153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3126 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3126  transporter, putative  100 
 
 		 311 aa  631  1e-180  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.598525  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3296  transporter, putative  92.28 
 
 		 311 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.50461  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5278  formate/nitrate transporter  75.34 
 
 		 295 aa  422  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1173  formate/nitrate transporter  73.17 
 
 		 298 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000225808  hitchhiker  0.0010745 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1156  formate/nitrate transporter  72.16 
 
 		 298 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151697  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1190  formate/nitrate transporter  72.16 
 
 		 298 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000136621  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4258  formate/nitrate transporter  72.16 
 
 		 298 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28170  formate/nitrate transporter  66.79 
 
 		 318 aa  371  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0065988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2455  formate/nitrate transporter  68.82 
 
 		 317 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2636  hypothetical protein  52.27 
 
 		 313 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000369454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2747  inner membrane protein YfdC  52.27 
 
 		 313 aa  322  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.147844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2533  inner membrane protein YfdC  55.05 
 
 		 313 aa  321  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2622  inner membrane protein YfdC  55.05 
 
 		 313 aa  321  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2582  inner membrane protein YfdC  55.05 
 
 		 313 aa  321  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.300415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3492  hypothetical protein  53.98 
 
 		 310 aa  317  1e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2644  hypothetical protein  53.98 
 
 		 310 aa  317  1e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2507  hypothetical protein  53.98 
 
 		 310 aa  317  1e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2730  hypothetical protein  53.98 
 
 		 310 aa  317  1e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02273  predicted inner membrane protein  54.39 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1310  formate/nitrite transporter  54.39 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02234  hypothetical protein  54.39 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2499  hypothetical protein  54.39 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1306  putative transport  54.39 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2886  putative transport  56.29 
 
 		 313 aa  314  1.9999999999999998e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3392  putative inner membrane protein  55.51 
 
 		 309 aa  309  4e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2513  putative transport  55.76 
 
 		 278 aa  290  3e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2827  formate/nitrite transporter  51.27 
 
 		 306 aa  278  7e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4338  formate/nitrite transporter  46.84 
 
 		 269 aa  258  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3606  hypothetical protein  43.8 
 
 		 284 aa  230  2e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0709  putative transport protein, YfdC-like protein  40.74 
 
 		 289 aa  212  7e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal  0.184089 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1645  hypothetical protein  40.23 
 
 		 290 aa  205  9e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3922  transport protein, putative  39.62 
 
 		 279 aa  203  3e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.94798 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1210  putative transport protein, YfdC-like protein  39.35 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5413  transporter formate/nitrite transporter family  40.6 
 
 		 267 aa  196  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0209866  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0063  hypothetical protein  37.88 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01110  putative transporter (formate/nitrite transporter family) protein  36.8 
 
 		 286 aa  187  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298042  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4770  putative transport protein, YfdC-like protein  37.59 
 
 		 288 aa  182  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.543572 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0373  putative transport protein, YfdC-like protein  36.88 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0441  putative transport protein, YfdC-like protein  36.81 
 
 		 289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.267412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0405  formate/nitrite transporter  36.52 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3567  hypothetical protein  35.71 
 
 		 268 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1703  putative transport protein, YfdC-like protein  37.76 
 
 		 244 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0727  formate/nitrate transporter  32.67 
 
 		 256 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2071  formate/nitrite transporter  35.62 
 
 		 325 aa  127  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1851  formate/nitrate transporter  29.87 
 
 		 346 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1585  formate/nitrite transporter  28.52 
 
 		 314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4084  formate/nitrite transporter  29.28 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2139  formate/nitrate transporter  28.25 
 
 		 361 aa  107  2e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2299  formate/nitrite transporter  30 
 
 		 732 aa  104  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.546024 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1014  formate/nitrite transporter  29 
 
 		 279 aa  103  4e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.809249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2705  formate/nitrite transporter  29 
 
 		 625 aa  99.4  6e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1674  formate/nitrite transporter  28.33 
 
 		 604 aa  95.1  1e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.368591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1583  formate/nitrite transporter  25.1 
 
 		 262 aa  82.8  0.000000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1015  formate/nitrate transporter  28.42 
 
 		 275 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3646  formate/nitrate transporter  28.63 
 
 		 272 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31093  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3719  formate/nitrate transporter  28.63 
 
 		 272 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.346608  normal  0.739218 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3659  formate/nitrate transporter  28.63 
 
 		 272 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.02842 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1450  formate/nitrite transporter  23.6 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3500  formate/nitrite family of transporters-like protein  27.96 
 
 		 276 aa  65.5  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.999349  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1421  formate/nitrite transporter family protein  26.38 
 
 		 283 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06260  formate/nitrite transporter family protein  35.04 
 
 		 265 aa  65.1  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  25.24 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4123  formate/nitrate transporter  27.91 
 
 		 312 aa  62.4  0.000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.533749  normal  0.319246 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1299  putative formate transporter 1  21.51 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1199  formate/nitrite transporter family protein  26.47 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1201  formate/nitrite transporter family protein  26.47 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.161928  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1222  formate/nitrite transporter family protein  26.47 
 
 		 283 aa  60.5  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109703  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1321  formate/nitrite transporter family protein  26.47 
 
 		 283 aa  60.5  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1061  formate/nitrite transporter  29.61 
 
 		 270 aa  60.5  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134019  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1397  formate/nitrite transporter family protein  26.47 
 
 		 283 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1461  formate/nitrite transporter family protein  25.11 
 
 		 283 aa  59.3  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3985  formate/nitrite transporter family protein  25.63 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1359  formate/nitrite transporter family protein  25.21 
 
 		 283 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25150  formate/nitrite transporter family protein  27.87 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.796989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1605  formate/nitrite transporter  29.84 
 
 		 289 aa  58.2  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0135158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1325  formate/nitrite transporter  26.34 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2879  formate/nitrite transporter  27.43 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.583143  normal  0.245539 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0311  formate/nitrite transporter  24.56 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1035  formate/nitrite transporter  24.58 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0703  formate/nitrite transporter  25.23 
 
 		 270 aa  57  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.709097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1223  formate/nitrite transporter  25.96 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3480  formate/nitrite transporter  24.59 
 
 		 288 aa  53.1  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2756  formate/nitrite transporter  24.87 
 
 		 284 aa  53.1  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424488 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05923  methionine gamma-lyase  21.69 
 
 		 483 aa  53.1  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7925  formate/nitrite transporter  24.34 
 
 		 281 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.295053  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1243  formate/nitrite transporter  24.78 
 
 		 279 aa  52.4  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1131  formate/nitrite transporter  24.78 
 
 		 279 aa  52.4  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000193  formate efflux transporter  21.36 
 
 		 483 aa  52  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000746052  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0716  formate/nitrite transporter  27.87 
 
 		 284 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.991345  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0730  formate/nitrite transporter  27.87 
 
 		 284 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.111441  normal  0.0144378 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1110  formate/nitrite transporter  23.72 
 
 		 277 aa  51.6  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0819  formate/nitrite transporter  27.92 
 
 		 270 aa  50.8  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.225898  normal  0.0203602 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2826  formate/nitrate transporter  26.4 
 
 		 269 aa  50.1  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.189736  hitchhiker  0.00104508 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0234  FNT family protein  26.13 
 
 		 270 aa  50.1  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.316359  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2285  formate and nitrite transporters  25.1 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0710  formate/nitrite transporter  27.32 
 
 		 284 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3614  formate/nitrite transporter  28.14 
 
 		 279 aa  48.9  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.568549  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0474  putative formate transporter 1  21.29 
 
 		 483 aa  48.9  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000188118  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01852  hypothetical protein  23.14 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3306  formate/nitrite transporter  21.57 
 
 		 289 aa  48.1  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0326166  normal  0.791558 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>