90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1310 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_1310  formate/nitrite transporter  100 
 
 		 310 aa  634    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1306  putative transport  99.68 
 
 		 310 aa  632  1e-180  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02273  predicted inner membrane protein  99.68 
 
 		 310 aa  632  1e-180  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2499  hypothetical protein  99.68 
 
 		 310 aa  632  1e-180  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02234  hypothetical protein  99.68 
 
 		 310 aa  632  1e-180  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3492  hypothetical protein  99.03 
 
 		 310 aa  626  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2507  hypothetical protein  99.03 
 
 		 310 aa  626  1e-178  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2644  hypothetical protein  99.03 
 
 		 310 aa  626  1e-178  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2730  hypothetical protein  98.39 
 
 		 310 aa  622  1e-177  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2533  inner membrane protein YfdC  87.21 
 
 		 313 aa  558  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2622  inner membrane protein YfdC  87.21 
 
 		 313 aa  558  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2582  inner membrane protein YfdC  87.21 
 
 		 313 aa  558  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.300415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2747  inner membrane protein YfdC  86.89 
 
 		 313 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.147844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2636  hypothetical protein  86.89 
 
 		 313 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000369454 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2886  putative transport  86.05 
 
 		 313 aa  545  1e-154  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3392  putative inner membrane protein  70.24 
 
 		 309 aa  419  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265029  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2827  formate/nitrite transporter  66.21 
 
 		 306 aa  390  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3126  transporter, putative  53.9 
 
 		 311 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.598525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2513  putative transport  56.67 
 
 		 278 aa  298  7e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2455  formate/nitrate transporter  53.55 
 
 		 317 aa  296  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3296  transporter, putative  55.52 
 
 		 311 aa  296  3e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.50461  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28170  formate/nitrate transporter  55 
 
 		 318 aa  289  4e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0065988  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1156  formate/nitrate transporter  52.38 
 
 		 298 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151697  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4258  formate/nitrate transporter  55.93 
 
 		 298 aa  285  5e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4338  formate/nitrite transporter  52.61 
 
 		 269 aa  285  5.999999999999999e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1190  formate/nitrate transporter  52.74 
 
 		 298 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000136621  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5278  formate/nitrate transporter  54.55 
 
 		 295 aa  280  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1173  formate/nitrate transporter  50.85 
 
 		 298 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000225808  hitchhiker  0.0010745 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3922  transport protein, putative  41.11 
 
 		 279 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.94798 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1210  putative transport protein, YfdC-like protein  37.24 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3606  hypothetical protein  37.07 
 
 		 284 aa  207  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0063  hypothetical protein  41.77 
 
 		 307 aa  202  4e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1645  hypothetical protein  41 
 
 		 290 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3567  hypothetical protein  41.51 
 
 		 268 aa  199  3.9999999999999996e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0709  putative transport protein, YfdC-like protein  38.81 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal  0.184089 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0441  putative transport protein, YfdC-like protein  37.37 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.267412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0373  putative transport protein, YfdC-like protein  39.83 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0405  formate/nitrite transporter  39.41 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5413  transporter formate/nitrite transporter family  40.16 
 
 		 267 aa  177  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0209866  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01110  putative transporter (formate/nitrite transporter family) protein  34.05 
 
 		 286 aa  176  5e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298042  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4770  putative transport protein, YfdC-like protein  37.04 
 
 		 288 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.543572 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1703  putative transport protein, YfdC-like protein  36.21 
 
 		 244 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0727  formate/nitrate transporter  33.06 
 
 		 256 aa  124  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4084  formate/nitrite transporter  29.51 
 
 		 307 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2299  formate/nitrite transporter  29.66 
 
 		 732 aa  106  5e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.546024 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2071  formate/nitrite transporter  24.27 
 
 		 325 aa  104  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1585  formate/nitrite transporter  26.96 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1014  formate/nitrite transporter  29.23 
 
 		 279 aa  99.8  5e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.809249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2139  formate/nitrate transporter  26.67 
 
 		 361 aa  99.8  5e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2705  formate/nitrite transporter  24.76 
 
 		 625 aa  98.6  1e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1851  formate/nitrate transporter  29.14 
 
 		 346 aa  97.8  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1674  formate/nitrite transporter  29.75 
 
 		 604 aa  95.1  1e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.368591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1583  formate/nitrite transporter  23.02 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06260  formate/nitrite transporter family protein  28.91 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3777  putative formate transporter  26.79 
 
 		 271 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000331666  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  26.15 
 
 		 271 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3500  formate/nitrite family of transporters-like protein  27.83 
 
 		 276 aa  55.5  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.999349  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1421  formate/nitrite transporter family protein  21.74 
 
 		 283 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3755  formate transporter, putative  26.32 
 
 		 271 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130548  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3826  putative formate transporter  25.73 
 
 		 271 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000257156  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1359  formate/nitrite transporter family protein  22.46 
 
 		 283 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3985  formate/nitrite transporter family protein  22.46 
 
 		 283 aa  53.5  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3493  formate/nitrite transporter  25.84 
 
 		 271 aa  53.5  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000349448  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1475  putative formate transporter  25.36 
 
 		 271 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000668667  hitchhiker  0.0000156273 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25150  formate/nitrite transporter family protein  27.05 
 
 		 287 aa  52.8  0.000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.796989  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3485  formate transporter  25 
 
 		 271 aa  52.4  0.000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000339994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1461  formate/nitrite transporter family protein  23.14 
 
 		 283 aa  52.4  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3857  formate transporter  25 
 
 		 271 aa  52  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122376  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3739  putative formate transporter  25 
 
 		 271 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000466346 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3573  formate transporter  25 
 
 		 271 aa  52  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000029484  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1199  formate/nitrite transporter family protein  23.25 
 
 		 283 aa  52.4  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3472  formate transporter  25 
 
 		 271 aa  52  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000183902  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1201  formate/nitrite transporter family protein  23.25 
 
 		 283 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.161928  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1015  formate/nitrate transporter  22.22 
 
 		 275 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1222  formate/nitrite transporter family protein  22.81 
 
 		 283 aa  50.8  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109703  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1397  formate/nitrite transporter family protein  22.81 
 
 		 283 aa  50.8  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1321  formate/nitrite transporter family protein  22.81 
 
 		 283 aa  50.8  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1061  formate/nitrite transporter  25.71 
 
 		 270 aa  49.3  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134019  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1605  formate/nitrite transporter  26.84 
 
 		 289 aa  48.5  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0135158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1223  formate/nitrite transporter  23.15 
 
 		 283 aa  48.1  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0311  formate/nitrite transporter  26.26 
 
 		 310 aa  47  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1035  formate/nitrite transporter  20.63 
 
 		 277 aa  47  0.0005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1450  formate/nitrite transporter  22.49 
 
 		 276 aa  46.2  0.0008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3646  formate/nitrate transporter  25.14 
 
 		 272 aa  43.9  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31093  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3719  formate/nitrate transporter  25.14 
 
 		 272 aa  43.9  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.346608  normal  0.739218 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3659  formate/nitrate transporter  25.14 
 
 		 272 aa  43.9  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.02842 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4123  formate/nitrate transporter  22.93 
 
 		 312 aa  43.5  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.533749  normal  0.319246 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1503  hypothetical protein  26.7 
 
 		 284 aa  43.1  0.006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.48908  normal  0.406493 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1299  putative formate transporter 1  25.13 
 
 		 303 aa  42.7  0.007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2402  formate/nitrite transporter  26.09 
 
 		 269 aa  42.7  0.008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000214776  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>