219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4084 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4084  formate/nitrite transporter  100 
 
 		 307 aa  620  1e-177  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1585  formate/nitrite transporter  33.1 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1014  formate/nitrite transporter  37.2 
 
 		 279 aa  151  1e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.809249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1851  formate/nitrate transporter  33.67 
 
 		 346 aa  151  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2139  formate/nitrate transporter  31.83 
 
 		 361 aa  150  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0709  putative transport protein, YfdC-like protein  32.73 
 
 		 289 aa  126  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal  0.184089 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2747  inner membrane protein YfdC  29.79 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.147844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2533  inner membrane protein YfdC  29.79 
 
 		 313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2582  inner membrane protein YfdC  29.79 
 
 		 313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.300415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2622  inner membrane protein YfdC  29.79 
 
 		 313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2886  putative transport  30.48 
 
 		 313 aa  119  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2636  hypothetical protein  29.45 
 
 		 313 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000369454 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4338  formate/nitrite transporter  30.17 
 
 		 269 aa  119  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0063  hypothetical protein  28.39 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3392  putative inner membrane protein  28.57 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1645  hypothetical protein  30.25 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01110  putative transporter (formate/nitrite transporter family) protein  34.69 
 
 		 286 aa  117  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298042  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2730  hypothetical protein  30.86 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2455  formate/nitrate transporter  28.37 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1310  formate/nitrite transporter  30.33 
 
 		 310 aa  112  6e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3492  hypothetical protein  30.45 
 
 		 310 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2507  hypothetical protein  30.45 
 
 		 310 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2644  hypothetical protein  30.45 
 
 		 310 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02273  predicted inner membrane protein  30.33 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1306  putative transport  30.33 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2071  formate/nitrite transporter  29.29 
 
 		 325 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02234  hypothetical protein  30.33 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2499  hypothetical protein  30.33 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1674  formate/nitrite transporter  30.51 
 
 		 604 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.368591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2705  formate/nitrite transporter  29.5 
 
 		 625 aa  109  5e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2827  formate/nitrite transporter  31.03 
 
 		 306 aa  109  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0727  formate/nitrate transporter  31.73 
 
 		 256 aa  109  6e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0441  putative transport protein, YfdC-like protein  31.9 
 
 		 289 aa  109  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.267412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3606  hypothetical protein  29.43 
 
 		 284 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3567  hypothetical protein  31.42 
 
 		 268 aa  108  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2513  putative transport  33.06 
 
 		 278 aa  106  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28170  formate/nitrate transporter  27.34 
 
 		 318 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0065988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1210  putative transport protein, YfdC-like protein  28.9 
 
 		 302 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1703  putative transport protein, YfdC-like protein  35.96 
 
 		 244 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2299  formate/nitrite transporter  29.54 
 
 		 732 aa  103  3e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.546024 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0373  putative transport protein, YfdC-like protein  31.9 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5413  transporter formate/nitrite transporter family  31.05 
 
 		 267 aa  102  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0209866  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0405  formate/nitrite transporter  31.47 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3922  transport protein, putative  30.8 
 
 		 279 aa  98.2  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.94798 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3126  transporter, putative  29.28 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.598525  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3296  transporter, putative  28.52 
 
 		 311 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.50461  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1173  formate/nitrate transporter  29.05 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000225808  hitchhiker  0.0010745 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4770  putative transport protein, YfdC-like protein  35.14 
 
 		 288 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.543572 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4258  formate/nitrate transporter  28.81 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136807  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1156  formate/nitrate transporter  28.22 
 
 		 298 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151697  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1190  formate/nitrate transporter  28.81 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000136621  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5278  formate/nitrate transporter  28.69 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1583  formate/nitrite transporter  25.49 
 
 		 262 aa  79  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1605  formate/nitrite transporter  26.67 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0135158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0933  formate/nitrite transporter  27.99 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.91346  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0209  formate/nitrite transporter  23.74 
 
 		 261 aa  71.6  0.00000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1135  formate transporter  22.64 
 
 		 275 aa  71.2  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.258908  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2100  formate/nitrite transporter  25.74 
 
 		 316 aa  70.5  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0554  formate/nitrite transporter  24.36 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0999  formate/nitrite transporter  22.58 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3755  formate transporter, putative  25.58 
 
 		 271 aa  68.9  0.00000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130548  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3573  formate transporter  24.81 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000029484  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3472  formate transporter  24.81 
 
 		 271 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000183902  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3485  formate transporter  24.81 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000339994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3739  putative formate transporter  24.81 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000466346 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3857  formate transporter  24.81 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122376  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3493  formate/nitrite transporter  25.19 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000349448  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1621  formate/nitrite transporter  24.82 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3826  putative formate transporter  24.81 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000257156  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3777  putative formate transporter  24.81 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000331666  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3646  formate/nitrate transporter  25.51 
 
 		 272 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31093  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3719  formate/nitrate transporter  25.51 
 
 		 272 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.346608  normal  0.739218 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3659  formate/nitrate transporter  25.51 
 
 		 272 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.02842 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003830  formate efflux transporter  23.66 
 
 		 286 aa  64.7  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0075  formate/nitrite transporter  23.53 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00341405  normal  0.480537 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0842  formate/nitrite transporter  22.83 
 
 		 263 aa  63.5  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01852  hypothetical protein  23.19 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2194  formate/nitrite transporter  22.68 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0306752  normal  0.415669 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1054  formate/nitrate transporter  22.13 
 
 		 267 aa  62.8  0.000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000464668  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1475  putative formate transporter  24.03 
 
 		 271 aa  62.8  0.000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000668667  hitchhiker  0.0000156273 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1450  formate/nitrite transporter  23.01 
 
 		 276 aa  62.4  0.000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0311  formate/nitrite transporter  22.9 
 
 		 310 aa  62.4  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0703  formate/nitrite transporter  24.54 
 
 		 270 aa  62  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.709097  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0234  FNT family protein  24.09 
 
 		 270 aa  61.2  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.316359  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1035  formate/nitrite transporter  25.63 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1299  putative formate transporter 1  22.9 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  23.39 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0331  formate/nitrite transporter  25.19 
 
 		 270 aa  60.5  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1421  formate/nitrite transporter family protein  23.81 
 
 		 283 aa  59.7  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1015  formate/nitrate transporter  26.36 
 
 		 275 aa  60.1  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1461  formate/nitrite transporter family protein  23.02 
 
 		 283 aa  59.7  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1429  nitrite transporter  23.74 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0198898  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3306  formate/nitrite transporter  22.66 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0326166  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3185  formate/nitrite transporter  21.8 
 
 		 280 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0135134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3985  formate/nitrite transporter family protein  24.21 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0917  formate/nitrite transporter  23.7 
 
 		 282 aa  58.5  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45982e-32 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1199  formate/nitrite transporter family protein  24.47 
 
 		 283 aa  57.8  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1201  formate/nitrite transporter family protein  24.47 
 
 		 283 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.161928  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2136  formate/nitrite transporter  23.31 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1695  formate/nitrite transporter  22.38 
 
 		 265 aa  58.2  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0645091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>