118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0373 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_0373  putative transport protein, YfdC-like protein  100 
 
 		 295 aa  593  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0405  formate/nitrite transporter  99.66 
 
 		 295 aa  591  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0441  putative transport protein, YfdC-like protein  88.47 
 
 		 289 aa  487  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.267412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0709  putative transport protein, YfdC-like protein  59.51 
 
 		 289 aa  340  1e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal  0.184089 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3606  hypothetical protein  46.32 
 
 		 284 aa  244  9e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1645  hypothetical protein  44.25 
 
 		 290 aa  241  9e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1210  putative transport protein, YfdC-like protein  43.99 
 
 		 302 aa  238  8e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4770  putative transport protein, YfdC-like protein  45.88 
 
 		 288 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.543572 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3392  putative inner membrane protein  38.7 
 
 		 309 aa  221  9e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1703  putative transport protein, YfdC-like protein  47.32 
 
 		 244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28170  formate/nitrate transporter  40.64 
 
 		 318 aa  211  9e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0065988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2455  formate/nitrate transporter  40.78 
 
 		 317 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3567  hypothetical protein  40.38 
 
 		 268 aa  209  4e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3922  transport protein, putative  40.21 
 
 		 279 aa  205  6e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.94798 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1173  formate/nitrate transporter  42.28 
 
 		 298 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000225808  hitchhiker  0.0010745 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5278  formate/nitrate transporter  42.31 
 
 		 295 aa  202  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2747  inner membrane protein YfdC  37.37 
 
 		 313 aa  201  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.147844  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1310  formate/nitrite transporter  40.23 
 
 		 310 aa  201  9e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2582  inner membrane protein YfdC  37.37 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.300415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2622  inner membrane protein YfdC  37.37 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2533  inner membrane protein YfdC  37.37 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02273  predicted inner membrane protein  40.23 
 
 		 310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02234  hypothetical protein  40.23 
 
 		 310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2499  hypothetical protein  40.23 
 
 		 310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1306  putative transport  40.23 
 
 		 310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2636  hypothetical protein  37.02 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000369454 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2644  hypothetical protein  40.23 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2507  hypothetical protein  40.23 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3492  hypothetical protein  40.23 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2730  hypothetical protein  39.84 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1190  formate/nitrate transporter  40.81 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000136621  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3296  transporter, putative  38.91 
 
 		 311 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.50461  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4258  formate/nitrate transporter  40.07 
 
 		 298 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136807  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1156  formate/nitrate transporter  40.44 
 
 		 298 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151697  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2886  putative transport  36.33 
 
 		 313 aa  195  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3126  transporter, putative  37.82 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.598525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4338  formate/nitrite transporter  38.93 
 
 		 269 aa  190  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5413  transporter formate/nitrite transporter family  40.3 
 
 		 267 aa  191  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0209866  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2513  putative transport  38.73 
 
 		 278 aa  187  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0063  hypothetical protein  38.8 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2827  formate/nitrite transporter  37.33 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01110  putative transporter (formate/nitrite transporter family) protein  33.57 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298042  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0727  formate/nitrate transporter  34.77 
 
 		 256 aa  129  5.0000000000000004e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2071  formate/nitrite transporter  30.36 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4084  formate/nitrite transporter  31.14 
 
 		 307 aa  112  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1585  formate/nitrite transporter  26.17 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1014  formate/nitrite transporter  29.37 
 
 		 279 aa  102  7e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.809249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2705  formate/nitrite transporter  28.57 
 
 		 625 aa  101  1e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1851  formate/nitrate transporter  27.56 
 
 		 346 aa  98.2  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2139  formate/nitrate transporter  27.74 
 
 		 361 aa  93.2  4e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2299  formate/nitrite transporter  27.05 
 
 		 732 aa  87  3e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.546024 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1674  formate/nitrite transporter  27.66 
 
 		 604 aa  84.7  0.000000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.368591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3676  putative formate transporter  24.2 
 
 		 273 aa  68.9  0.00000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1641  putative formate transporter  24.2 
 
 		 273 aa  68.9  0.00000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1015  formate/nitrate transporter  26.09 
 
 		 275 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3583  formate transporter, putative  24.38 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3593  putative formate transporter  24.38 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3362  formate transporter  23.81 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.495857  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3276  formate/nitrite transporter  23.81 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.55771  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3625  formate transporter  23.81 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3576  putative formate transporter  23.81 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1583  formate/nitrite transporter  23.9 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3326  formate/nitrite transporter  23.44 
 
 		 259 aa  60.1  0.00000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.669254  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06260  formate/nitrite transporter family protein  27.33 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3646  formate/nitrate transporter  29.05 
 
 		 272 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31093  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3719  formate/nitrate transporter  29.05 
 
 		 272 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.346608  normal  0.739218 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3659  formate/nitrate transporter  29.05 
 
 		 272 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.02842 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15970  formate/nitrite transporter family protein  30.99 
 
 		 226 aa  58.2  0.0000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0234  FNT family protein  24.8 
 
 		 270 aa  57.4  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.316359  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1906  formate/nitrite transporter  25.82 
 
 		 269 aa  57.4  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0937381  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  25.1 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0209  formate/nitrite transporter  25.13 
 
 		 261 aa  55.5  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0151  formate/nitrite transporter  23.53 
 
 		 280 aa  55.1  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3500  formate/nitrite family of transporters-like protein  26.32 
 
 		 276 aa  54.3  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.999349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0917  formate/nitrite transporter  24.52 
 
 		 282 aa  53.9  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45982e-32 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4123  formate/nitrate transporter  25 
 
 		 312 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.533749  normal  0.319246 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1054  formate/nitrate transporter  21.99 
 
 		 267 aa  52  0.00001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000464668  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3777  putative formate transporter  22.64 
 
 		 271 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000331666  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1325  formate/nitrite transporter  23.32 
 
 		 285 aa  52  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1061  formate/nitrite transporter  24.86 
 
 		 270 aa  50.4  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134019  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1605  formate/nitrite transporter  26.41 
 
 		 289 aa  50.8  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0135158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3826  putative formate transporter  21.18 
 
 		 271 aa  50.1  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000257156  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0999  formate/nitrite transporter  22.78 
 
 		 278 aa  48.5  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1421  formate/nitrite transporter family protein  24.2 
 
 		 283 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3755  formate transporter, putative  22.27 
 
 		 271 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130548  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1359  formate/nitrite transporter family protein  23.71 
 
 		 283 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3573  formate transporter  21.71 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000029484  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3472  formate transporter  21.76 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000183902  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3485  formate transporter  21.71 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000339994  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3857  formate transporter  21.71 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122376  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3985  formate/nitrite transporter family protein  23.29 
 
 		 283 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3739  putative formate transporter  21.71 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000466346 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25150  formate/nitrite transporter family protein  25 
 
 		 287 aa  47  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.796989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0075  formate/nitrite transporter  27.17 
 
 		 286 aa  47.4  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00341405  normal  0.480537 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1299  putative formate transporter 1  20.77 
 
 		 303 aa  47.4  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0842  formate/nitrite transporter  26.67 
 
 		 263 aa  47.4  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3493  formate/nitrite transporter  22.27 
 
 		 271 aa  47.4  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000349448  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1475  putative formate transporter  20.78 
 
 		 271 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000668667  hitchhiker  0.0000156273 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1222  formate/nitrite transporter family protein  23.29 
 
 		 283 aa  47  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109703  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1321  formate/nitrite transporter family protein  23.29 
 
 		 283 aa  47  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>