76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3056 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3056  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  100 
 
 		 307 aa  628  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0245  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  65.15 
 
 		 304 aa  399  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109677 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1683  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  60.71 
 
 		 305 aa  361  1e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0732  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.34 
 
 		 305 aa  355  3.9999999999999996e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115489  normal  0.0583771 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1779  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  59.34 
 
 		 305 aa  350  2e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.398534  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1699  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  57.65 
 
 		 305 aa  348  9e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.459515 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2095  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  58.03 
 
 		 305 aa  345  6e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  57.74 
 
 		 307 aa  345  7e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2467  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  57.33 
 
 		 306 aa  345  7e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.177654 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6509  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  57 
 
 		 306 aa  343  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62343  normal  0.0320725 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5122  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  57.42 
 
 		 307 aa  342  5e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3246  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  57.42 
 
 		 307 aa  342  5e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2489  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  57.38 
 
 		 305 aa  340  1e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0289  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  58.01 
 
 		 311 aa  340  2e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.625234 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.07 
 
 		 304 aa  338  9e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00766153  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1966  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  57.79 
 
 		 304 aa  334  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0167068  normal  0.26132 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2620  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.81 
 
 		 309 aa  333  2e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6165  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  56.45 
 
 		 307 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.494701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4035  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  55.74 
 
 		 304 aa  327  2.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.476112  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3308  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  56.82 
 
 		 304 aa  325  5e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5898  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  56.13 
 
 		 307 aa  325  5e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323021 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38820  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  56.49 
 
 		 304 aa  322  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5968  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.84 
 
 		 307 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824566  normal  0.0122877 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41670  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  54.07 
 
 		 302 aa  316  3e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129417  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.42 
 
 		 303 aa  316  4e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4824  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.44 
 
 		 303 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4671  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  53.42 
 
 		 303 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0512  coenzyme PQQ synthesis protein B  53.09 
 
 		 303 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0408  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.77 
 
 		 303 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0404  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.44 
 
 		 303 aa  309  4e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295796  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0379  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.12 
 
 		 303 aa  308  5e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2585  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.87 
 
 		 310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0175933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2252  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  52.12 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.544865  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6247  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  51.27 
 
 		 310 aa  294  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0861  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  47.27 
 
 		 305 aa  288  7e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2453  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.63 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.743561  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5765  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  41.1 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1802  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  43.23 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.354155  normal  0.923595 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2155  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.61 
 
 		 299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal  0.0964958 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1819  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.96 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1148  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  41.59 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5991  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.26 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823433  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1771  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.29 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3322  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  39.35 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.332476 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0845  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.29 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0692  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  42.21 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0518  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  38.31 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.423522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2362  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.94 
 
 		 296 aa  189  7e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3918  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.06 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1981  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  40.78 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0793  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.6 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.824687  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.6 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0078  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.9 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0387  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  39.27 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.366425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2030  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.91 
 
 		 308 aa  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0880  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.53 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0451  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.34 
 
 		 297 aa  169  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2158  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.71 
 
 		 308 aa  169  7e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.790294  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2174  coenzyme PQQ biosynthesis protein B  35.9 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01591  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.66 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.992733  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3422  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  36.28 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.492214  normal  0.457991 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6301  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  35.4 
 
 		 309 aa  162  9e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.587139 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1792  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB  37.64 
 
 		 280 aa  106  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000635041 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0898  coenzyme PQQ synthesis protein B  19.75 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1954  beta-lactamase-like protein  30 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0528  ATP-binding protein PhnP  25.74 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1711  coenzyme PQQ synthesis protein B  24.46 
 
 		 320 aa  55.8  0.0000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.290303 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1876  beta-lactamase domain protein  23.31 
 
 		 261 aa  52.4  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2288  carbon-phosphorus lyase complex accessory protein  31.73 
 
 		 255 aa  47  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.52798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0189  beta-lactamase domain-containing protein  25.95 
 
 		 245 aa  46.6  0.0006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0908747  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0765  Beta-lactamase-like  32.35 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3434  beta-lactamase domain protein  27.73 
 
 		 274 aa  44.7  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0878  beta-lactamase domain protein  24.29 
 
 		 261 aa  44.7  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1586  beta-lactamase-like protein  38.03 
 
 		 267 aa  43.5  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1699  Beta-lactamase-like  25.97 
 
 		 267 aa  43.9  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133966  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0985  metallo-beta-lactamase family protein  28.57 
 
 		 263 aa  43.1  0.005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>