103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2252 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_2252  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  100 
 
 
305 aa  631  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.544865  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0861  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  74.75 
 
 
305 aa  485  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0408  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.12 
 
 
303 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41670  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.46 
 
 
302 aa  339  2.9999999999999998e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129417  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3308  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.45 
 
 
304 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1966  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.08 
 
 
304 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0167068  normal  0.26132 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0512  coenzyme PQQ synthesis protein B  55.12 
 
 
303 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0404  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.1 
 
 
303 aa  335  5e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295796  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38820  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.12 
 
 
304 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0379  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.46 
 
 
303 aa  334  9e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.1 
 
 
303 aa  334  1e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4671  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.79 
 
 
303 aa  332  6e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4824  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.46 
 
 
303 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0289  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  49.84 
 
 
311 aa  310  1e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.625234 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1779  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.97 
 
 
305 aa  310  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.398534  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1683  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.33 
 
 
305 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3056  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.12 
 
 
307 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1699  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.16 
 
 
305 aa  300  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.459515 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2620  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  50.8 
 
 
309 aa  300  2e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  49.67 
 
 
304 aa  297  1e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00766153  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2095  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  49.84 
 
 
305 aa  296  3e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283708  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2489  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  49.51 
 
 
305 aa  294  1e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2585  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  46.77 
 
 
310 aa  289  3e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0175933  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2467  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  48.38 
 
 
306 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.177654 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0732  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  47.56 
 
 
305 aa  286  2.9999999999999996e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115489  normal  0.0583771 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6509  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  48.68 
 
 
306 aa  285  8e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62343  normal  0.0320725 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6247  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  47.74 
 
 
310 aa  285  9e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4035  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  49.34 
 
 
304 aa  281  7.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.476112  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0245  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  47.54 
 
 
304 aa  277  2e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109677 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3246  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  46.45 
 
 
307 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  46.45 
 
 
307 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1765  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  47.1 
 
 
307 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824566  normal  0.0122877 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  46.13 
 
 
307 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6165  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  46.77 
 
 
307 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.494701  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5898  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  46.45 
 
 
307 aa  269  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.323021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5765  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.19 
 
 
299 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1148  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  41.88 
 
 
299 aa  217  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1819  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.8 
 
 
299 aa  215  9e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1771  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.46 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0845  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.8 
 
 
299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2155  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.8 
 
 
299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal  0.0964958 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5991  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.26 
 
 
299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823433  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01591  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.16 
 
 
294 aa  212  5.999999999999999e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.992733  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1802  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.58 
 
 
299 aa  211  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.354155  normal  0.923595 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1981  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.17 
 
 
307 aa  211  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0451  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.79 
 
 
297 aa  211  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0518  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.47 
 
 
299 aa  210  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.423522  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2362  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.24 
 
 
296 aa  209  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0880  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.66 
 
 
311 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2030  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.61 
 
 
308 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0078  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.94 
 
 
307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2453  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.59 
 
 
300 aa  200  3e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.743561  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0793  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.1 
 
 
300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.824687  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.82 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.790294  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.1 
 
 
300 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3918  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.83 
 
 
303 aa  195  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0387  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.03 
 
 
300 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.366425  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2174  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  36.3 
 
 
294 aa  194  2e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3422  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.97 
 
 
307 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.492214  normal  0.457991 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3322  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  37.58 
 
 
299 aa  192  7e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.332476 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0692  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.16 
 
 
299 aa  188  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6301  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.31 
 
 
309 aa  186  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.587139 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1792  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  28.41 
 
 
280 aa  109  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000635041 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0898  coenzyme PQQ synthesis protein B  23.62 
 
 
311 aa  65.1  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3330  beta-lactamase domain protein  24.92 
 
 
253 aa  57.4  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1711  coenzyme PQQ synthesis protein B  23.05 
 
 
320 aa  56.6  0.0000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.290303 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2290  beta-lactamase domain protein  30.47 
 
 
255 aa  56.2  0.0000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.466086  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0765  Beta-lactamase-like  34.65 
 
 
264 aa  55.1  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3277  beta-lactamase domain protein  25.7 
 
 
253 aa  54.7  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2088  beta-lactamase domain-containing protein  32.81 
 
 
242 aa  53.9  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3434  beta-lactamase domain protein  24.83 
 
 
274 aa  53.9  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2496  beta-lactamase domain protein  30.69 
 
 
252 aa  51.6  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00269298  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2337  beta-lactamase-like  29.23 
 
 
240 aa  51.6  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.462445  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0135  beta-lactamase domain protein  29.82 
 
 
252 aa  50.8  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1343  lipoate-protein ligase B  30.69 
 
 
492 aa  50.4  0.00004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0985  metallo-beta-lactamase family protein  29.57 
 
 
263 aa  50.1  0.00004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0143  Beta-lactamase-like  27.83 
 
 
264 aa  49.7  0.00006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2465  metallo-beta-lactamase family protein  30.69 
 
 
251 aa  48.5  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0553  beta-lactamase domain-containing protein  31.68 
 
 
251 aa  47.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.189756  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0921  beta-lactamase domain protein  26.77 
 
 
270 aa  47.8  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0540  PhnP protein  24.59 
 
 
253 aa  47.8  0.0002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.14987  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1876  beta-lactamase domain protein  24.24 
 
 
261 aa  48.1  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2297  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  29.46 
 
 
251 aa  47.4  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0432  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  27.43 
 
 
260 aa  47.8  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0467  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  27.43 
 
 
260 aa  47.8  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.169568  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0314  beta-lactamase domain protein  29.73 
 
 
251 aa  47  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0734  beta-lactamase domain protein  25.94 
 
 
278 aa  47  0.0004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0528  ATP-binding protein PhnP  40.62 
 
 
246 aa  46.6  0.0005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0013  beta-lactamase domain protein  24.7 
 
 
253 aa  46.2  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.173708 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1298  PhnP-like protein  25.81 
 
 
274 aa  46.2  0.0006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.127042  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0189  beta-lactamase domain-containing protein  23.32 
 
 
245 aa  46.2  0.0008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0908747  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2582  beta-lactamase domain protein  25.65 
 
 
239 aa  46.2  0.0008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.401562 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4141  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  30.36 
 
 
251 aa  45.8  0.0009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0878  beta-lactamase domain protein  28.35 
 
 
261 aa  45.8  0.0009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2288  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  27.11 
 
 
255 aa  45.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.52798  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0485  beta-lactamase domain-containing protein  27.84 
 
 
240 aa  44.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.300873  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0487  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  27.16 
 
 
265 aa  44.3  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0332  beta-lactamase domain protein  33.66 
 
 
251 aa  43.9  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20126  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0512  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  26.19 
 
 
260 aa  43.5  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1173  beta-lactamase domain protein  25.61 
 
 
246 aa  43.1  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>