120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2827 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2827  formate/nitrite transporter  100 
 
 
306 aa  630  1e-179  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2582  inner membrane protein YfdC  70 
 
 
313 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.300415  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2636  hypothetical protein  67.32 
 
 
313 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000369454 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2622  inner membrane protein YfdC  70 
 
 
313 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224205  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2533  inner membrane protein YfdC  70 
 
 
313 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2747  inner membrane protein YfdC  67.32 
 
 
313 aa  421  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.147844  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2886  putative transport  66.22 
 
 
313 aa  401  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02234  hypothetical protein  68.21 
 
 
310 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02273  predicted inner membrane protein  68.21 
 
 
310 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2499  hypothetical protein  68.21 
 
 
310 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2644  hypothetical protein  68.21 
 
 
310 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1306  putative transport  68.21 
 
 
310 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.134789  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2507  hypothetical protein  68.21 
 
 
310 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3492  hypothetical protein  68.21 
 
 
310 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1310  formate/nitrite transporter  67.86 
 
 
310 aa  395  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2730  hypothetical protein  67.5 
 
 
310 aa  395  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3392  putative inner membrane protein  62.79 
 
 
309 aa  381  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265029  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2513  putative transport  53.68 
 
 
278 aa  287  2e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3296  transporter, putative  50.89 
 
 
311 aa  276  4e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.50461  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3126  transporter, putative  51.27 
 
 
311 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.598525  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5278  formate/nitrate transporter  53.68 
 
 
295 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4338  formate/nitrite transporter  50.56 
 
 
269 aa  268  7e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1173  formate/nitrate transporter  50.35 
 
 
298 aa  267  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000225808  hitchhiker  0.0010745 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1156  formate/nitrate transporter  50 
 
 
298 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151697  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4258  formate/nitrate transporter  48.98 
 
 
298 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136807  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2455  formate/nitrate transporter  47.86 
 
 
317 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28170  formate/nitrate transporter  46.88 
 
 
318 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0065988  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1190  formate/nitrate transporter  50.35 
 
 
298 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000136621  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3606  hypothetical protein  38.64 
 
 
284 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01110  putative transporter (formate/nitrite transporter family) protein  37.98 
 
 
286 aa  197  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298042  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1645  hypothetical protein  36.11 
 
 
290 aa  195  6e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1210  putative transport protein, YfdC-like protein  39.08 
 
 
302 aa  195  9e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5413  transporter formate/nitrite transporter family  40 
 
 
267 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0209866  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0063  hypothetical protein  38.11 
 
 
307 aa  192  5e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3922  transport protein, putative  39.29 
 
 
279 aa  186  3e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.94798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0709  putative transport protein, YfdC-like protein  36.3 
 
 
289 aa  186  4e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal  0.184089 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0373  putative transport protein, YfdC-like protein  37.33 
 
 
295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38591  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0405  formate/nitrite transporter  37.33 
 
 
295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0441  putative transport protein, YfdC-like protein  37.85 
 
 
289 aa  179  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.267412  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3567  hypothetical protein  36.36 
 
 
268 aa  178  9e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4770  putative transport protein, YfdC-like protein  42.41 
 
 
288 aa  169  7e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.543572 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1703  putative transport protein, YfdC-like protein  39.83 
 
 
244 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4084  formate/nitrite transporter  31.03 
 
 
307 aa  120  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0727  formate/nitrate transporter  32.94 
 
 
256 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298645  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2071  formate/nitrite transporter  27.12 
 
 
325 aa  112  5e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1585  formate/nitrite transporter  28.01 
 
 
314 aa  105  1e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1014  formate/nitrite transporter  28.47 
 
 
279 aa  102  6e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.809249  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1674  formate/nitrite transporter  28.72 
 
 
604 aa  102  1e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.368591  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2705  formate/nitrite transporter  25.32 
 
 
625 aa  100  3e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2299  formate/nitrite transporter  27.64 
 
 
732 aa  99.8  6e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.546024 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2139  formate/nitrate transporter  26.48 
 
 
361 aa  92.8  6e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1851  formate/nitrate transporter  26.91 
 
 
346 aa  92.8  7e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1583  formate/nitrite transporter  23.02 
 
 
262 aa  78.2  0.0000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1222  formate/nitrite transporter family protein  24.07 
 
 
283 aa  65.1  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109703  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1321  formate/nitrite transporter family protein  24.07 
 
 
283 aa  65.1  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1397  formate/nitrite transporter family protein  24.07 
 
 
283 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1199  formate/nitrite transporter family protein  25.1 
 
 
283 aa  64.3  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1201  formate/nitrite transporter family protein  25.1 
 
 
283 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.161928  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1359  formate/nitrite transporter family protein  23.88 
 
 
283 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1421  formate/nitrite transporter family protein  24.7 
 
 
283 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3985  formate/nitrite transporter family protein  24.9 
 
 
283 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1223  formate/nitrite transporter  24.7 
 
 
283 aa  63.9  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1461  formate/nitrite transporter family protein  24.7 
 
 
283 aa  63.2  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3472  formate transporter  25.27 
 
 
271 aa  62.4  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000183902  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4123  formate/nitrate transporter  25.28 
 
 
312 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.533749  normal  0.319246 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3755  formate transporter, putative  24.91 
 
 
271 aa  59.7  0.00000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130548  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3485  formate transporter  24.91 
 
 
271 aa  59.3  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000339994  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3573  formate transporter  24.91 
 
 
271 aa  59.3  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000029484  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3857  formate transporter  24.91 
 
 
271 aa  59.3  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122376  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3739  putative formate transporter  24.91 
 
 
271 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000466346 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1035  formate/nitrite transporter  22.95 
 
 
277 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3493  formate/nitrite transporter  26.42 
 
 
271 aa  58.5  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000349448  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3777  putative formate transporter  24.54 
 
 
271 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000331666  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  26.57 
 
 
271 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06260  formate/nitrite transporter family protein  30.33 
 
 
265 aa  56.6  0.0000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25150  formate/nitrite transporter family protein  26.01 
 
 
287 aa  55.1  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.796989  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0800  formate/nitrite transporter  22.5 
 
 
252 aa  54.7  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3500  formate/nitrite family of transporters-like protein  27.04 
 
 
276 aa  55.1  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.999349  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3826  putative formate transporter  25.2 
 
 
271 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000257156  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1061  formate/nitrite transporter  29.36 
 
 
270 aa  52  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134019  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2402  formate/nitrite transporter  25.14 
 
 
269 aa  52  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000214776  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1475  putative formate transporter  25.69 
 
 
271 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000668667  hitchhiker  0.0000156273 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1450  formate/nitrite transporter  22.22 
 
 
276 aa  50.8  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0999  formate/nitrite transporter  23.53 
 
 
278 aa  50.1  0.00005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3646  formate/nitrate transporter  26.99 
 
 
272 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31093  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3719  formate/nitrate transporter  26.99 
 
 
272 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.346608  normal  0.739218 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3659  formate/nitrate transporter  26.99 
 
 
272 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.02842 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1703  formate transporter  25.62 
 
 
286 aa  48.1  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57542  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2588  formate transporter  25.62 
 
 
285 aa  47.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.864414  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1947  formate transporter  25.62 
 
 
285 aa  47.4  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00022093  normal  0.102506 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2676  formate transporter  25.62 
 
 
285 aa  47.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3676  putative formate transporter  24.37 
 
 
273 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1641  putative formate transporter  24.37 
 
 
273 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0554  formate/nitrite transporter  23.1 
 
 
301 aa  47  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01852  hypothetical protein  23.11 
 
 
286 aa  46.2  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1015  formate/nitrate transporter  23.9 
 
 
275 aa  46.2  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1135  formate transporter  22.79 
 
 
275 aa  45.8  0.0008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.258908  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15970  formate/nitrite transporter family protein  26.4 
 
 
226 aa  45.8  0.0008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3326  formate/nitrite transporter  23.11 
 
 
259 aa  45.4  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.669254  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1424  formate/nitrite transporter  24.2 
 
 
285 aa  45.4  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>