08 
 
 
270 aa  52.8  0.000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0528  ATP-binding protein PhnP  24.21 
 
 
246 aa  52.4  0.000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2465  metallo-beta-lactamase family protein  35.92 
 
 
251 aa  52  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3277  beta-lactamase domain protein  30 
 
 
253 aa  52.4  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2288  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  33.66 
 
 
255 aa  50.8  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.52798  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0013  beta-lactamase domain protein  27.81 
 
 
253 aa  49.7  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.173708 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0432  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  30.77 
 
 
260 aa  49.7  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0467  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  30.77 
 
 
260 aa  49.7  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.169568  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0314  beta-lactamase domain protein  31.82 
 
 
251 aa  48.9  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1173  beta-lactamase domain protein  27.95 
 
 
246 aa  48.1  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2057  beta-lactamase domain-containing protein  26.09 
 
 
259 aa  47.8  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0898  coenzyme PQQ synthesis protein B  20.94 
 
 
311 aa  47.8  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2010  beta-lactamase domain protein  31.97 
 
 
257 aa  47  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0332  beta-lactamase domain protein  34.95 
 
 
251 aa  46.2  0.0007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20126  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0540  PhnP protein  23.77 
 
 
253 aa  45.8  0.0008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.14987  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1261  beta-lactamase-like protein  23.49 
 
 
254 aa  45.4  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.181589  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2524  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  33.66 
 
 
258 aa  45.8  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.632538 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11000  beta-lactamase domain protein  24.62 
 
 
252 aa  45.8  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00714887  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0488  beta-lactamase domain-containing protein  29.17 
 
 
254 aa  44.3  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.932747  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3330  beta-lactamase domain protein  29.23 
 
 
253 aa  44.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6919  beta-lactamase domain protein  26.25 
 
 
269 aa  44.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>