81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3922 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3922  transport protein, putative  100 
 
 		 279 aa  541  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.94798 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3567  hypothetical protein  59.62 
 
 		 268 aa  320  9.999999999999999e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0063  hypothetical protein  46.97 
 
 		 307 aa  239  4e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1645  hypothetical protein  44.03 
 
 		 290 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3606  hypothetical protein  44.53 
 
 		 284 aa  218  7e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5413  transporter formate/nitrite transporter family  43.02 
 
 		 267 aa  214  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0209866  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01110  putative transporter (formate/nitrite transporter family) protein  40.75 
 
 		 286 aa  214  9.999999999999999e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298042  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2513  putative transport  43.68 
 
 		 278 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2747  inner membrane protein YfdC  39.08 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.147844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2533  inner membrane protein YfdC  39.08 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2622  inner membrane protein YfdC  39.08 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2582  inner membrane protein YfdC  39.08 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.300415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28170  formate/nitrate transporter  41.22 
 
 		 318 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0065988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2636  hypothetical protein  38.73 
 
 		 313 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000369454 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2455  formate/nitrate transporter  40.74 
 
 		 317 aa  208  7e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1306  putative transport  42.8 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2507  hypothetical protein  42.8 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2644  hypothetical protein  42.8 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3492  hypothetical protein  42.8 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02234  hypothetical protein  42.8 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2499  hypothetical protein  42.8 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1310  formate/nitrite transporter  42.8 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02273  predicted inner membrane protein  42.8 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2730  hypothetical protein  42.42 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3392  putative inner membrane protein  39.85 
 
 		 309 aa  205  6e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4338  formate/nitrite transporter  39.54 
 
 		 269 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2886  putative transport  39.05 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5278  formate/nitrate transporter  40.77 
 
 		 295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1210  putative transport protein, YfdC-like protein  41.54 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3126  transporter, putative  39.62 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.598525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4258  formate/nitrate transporter  38.63 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136807  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1156  formate/nitrate transporter  39.31 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151697  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1190  formate/nitrate transporter  38.63 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000136621  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1173  formate/nitrate transporter  39.23 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000225808  hitchhiker  0.0010745 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3296  transporter, putative  38.46 
 
 		 311 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.50461  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0373  putative transport protein, YfdC-like protein  40.21 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0709  putative transport protein, YfdC-like protein  37.05 
 
 		 289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal  0.184089 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0405  formate/nitrite transporter  39.86 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0441  putative transport protein, YfdC-like protein  39.85 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.267412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2827  formate/nitrite transporter  39.29 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1703  putative transport protein, YfdC-like protein  39.73 
 
 		 244 aa  162  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4770  putative transport protein, YfdC-like protein  36.69 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.543572 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0727  formate/nitrate transporter  35.16 
 
 		 256 aa  128  8.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2705  formate/nitrite transporter  33.33 
 
 		 625 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2299  formate/nitrite transporter  32.05 
 
 		 732 aa  103  4e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.546024 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4084  formate/nitrite transporter  30.8 
 
 		 307 aa  98.2  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2071  formate/nitrite transporter  29.08 
 
 		 325 aa  97.4  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1674  formate/nitrite transporter  32.93 
 
 		 604 aa  91.3  1e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.368591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1014  formate/nitrite transporter  32.03 
 
 		 279 aa  89.4  6e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.809249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1851  formate/nitrate transporter  31.39 
 
 		 346 aa  77  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2139  formate/nitrate transporter  28.62 
 
 		 361 aa  75.1  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1585  formate/nitrite transporter  30.58 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1605  formate/nitrite transporter  30.86 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0135158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1583  formate/nitrite transporter  26.74 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06260  formate/nitrite transporter family protein  29.94 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1325  formate/nitrite transporter  27.17 
 
 		 285 aa  50.8  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05923  methionine gamma-lyase  20.51 
 
 		 483 aa  50.4  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003830  formate efflux transporter  24.49 
 
 		 286 aa  50.4  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0784  formate/nitrite transporter  22.3 
 
 		 268 aa  50.1  0.00004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000193  formate efflux transporter  21.53 
 
 		 483 aa  50.1  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000746052  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51110  formate,nitrite transporter  28.06 
 
 		 269 aa  49.7  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.269845  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1015  formate/nitrate transporter  25.5 
 
 		 275 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0474  putative formate transporter 1  22.9 
 
 		 483 aa  48.5  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000188118  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01852  hypothetical protein  23.67 
 
 		 286 aa  47.8  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0554  formate/nitrite transporter  25.1 
 
 		 301 aa  47.4  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1299  putative formate transporter 1  20.61 
 
 		 303 aa  47.4  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1135  formate transporter  21.83 
 
 		 275 aa  46.6  0.0005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.258908  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4123  formate/nitrate transporter  26.41 
 
 		 312 aa  46.2  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.533749  normal  0.319246 
 
 
-
 
NC_002950  PG0209  formate/nitrite transporter  27.93 
 
 		 261 aa  45.8  0.0008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3646  formate/nitrate transporter  26.95 
 
 		 272 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31093  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3659  formate/nitrate transporter  26.95 
 
 		 272 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.02842 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0842  formate/nitrite transporter  26.34 
 
 		 263 aa  45.4  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3719  formate/nitrate transporter  26.95 
 
 		 272 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.346608  normal  0.739218 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1906  formate/nitrite transporter  29.19 
 
 		 269 aa  45.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0937381  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1695  formate/nitrite transporter  24.42 
 
 		 265 aa  44.3  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0645091  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25150  formate/nitrite transporter family protein  30.25 
 
 		 287 aa  43.9  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.796989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1061  formate/nitrite transporter  28.57 
 
 		 270 aa  43.9  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134019  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1429  nitrite transporter  25.11 
 
 		 265 aa  43.5  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0198898  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1450  formate/nitrite transporter  25.57 
 
 		 276 aa  43.1  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3500  formate/nitrite family of transporters-like protein  26.98 
 
 		 276 aa  42.7  0.006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.999349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  26.16 
 
 		 271 aa  42.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>