155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1190 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1190  formate/nitrate transporter  100 
 
 
298 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000136621  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1156  formate/nitrate transporter  97.99 
 
 
298 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151697  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4258  formate/nitrate transporter  93.62 
 
 
298 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136807  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1173  formate/nitrate transporter  92.07 
 
 
298 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000225808  hitchhiker  0.0010745 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5278  formate/nitrate transporter  76.95 
 
 
295 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3296  transporter, putative  72.51 
 
 
311 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.50461  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3126  transporter, putative  72.16 
 
 
311 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.598525  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28170  formate/nitrate transporter  69.96 
 
 
318 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0065988  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2455  formate/nitrate transporter  69.85 
 
 
317 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3392  putative inner membrane protein  53.4 
 
 
309 aa  315  5e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265029  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2636  hypothetical protein  53.56 
 
 
313 aa  305  7e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000369454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2747  inner membrane protein YfdC  53.56 
 
 
313 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.147844  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2533  inner membrane protein YfdC  53.56 
 
 
313 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2582  inner membrane protein YfdC  53.56 
 
 
313 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.300415  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2622  inner membrane protein YfdC  53.56 
 
 
313 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224205  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2513  putative transport  57.19 
 
 
278 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2886  putative transport  50.97 
 
 
313 aa  301  7.000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2730  hypothetical protein  55.51 
 
 
310 aa  299  4e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3492  hypothetical protein  55.51 
 
 
310 aa  298  6e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2644  hypothetical protein  55.51 
 
 
310 aa  298  6e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2507  hypothetical protein  55.51 
 
 
310 aa  298  6e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02273  predicted inner membrane protein  55.51 
 
 
310 aa  298  7e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02234  hypothetical protein  55.51 
 
 
310 aa  298  7e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2499  hypothetical protein  55.51 
 
 
310 aa  298  7e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1306  putative transport  55.51 
 
 
310 aa  298  7e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.134789  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1310  formate/nitrite transporter  55.51 
 
 
310 aa  296  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4338  formate/nitrite transporter  48.13 
 
 
269 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2827  formate/nitrite transporter  50.35 
 
 
306 aa  265  5.999999999999999e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3606  hypothetical protein  43.27 
 
 
284 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1210  putative transport protein, YfdC-like protein  41.84 
 
 
302 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0709  putative transport protein, YfdC-like protein  41.91 
 
 
289 aa  207  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal  0.184089 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1645  hypothetical protein  40.67 
 
 
290 aa  205  6e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5413  transporter formate/nitrite transporter family  41.42 
 
 
267 aa  205  8e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0209866  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3922  transport protein, putative  38.63 
 
 
279 aa  199  5e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.94798 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4770  putative transport protein, YfdC-like protein  39.63 
 
 
288 aa  186  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.543572 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01110  putative transporter (formate/nitrite transporter family) protein  35.96 
 
 
286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298042  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0063  hypothetical protein  37.12 
 
 
307 aa  182  6e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0441  putative transport protein, YfdC-like protein  38.13 
 
 
289 aa  182  6e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.267412  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0373  putative transport protein, YfdC-like protein  40.36 
 
 
295 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38591  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0405  formate/nitrite transporter  40 
 
 
295 aa  179  4e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3567  hypothetical protein  36.29 
 
 
268 aa  176  4e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1703  putative transport protein, YfdC-like protein  38.62 
 
 
244 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2071  formate/nitrite transporter  31.42 
 
 
325 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0727  formate/nitrate transporter  34 
 
 
256 aa  120  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298645  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1014  formate/nitrite transporter  32.34 
 
 
279 aa  107  3e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.809249  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1585  formate/nitrite transporter  29.54 
 
 
314 aa  107  3e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4084  formate/nitrite transporter  28.81 
 
 
307 aa  99  9e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1851  formate/nitrate transporter  28.99 
 
 
346 aa  95.5  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2139  formate/nitrate transporter  29.23 
 
 
361 aa  95.1  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2705  formate/nitrite transporter  26.83 
 
 
625 aa  92.4  8e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1674  formate/nitrite transporter  27.66 
 
 
604 aa  90.9  2e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.368591  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2299  formate/nitrite transporter  28.85 
 
 
732 aa  89.4  8e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.546024 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1583  formate/nitrite transporter  25 
 
 
262 aa  75.9  0.0000000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1015  formate/nitrate transporter  29.55 
 
 
275 aa  73.2  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06260  formate/nitrite transporter family protein  35.07 
 
 
265 aa  68.9  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1421  formate/nitrite transporter family protein  25 
 
 
283 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  25.23 
 
 
271 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0311  formate/nitrite transporter  27.54 
 
 
310 aa  61.2  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3646  formate/nitrate transporter  26.09 
 
 
272 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31093  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3719  formate/nitrate transporter  26.09 
 
 
272 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.346608  normal  0.739218 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3659  formate/nitrate transporter  26.09 
 
 
272 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.02842 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1461  formate/nitrite transporter family protein  24.28 
 
 
283 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1299  putative formate transporter 1  20.8 
 
 
303 aa  57.8  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1222  formate/nitrite transporter family protein  25.38 
 
 
283 aa  57.4  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109703  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1199  formate/nitrite transporter family protein  25.38 
 
 
283 aa  57.4  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1201  formate/nitrite transporter family protein  25.38 
 
 
283 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.161928  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1321  formate/nitrite transporter family protein  25.38 
 
 
283 aa  57.4  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1450  formate/nitrite transporter  22.27 
 
 
276 aa  57.4  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25150  formate/nitrite transporter family protein  29.29 
 
 
287 aa  57  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.796989  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1397  formate/nitrite transporter family protein  25.38 
 
 
283 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1061  formate/nitrite transporter  29.38 
 
 
270 aa  57  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134019  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0703  formate/nitrite transporter  23.6 
 
 
270 aa  57  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.709097  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4123  formate/nitrate transporter  26.97 
 
 
312 aa  57  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.533749  normal  0.319246 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3500  formate/nitrite family of transporters-like protein  27.69 
 
 
276 aa  55.8  0.0000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.999349  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1605  formate/nitrite transporter  28.95 
 
 
289 aa  55.5  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0135158  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0999  formate/nitrite transporter  24.78 
 
 
278 aa  54.3  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2663  formate/nitrite transporter  27.13 
 
 
283 aa  54.7  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000134322  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1223  formate/nitrite transporter  25.22 
 
 
283 aa  54.3  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1359  formate/nitrite transporter family protein  25.68 
 
 
283 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1906  formate/nitrite transporter  28.92 
 
 
269 aa  54.7  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0937381  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3985  formate/nitrite transporter family protein  25.23 
 
 
283 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0474  putative formate transporter 1  21.34 
 
 
483 aa  52.8  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000188118  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0933  formate/nitrite transporter  25.9 
 
 
296 aa  52.8  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.91346  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1035  formate/nitrite transporter  22.06 
 
 
277 aa  52.4  0.000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1110  formate/nitrite transporter  26.18 
 
 
277 aa  52  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05923  methionine gamma-lyase  20.82 
 
 
483 aa  52  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0234  FNT family protein  25.88 
 
 
270 aa  51.2  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.316359  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7925  formate/nitrite transporter  25.91 
 
 
281 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.295053  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0716  formate/nitrite transporter  27.08 
 
 
284 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.991345  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1495  formate/nitrite transporter  21.36 
 
 
324 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.299399  normal  0.115317 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0730  formate/nitrite transporter  27.08 
 
 
284 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.111441  normal  0.0144378 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0800  formate/nitrite transporter  21.03 
 
 
252 aa  50.8  0.00003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0917  formate/nitrite transporter  26.87 
 
 
282 aa  50.8  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45982e-32 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000193  formate efflux transporter  20.25 
 
 
483 aa  50.1  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000746052  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0182  formate/nitrite transporter  24.89 
 
 
282 aa  50.1  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0716  formate/nitrite transporter  24.88 
 
 
270 aa  49.7  0.00006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.653028  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003830  formate efflux transporter  23.31 
 
 
286 aa  49.3  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0710  formate/nitrite transporter  26.84 
 
 
284 aa  49.3  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2879  formate/nitrite transporter  24.21 
 
 
289 aa  48.5  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.583143  normal  0.245539 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1562  formate/nitrite transporter  20.87 
 
 
324 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.141715 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>