229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0933 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0933  formate/nitrite transporter  100 
 
 
296 aa  602  1.0000000000000001e-171  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.91346  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2588  formate transporter  48.79 
 
 
285 aa  255  7e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.864414  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2344  formate/nitrite transporter  48.61 
 
 
285 aa  255  7e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2676  formate transporter  48.79 
 
 
285 aa  255  7e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1947  formate transporter  48.79 
 
 
285 aa  255  7e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00022093  normal  0.102506 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1703  formate transporter  48.78 
 
 
286 aa  254  1.0000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57542  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1998  formate transporter  47.6 
 
 
286 aa  250  2e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2242  formate/nitrite transporter  48.29 
 
 
285 aa  246  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.57128  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1730  formate transporter  48.29 
 
 
286 aa  246  3e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.373125  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00908  formate transporter  46.62 
 
 
285 aa  241  7e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.839413  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2217  formate transporter  46.62 
 
 
285 aa  241  7e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.594776 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2739  formate/nitrite transporter  46.62 
 
 
285 aa  241  7e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.851182  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00915  hypothetical protein  46.62 
 
 
285 aa  241  7e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.656334  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2424  formate transporter  46.62 
 
 
285 aa  241  7e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.307423  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1065  formate transporter  46.62 
 
 
285 aa  241  7e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.187921  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2692  formate transporter  46.62 
 
 
285 aa  241  7e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.514456 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1010  formate transporter  46.62 
 
 
285 aa  241  7e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00439262  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1001  formate transporter  46.62 
 
 
285 aa  241  7e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.304412  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1299  putative formate transporter 1  43.37 
 
 
303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1424  formate/nitrite transporter  45.36 
 
 
285 aa  239  5e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1038  putative formate transporter FocA  47.15 
 
 
271 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.263222 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0979  putative formate transporter FocA  46.77 
 
 
271 aa  235  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.377209  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1007  putative formate transporter FocA  46.77 
 
 
271 aa  235  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1087  putative formate transporter FocA  46.77 
 
 
271 aa  235  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1072  putative formate transporter FocA  46.77 
 
 
271 aa  235  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.4998  normal  0.491294 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1956  putative formate transporter 1  45.2 
 
 
286 aa  231  9e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3306  formate/nitrite transporter  46.89 
 
 
289 aa  231  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0326166  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01852  hypothetical protein  41.28 
 
 
286 aa  229  3e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003830  formate efflux transporter  42.24 
 
 
286 aa  229  4e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1135  formate transporter  43.23 
 
 
275 aa  222  4e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.258908  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000193  formate efflux transporter  39.93 
 
 
483 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000746052  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05923  methionine gamma-lyase  39.19 
 
 
483 aa  209  4e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0554  formate/nitrite transporter  41.1 
 
 
301 aa  205  6e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0474  putative formate transporter 1  38.89 
 
 
483 aa  205  8e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000188118  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0311  formate/nitrite transporter  39.71 
 
 
310 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2707  formate/nitrite transporter  38.34 
 
 
313 aa  196  5.000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.221664 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2470  formate/nitrite transporter  36.73 
 
 
558 aa  194  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0519177  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0999  formate/nitrite transporter  39.56 
 
 
278 aa  193  3e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1495  formate/nitrite transporter  40 
 
 
324 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.299399  normal  0.115317 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1710  formate/nitrite transporter  39.27 
 
 
491 aa  191  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.402769  hitchhiker  0.00135887 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1562  formate/nitrite transporter  39.59 
 
 
324 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.141715 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1556  methionine gamma-lyase  39.59 
 
 
324 aa  189  7e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.331691  normal  0.232428 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2376  formate/nitrite transporter  40.38 
 
 
537 aa  188  9e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2689  formate/nitrite transporter  39.26 
 
 
330 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2911  formate transporter, putative  40.41 
 
 
324 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1695  formate/nitrite transporter  40.89 
 
 
330 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.472094  hitchhiker  0.00102766 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2768  formate/nitrite transporter  39.26 
 
 
330 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.213068 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2670  formate/nitrite transporter  40.89 
 
 
330 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02384  predicted formate transporter  39.64 
 
 
282 aa  185  8e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.330245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1177  formate/nitrite transporter  39.64 
 
 
282 aa  185  8e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02346  hypothetical protein  39.64 
 
 
282 aa  185  8e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.378468  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1184  putative formate transporter  39.64 
 
 
282 aa  185  8e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0550252 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2626  putative formate transporter  39.64 
 
 
282 aa  185  8e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2774  putative formate transporter  38.93 
 
 
282 aa  182  7e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0138397  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1674  formate/nitrite transporter  40.98 
 
 
493 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3714  putative formate transporter  38.93 
 
 
282 aa  181  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.854705  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25150  formate/nitrite transporter family protein  40.68 
 
 
287 aa  179  2.9999999999999997e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.796989  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2639  putative formate transporter  38.57 
 
 
282 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.501611  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2880  formate/nitrite transporter  39.35 
 
 
494 aa  177  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.910131  hitchhiker  0.000564584 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2388  formate/nitrite transporter  36.82 
 
 
508 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0694768 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0917  formate/nitrite transporter  38.72 
 
 
282 aa  169  5e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45982e-32 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0091  formate/nitrate transporter  37.2 
 
 
293 aa  169  7e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2100  formate/nitrite transporter  36.36 
 
 
316 aa  166  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1691  formate/nitrite transporter  36.63 
 
 
318 aa  160  3e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.516822 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2194  formate/nitrite transporter  37.12 
 
 
301 aa  159  4e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0306752  normal  0.415669 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0884  response regulator receiver protein  41.37 
 
 
425 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0234  FNT family protein  39.36 
 
 
270 aa  156  4e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.316359  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01040  formate/nitrite transporter family protein  35.82 
 
 
279 aa  154  1e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.281121  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1906  formate/nitrite transporter  39.11 
 
 
269 aa  155  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0937381  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4565  formate/nitrite transporter  37.5 
 
 
301 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0018  formate/nitrate transporter  36.92 
 
 
265 aa  149  4e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.135457  normal  0.535359 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2864  formate/nitrite transporter  38.33 
 
 
234 aa  148  9e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.666076  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0209  formate/nitrite transporter  35.46 
 
 
261 aa  146  5e-34  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51110  formate,nitrite transporter  34.64 
 
 
269 aa  145  8.000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.269845  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1500  formate transporter  44.35 
 
 
547 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1640  formate/nitrite transporter  34.43 
 
 
288 aa  140  3e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00257653  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1838  putative formate transporter FdhC  36.36 
 
 
292 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.17934e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0716  formate/nitrite transporter  33.21 
 
 
286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0141555  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  35.42 
 
 
271 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_25116  FNT family transporter: formate/nitrite  34.06 
 
 
323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.413468  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1621  formate/nitrite transporter  32.65 
 
 
290 aa  127  3e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1605  formate/nitrite transporter  35.54 
 
 
289 aa  125  7e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0135158  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08647  formate/nitrate family transporter (Eurofung)  33.79 
 
 
310 aa  122  7e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0151  formate/nitrite transporter  34.25 
 
 
280 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46427  predicted protein  33.33 
 
 
315 aa  118  9.999999999999999e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.215207  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2136  formate/nitrite transporter  31.63 
 
 
295 aa  117  3e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0842  formate/nitrite transporter  31.32 
 
 
263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1811  formate/nitrite transporter  31.69 
 
 
290 aa  113  3e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0075  formate/nitrite transporter  32.83 
 
 
286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00341405  normal  0.480537 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1503  hypothetical protein  30.42 
 
 
284 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.48908  normal  0.406493 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1504  hypothetical protein  35.09 
 
 
251 aa  109  5e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.870795  normal  0.369594 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3583  formate transporter, putative  30.8 
 
 
273 aa  108  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3593  putative formate transporter  30.8 
 
 
273 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3362  formate transporter  30.07 
 
 
259 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.495857  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1450  formate/nitrite transporter  30.55 
 
 
276 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3326  formate/nitrite transporter  30.07 
 
 
259 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.669254  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3276  formate/nitrite transporter  30.07 
 
 
259 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.55771  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3625  formate transporter  30.07 
 
 
259 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0191  formate/nitrite transporter  28.24 
 
 
382 aa  108  1e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3676  putative formate transporter  30.07 
 
 
273 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>