100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1645 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1645  hypothetical protein  100 
 
 		 290 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0063  hypothetical protein  44.93 
 
 		 307 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3567  hypothetical protein  46.36 
 
 		 268 aa  238  1e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01110  putative transporter (formate/nitrite transporter family) protein  41.39 
 
 		 286 aa  229  3e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298042  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3922  transport protein, putative  44.03 
 
 		 279 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.94798 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5413  transporter formate/nitrite transporter family  43.4 
 
 		 267 aa  224  9e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0209866  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0709  putative transport protein, YfdC-like protein  41.67 
 
 		 289 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal  0.184089 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0405  formate/nitrite transporter  44.25 
 
 		 295 aa  216  4e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0373  putative transport protein, YfdC-like protein  44.25 
 
 		 295 aa  216  5e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28170  formate/nitrate transporter  38.41 
 
 		 318 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0065988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0441  putative transport protein, YfdC-like protein  45.08 
 
 		 289 aa  208  9e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.267412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2636  hypothetical protein  40.29 
 
 		 313 aa  205  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000369454 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2455  formate/nitrate transporter  37.94 
 
 		 317 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3606  hypothetical protein  44.44 
 
 		 284 aa  204  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2747  inner membrane protein YfdC  39.93 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.147844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2622  inner membrane protein YfdC  39.93 
 
 		 313 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2582  inner membrane protein YfdC  39.93 
 
 		 313 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.300415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2533  inner membrane protein YfdC  39.93 
 
 		 313 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1310  formate/nitrite transporter  41 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1210  putative transport protein, YfdC-like protein  37.93 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2507  hypothetical protein  40.61 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2644  hypothetical protein  40.61 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3492  hypothetical protein  40.61 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2499  hypothetical protein  40.61 
 
 		 310 aa  199  6e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1306  putative transport  40.61 
 
 		 310 aa  199  6e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02234  hypothetical protein  40.61 
 
 		 310 aa  199  6e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02273  predicted inner membrane protein  40.61 
 
 		 310 aa  199  6e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3296  transporter, putative  40.51 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.50461  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2513  putative transport  40.7 
 
 		 278 aa  196  3e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2730  hypothetical protein  40.23 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2886  putative transport  40.61 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5278  formate/nitrate transporter  40.22 
 
 		 295 aa  195  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4258  formate/nitrate transporter  41.29 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136807  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1156  formate/nitrate transporter  41.04 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151697  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1190  formate/nitrate transporter  40.67 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000136621  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1173  formate/nitrate transporter  40.67 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000225808  hitchhiker  0.0010745 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3126  transporter, putative  40.23 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.598525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4338  formate/nitrite transporter  36.68 
 
 		 269 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3392  putative inner membrane protein  35.86 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4770  putative transport protein, YfdC-like protein  41.22 
 
 		 288 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.543572 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2827  formate/nitrite transporter  36.11 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1703  putative transport protein, YfdC-like protein  39.91 
 
 		 244 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4084  formate/nitrite transporter  30.25 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2071  formate/nitrite transporter  26.26 
 
 		 325 aa  97.4  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2139  formate/nitrate transporter  28.26 
 
 		 361 aa  95.5  8e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1585  formate/nitrite transporter  30.27 
 
 		 314 aa  94  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1851  formate/nitrate transporter  27.44 
 
 		 346 aa  93.6  3e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2705  formate/nitrite transporter  28.07 
 
 		 625 aa  90.1  4e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1014  formate/nitrite transporter  29.09 
 
 		 279 aa  89  9e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.809249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2299  formate/nitrite transporter  29.32 
 
 		 732 aa  87  3e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.546024 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1674  formate/nitrite transporter  28.08 
 
 		 604 aa  84.3  0.000000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.368591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0727  formate/nitrate transporter  25.51 
 
 		 256 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1583  formate/nitrite transporter  25.98 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  30.62 
 
 		 271 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1605  formate/nitrite transporter  27.39 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0135158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1135  formate transporter  22.52 
 
 		 275 aa  55.1  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.258908  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3576  putative formate transporter  24.51 
 
 		 259 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3625  formate transporter  24.51 
 
 		 259 aa  53.9  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3362  formate transporter  24.51 
 
 		 259 aa  53.9  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.495857  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3276  formate/nitrite transporter  24.51 
 
 		 259 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.55771  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3326  formate/nitrite transporter  24.51 
 
 		 259 aa  53.9  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.669254  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3583  formate transporter, putative  24.51 
 
 		 273 aa  53.5  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3593  putative formate transporter  24.51 
 
 		 273 aa  53.5  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3676  putative formate transporter  24.9 
 
 		 273 aa  53.1  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1641  putative formate transporter  24.9 
 
 		 273 aa  53.1  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1325  formate/nitrite transporter  25.23 
 
 		 285 aa  50.8  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1243  formate/nitrite transporter  28 
 
 		 279 aa  49.7  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1131  formate/nitrite transporter  28 
 
 		 279 aa  49.7  0.00006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3777  putative formate transporter  26.92 
 
 		 271 aa  49.3  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000331666  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0842  formate/nitrite transporter  26.48 
 
 		 263 aa  48.9  0.00009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1015  formate/nitrate transporter  24.72 
 
 		 275 aa  48.9  0.00009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0716  formate/nitrite transporter  24.76 
 
 		 270 aa  48.5  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.653028  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2402  formate/nitrite transporter  28.12 
 
 		 269 aa  48.5  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000214776  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003830  formate efflux transporter  25.12 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3493  formate/nitrite transporter  25.96 
 
 		 271 aa  47.4  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000349448  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1475  putative formate transporter  27.35 
 
 		 271 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000668667  hitchhiker  0.0000156273 
 
 
-
 
NC_002950  PG0209  formate/nitrite transporter  26.87 
 
 		 261 aa  46.6  0.0004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1299  putative formate transporter 1  21.77 
 
 		 303 aa  47  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3826  putative formate transporter  26.44 
 
 		 271 aa  46.6  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000257156  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0288  formate/nitrite transporter  24.14 
 
 		 281 aa  46.2  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0295  formate/nitrite transporter  24.14 
 
 		 281 aa  46.2  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0151  formate/nitrite transporter  25.1 
 
 		 280 aa  45.8  0.0008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1054  formate/nitrate transporter  23.29 
 
 		 267 aa  45.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000464668  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3485  formate transporter  25.48 
 
 		 271 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000339994  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2756  formate/nitrite transporter  29.35 
 
 		 284 aa  45.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424488 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0611  formate/nitrite transporter  25.62 
 
 		 275 aa  44.7  0.002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46427  predicted protein  25.58 
 
 		 315 aa  44.7  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.215207  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_47526  Probable formate transporter 1 (Formate channel 1)  25.35 
 
 		 444 aa  44.7  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0703  formate/nitrite transporter  25.49 
 
 		 270 aa  44.7  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.709097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0091  formate/nitrate transporter  22.5 
 
 		 293 aa  43.9  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0554  formate/nitrite transporter  27.69 
 
 		 301 aa  43.9  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01852  hypothetical protein  22.22 
 
 		 286 aa  43.9  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3857  formate transporter  25 
 
 		 271 aa  43.1  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122376  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3573  formate transporter  25 
 
 		 271 aa  43.1  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000029484  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3739  putative formate transporter  25 
 
 		 271 aa  43.1  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000466346 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0182  formate/nitrite transporter  24.76 
 
 		 282 aa  42.7  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2663  formate/nitrite transporter  24.29 
 
 		 283 aa  43.1  0.006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000134322  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1703  formate transporter  21.51 
 
 		 286 aa  42.4  0.008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57542  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3472  formate transporter  25 
 
 		 271 aa  42.7  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000183902  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02558  Formate/nitrite transporter  25.24 
 
 		 282 aa  42.4  0.01  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>