90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5413 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5413  transporter formate/nitrite transporter family  100 
 
 		 267 aa  532  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0209866  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1645  hypothetical protein  43.4 
 
 		 290 aa  224  8e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0063  hypothetical protein  45.98 
 
 		 307 aa  222  6e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3922  transport protein, putative  43.02 
 
 		 279 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.94798 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3567  hypothetical protein  42.37 
 
 		 268 aa  213  1.9999999999999998e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3392  putative inner membrane protein  40.46 
 
 		 309 aa  199  5e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2513  putative transport  43.18 
 
 		 278 aa  199  6e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28170  formate/nitrate transporter  39.16 
 
 		 318 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0065988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4258  formate/nitrate transporter  40.45 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01110  putative transporter (formate/nitrite transporter family) protein  40.38 
 
 		 286 aa  194  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298042  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1190  formate/nitrate transporter  41.42 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000136621  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1156  formate/nitrate transporter  41.42 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151697  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2455  formate/nitrate transporter  39.54 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1173  formate/nitrate transporter  40.82 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000225808  hitchhiker  0.0010745 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5278  formate/nitrate transporter  38.72 
 
 		 295 aa  192  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3296  transporter, putative  40.98 
 
 		 311 aa  191  9e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.50461  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3606  hypothetical protein  43.51 
 
 		 284 aa  188  8e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3126  transporter, putative  40.6 
 
 		 311 aa  188  9e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.598525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1210  putative transport protein, YfdC-like protein  37.36 
 
 		 302 aa  182  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4338  formate/nitrite transporter  36.12 
 
 		 269 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0709  putative transport protein, YfdC-like protein  39.16 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal  0.184089 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2644  hypothetical protein  40.55 
 
 		 310 aa  180  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3492  hypothetical protein  40.55 
 
 		 310 aa  180  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2507  hypothetical protein  40.55 
 
 		 310 aa  180  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02273  predicted inner membrane protein  40.55 
 
 		 310 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02234  hypothetical protein  40.55 
 
 		 310 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1306  putative transport  40.55 
 
 		 310 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2499  hypothetical protein  40.55 
 
 		 310 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2827  formate/nitrite transporter  40 
 
 		 306 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2730  hypothetical protein  40.16 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2582  inner membrane protein YfdC  40.16 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.300415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2622  inner membrane protein YfdC  40.16 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2533  inner membrane protein YfdC  40.16 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2747  inner membrane protein YfdC  40.16 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.147844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2636  hypothetical protein  40.16 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000369454 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1310  formate/nitrite transporter  40.16 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2886  putative transport  39.37 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0405  formate/nitrite transporter  40.3 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0373  putative transport protein, YfdC-like protein  40.3 
 
 		 295 aa  169  4e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0441  putative transport protein, YfdC-like protein  38.78 
 
 		 289 aa  169  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.267412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1703  putative transport protein, YfdC-like protein  38.84 
 
 		 244 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4770  putative transport protein, YfdC-like protein  36.6 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.543572 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4084  formate/nitrite transporter  31.05 
 
 		 307 aa  102  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0727  formate/nitrate transporter  29.44 
 
 		 256 aa  85.9  6e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298645  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2299  formate/nitrite transporter  27.92 
 
 		 732 aa  84  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.546024 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1674  formate/nitrite transporter  29.64 
 
 		 604 aa  82  0.000000000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.368591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1851  formate/nitrate transporter  31.77 
 
 		 346 aa  82  0.000000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2139  formate/nitrate transporter  29.25 
 
 		 361 aa  79.7  0.00000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2705  formate/nitrite transporter  30.24 
 
 		 625 aa  78.6  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2071  formate/nitrite transporter  29.25 
 
 		 325 aa  77.4  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1014  formate/nitrite transporter  26.24 
 
 		 279 aa  72  0.000000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.809249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1585  formate/nitrite transporter  26.64 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  25.98 
 
 		 271 aa  57  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1583  formate/nitrite transporter  24.81 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0842  formate/nitrite transporter  28.95 
 
 		 263 aa  56.2  0.0000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4123  formate/nitrate transporter  30.08 
 
 		 312 aa  55.8  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.533749  normal  0.319246 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3646  formate/nitrate transporter  31.21 
 
 		 272 aa  55.5  0.0000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31093  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3719  formate/nitrate transporter  31.21 
 
 		 272 aa  55.5  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.346608  normal  0.739218 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3659  formate/nitrate transporter  31.21 
 
 		 272 aa  55.5  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.02842 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1421  formate/nitrite transporter family protein  24.79 
 
 		 283 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1359  formate/nitrite transporter family protein  26.07 
 
 		 283 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1605  formate/nitrite transporter  29.51 
 
 		 289 aa  53.9  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0135158  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3326  formate/nitrite transporter  25.67 
 
 		 259 aa  52.8  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.669254  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3362  formate transporter  25.67 
 
 		 259 aa  52.8  0.000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.495857  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3576  putative formate transporter  25.67 
 
 		 259 aa  52.8  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3625  formate transporter  25.67 
 
 		 259 aa  52.8  0.000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3276  formate/nitrite transporter  25.67 
 
 		 259 aa  52.8  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.55771  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1223  formate/nitrite transporter  24.79 
 
 		 283 aa  52.8  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1461  formate/nitrite transporter family protein  24.79 
 
 		 283 aa  52.4  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3985  formate/nitrite transporter family protein  25 
 
 		 283 aa  52.4  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3676  putative formate transporter  25.58 
 
 		 273 aa  52.4  0.000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1641  putative formate transporter  25.58 
 
 		 273 aa  52.4  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1956  putative formate transporter 1  24.23 
 
 		 286 aa  52  0.000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1397  formate/nitrite transporter family protein  24.19 
 
 		 283 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3583  formate transporter, putative  25.67 
 
 		 273 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3593  putative formate transporter  25.67 
 
 		 273 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1222  formate/nitrite transporter family protein  24.19 
 
 		 283 aa  52  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109703  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1321  formate/nitrite transporter family protein  24.19 
 
 		 283 aa  52  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1201  formate/nitrite transporter family protein  24.19 
 
 		 283 aa  52  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.161928  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1199  formate/nitrite transporter family protein  24.19 
 
 		 283 aa  52  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15970  formate/nitrite transporter family protein  34.31 
 
 		 226 aa  50.1  0.00004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0209  formate/nitrite transporter  30.21 
 
 		 261 aa  49.3  0.00006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01852  hypothetical protein  22.78 
 
 		 286 aa  48.9  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1035  formate/nitrite transporter  23.5 
 
 		 277 aa  48.1  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1015  formate/nitrate transporter  25.55 
 
 		 275 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0999  formate/nitrite transporter  26.99 
 
 		 278 aa  47  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06260  formate/nitrite transporter family protein  30.7 
 
 		 265 aa  46.2  0.0005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0234  FNT family protein  25.91 
 
 		 270 aa  44.7  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.316359  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003830  formate efflux transporter  22.78 
 
 		 286 aa  43.5  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1811  formate/nitrite transporter  25.86 
 
 		 290 aa  42.4  0.008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>