147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1173 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1173  formate/nitrate transporter  100 
 
 		 298 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000225808  hitchhiker  0.0010745 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4258  formate/nitrate transporter  89.26 
 
 		 298 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136807  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1156  formate/nitrate transporter  89.6 
 
 		 298 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151697  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1190  formate/nitrate transporter  92.07 
 
 		 298 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000136621  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5278  formate/nitrate transporter  78.05 
 
 		 295 aa  432  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3296  transporter, putative  72.85 
 
 		 311 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.50461  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3126  transporter, putative  73.17 
 
 		 311 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.598525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28170  formate/nitrate transporter  68.63 
 
 		 318 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0065988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2455  formate/nitrate transporter  69.7 
 
 		 317 aa  374  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3392  putative inner membrane protein  56.4 
 
 		 309 aa  318  1e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2513  putative transport  56.83 
 
 		 278 aa  302  5.000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2636  hypothetical protein  51.17 
 
 		 313 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000369454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2747  inner membrane protein YfdC  51.17 
 
 		 313 aa  298  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.147844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2582  inner membrane protein YfdC  51.17 
 
 		 313 aa  298  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.300415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2622  inner membrane protein YfdC  51.17 
 
 		 313 aa  298  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2533  inner membrane protein YfdC  51.17 
 
 		 313 aa  298  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2886  putative transport  50.32 
 
 		 313 aa  298  7e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2730  hypothetical protein  53.45 
 
 		 310 aa  296  4e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3492  hypothetical protein  53.45 
 
 		 310 aa  295  5e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2644  hypothetical protein  53.45 
 
 		 310 aa  295  5e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2507  hypothetical protein  53.45 
 
 		 310 aa  295  5e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02273  predicted inner membrane protein  53.45 
 
 		 310 aa  293  2e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02234  hypothetical protein  53.45 
 
 		 310 aa  293  2e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2499  hypothetical protein  53.45 
 
 		 310 aa  293  2e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1306  putative transport  53.45 
 
 		 310 aa  293  2e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1310  formate/nitrite transporter  53.45 
 
 		 310 aa  292  4e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2827  formate/nitrite transporter  50.35 
 
 		 306 aa  268  7e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4338  formate/nitrite transporter  46.64 
 
 		 269 aa  263  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3606  hypothetical protein  42.44 
 
 		 284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1210  putative transport protein, YfdC-like protein  40.78 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0709  putative transport protein, YfdC-like protein  41.91 
 
 		 289 aa  208  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal  0.184089 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1645  hypothetical protein  40.67 
 
 		 290 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5413  transporter formate/nitrite transporter family  40.82 
 
 		 267 aa  203  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0209866  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3922  transport protein, putative  39.23 
 
 		 279 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.94798 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0063  hypothetical protein  39.02 
 
 		 307 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0373  putative transport protein, YfdC-like protein  41.82 
 
 		 295 aa  188  7e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4770  putative transport protein, YfdC-like protein  39.26 
 
 		 288 aa  189  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.543572 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0441  putative transport protein, YfdC-like protein  39.78 
 
 		 289 aa  189  7e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.267412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01110  putative transporter (formate/nitrite transporter family) protein  36.33 
 
 		 286 aa  186  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298042  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0405  formate/nitrite transporter  41.45 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3567  hypothetical protein  36.68 
 
 		 268 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1703  putative transport protein, YfdC-like protein  36.73 
 
 		 244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0727  formate/nitrate transporter  34.14 
 
 		 256 aa  125  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2071  formate/nitrite transporter  30.41 
 
 		 325 aa  116  3.9999999999999997e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1014  formate/nitrite transporter  30.86 
 
 		 279 aa  108  1e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.809249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1585  formate/nitrite transporter  28.11 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4084  formate/nitrite transporter  29.05 
 
 		 307 aa  102  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2139  formate/nitrate transporter  29.25 
 
 		 361 aa  99.8  4e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1851  formate/nitrate transporter  31.06 
 
 		 346 aa  98.6  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2299  formate/nitrite transporter  29.23 
 
 		 732 aa  92.8  6e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.546024 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1674  formate/nitrite transporter  27.3 
 
 		 604 aa  88.2  2e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.368591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2705  formate/nitrite transporter  25.44 
 
 		 625 aa  87  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1583  formate/nitrite transporter  23.32 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1015  formate/nitrate transporter  27.3 
 
 		 275 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06260  formate/nitrite transporter family protein  32.84 
 
 		 265 aa  67  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  25.37 
 
 		 271 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1421  formate/nitrite transporter family protein  26.32 
 
 		 283 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1450  formate/nitrite transporter  22.78 
 
 		 276 aa  60.1  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1461  formate/nitrite transporter family protein  25.91 
 
 		 283 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0311  formate/nitrite transporter  26.36 
 
 		 310 aa  59.3  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1299  putative formate transporter 1  21.22 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1605  formate/nitrite transporter  31.41 
 
 		 289 aa  58.2  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0135158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1223  formate/nitrite transporter  24.8 
 
 		 283 aa  57.8  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1222  formate/nitrite transporter family protein  25.78 
 
 		 283 aa  57.4  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109703  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1199  formate/nitrite transporter family protein  25.78 
 
 		 283 aa  57  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1201  formate/nitrite transporter family protein  25.78 
 
 		 283 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.161928  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1321  formate/nitrite transporter family protein  25.78 
 
 		 283 aa  57.4  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1397  formate/nitrite transporter family protein  25.78 
 
 		 283 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1359  formate/nitrite transporter family protein  25.45 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1035  formate/nitrite transporter  23.36 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3646  formate/nitrate transporter  24.32 
 
 		 272 aa  56.2  0.0000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31093  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3719  formate/nitrate transporter  24.32 
 
 		 272 aa  56.2  0.0000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.346608  normal  0.739218 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3659  formate/nitrate transporter  24.32 
 
 		 272 aa  56.2  0.0000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.02842 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1061  formate/nitrite transporter  28.75 
 
 		 270 aa  55.8  0.0000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134019  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3985  formate/nitrite transporter family protein  25 
 
 		 283 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0917  formate/nitrite transporter  25.97 
 
 		 282 aa  55.5  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45982e-32 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0703  formate/nitrite transporter  22.61 
 
 		 270 aa  54.3  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.709097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4123  formate/nitrate transporter  25.47 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.533749  normal  0.319246 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000193  formate efflux transporter  21.14 
 
 		 483 aa  55.1  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000746052  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0716  formate/nitrite transporter  27.03 
 
 		 284 aa  53.9  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.991345  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0730  formate/nitrite transporter  27.03 
 
 		 284 aa  53.9  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.111441  normal  0.0144378 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05923  methionine gamma-lyase  21.29 
 
 		 483 aa  54.3  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0474  putative formate transporter 1  20.88 
 
 		 483 aa  53.5  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000188118  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3500  formate/nitrite family of transporters-like protein  26.15 
 
 		 276 aa  53.5  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.999349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25150  formate/nitrite transporter family protein  27.5 
 
 		 287 aa  52.8  0.000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.796989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7925  formate/nitrite transporter  26.15 
 
 		 281 aa  52.4  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.295053  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0234  FNT family protein  26.53 
 
 		 270 aa  52.4  0.000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.316359  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0999  formate/nitrite transporter  22.87 
 
 		 278 aa  51.6  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3583  formate transporter, putative  22.31 
 
 		 273 aa  52  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0716  formate/nitrite transporter  24.88 
 
 		 270 aa  52  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.653028  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1110  formate/nitrite transporter  27.95 
 
 		 277 aa  52  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3593  putative formate transporter  22.31 
 
 		 273 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0933  formate/nitrite transporter  25.2 
 
 		 296 aa  52  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.91346  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1906  formate/nitrite transporter  27.09 
 
 		 269 aa  51.6  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0937381  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2663  formate/nitrite transporter  27.08 
 
 		 283 aa  51.6  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000134322  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0710  formate/nitrite transporter  27.07 
 
 		 284 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3676  putative formate transporter  21.92 
 
 		 273 aa  50.8  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1641  putative formate transporter  21.92 
 
 		 273 aa  50.8  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3326  formate/nitrite transporter  22.62 
 
 		 259 aa  50.1  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.669254  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3576  putative formate transporter  22.62 
 
 		 259 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>