163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3296 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3296  transporter, putative  100 
 
 		 311 aa  627  1e-179  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.50461  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3126  transporter, putative  92.28 
 
 		 311 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.598525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5278  formate/nitrate transporter  74.66 
 
 		 295 aa  419  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4258  formate/nitrate transporter  73.2 
 
 		 298 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1173  formate/nitrate transporter  72.85 
 
 		 298 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000225808  hitchhiker  0.0010745 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1156  formate/nitrate transporter  73.2 
 
 		 298 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151697  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1190  formate/nitrate transporter  72.51 
 
 		 298 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000136621  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28170  formate/nitrate transporter  69.2 
 
 		 318 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0065988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2455  formate/nitrate transporter  69.2 
 
 		 317 aa  371  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2636  hypothetical protein  53.97 
 
 		 313 aa  316  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000369454 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2622  inner membrane protein YfdC  53.97 
 
 		 313 aa  315  9e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2747  inner membrane protein YfdC  53.97 
 
 		 313 aa  315  9e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.147844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2533  inner membrane protein YfdC  53.97 
 
 		 313 aa  315  9e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2582  inner membrane protein YfdC  53.97 
 
 		 313 aa  315  9e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.300415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3392  putative inner membrane protein  54.45 
 
 		 309 aa  309  4e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265029  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1310  formate/nitrite transporter  56.09 
 
 		 310 aa  308  5e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2730  hypothetical protein  54.01 
 
 		 310 aa  308  5.9999999999999995e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2886  putative transport  55.24 
 
 		 313 aa  308  9e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  0.232466 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02273  predicted inner membrane protein  56.09 
 
 		 310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3492  hypothetical protein  56.09 
 
 		 310 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02234  hypothetical protein  56.09 
 
 		 310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2499  hypothetical protein  56.09 
 
 		 310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2644  hypothetical protein  56.09 
 
 		 310 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1306  putative transport  56.09 
 
 		 310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2507  hypothetical protein  56.09 
 
 		 310 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2513  putative transport  56.88 
 
 		 278 aa  290  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2827  formate/nitrite transporter  50.89 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4338  formate/nitrite transporter  46.47 
 
 		 269 aa  259  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3606  hypothetical protein  45.09 
 
 		 284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1645  hypothetical protein  40.51 
 
 		 290 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0709  putative transport protein, YfdC-like protein  40.15 
 
 		 289 aa  206  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal  0.184089 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1210  putative transport protein, YfdC-like protein  39.71 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5413  transporter formate/nitrite transporter family  40.98 
 
 		 267 aa  200  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0209866  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3922  transport protein, putative  38.46 
 
 		 279 aa  196  5.000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.94798 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01110  putative transporter (formate/nitrite transporter family) protein  37.55 
 
 		 286 aa  191  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298042  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4770  putative transport protein, YfdC-like protein  39.05 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.543572 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0063  hypothetical protein  37.59 
 
 		 307 aa  187  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0441  putative transport protein, YfdC-like protein  38.3 
 
 		 289 aa  186  4e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.267412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0405  formate/nitrite transporter  38.91 
 
 		 295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0373  putative transport protein, YfdC-like protein  38.91 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3567  hypothetical protein  35.5 
 
 		 268 aa  175  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1703  putative transport protein, YfdC-like protein  37.76 
 
 		 244 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0727  formate/nitrate transporter  33.07 
 
 		 256 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2071  formate/nitrite transporter  35.62 
 
 		 325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1851  formate/nitrate transporter  30.18 
 
 		 346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1585  formate/nitrite transporter  29.32 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2139  formate/nitrate transporter  29.87 
 
 		 361 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4084  formate/nitrite transporter  28.52 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2299  formate/nitrite transporter  31.35 
 
 		 732 aa  104  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.546024 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1014  formate/nitrite transporter  29 
 
 		 279 aa  102  8e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.809249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2705  formate/nitrite transporter  28.38 
 
 		 625 aa  101  1e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1674  formate/nitrite transporter  28.98 
 
 		 604 aa  99.4  7e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.368591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1583  formate/nitrite transporter  26.24 
 
 		 262 aa  81.3  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3500  formate/nitrite family of transporters-like protein  30.65 
 
 		 276 aa  69.7  0.00000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.999349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  25.71 
 
 		 271 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1450  formate/nitrite transporter  24 
 
 		 276 aa  66.6  0.0000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1015  formate/nitrate transporter  27.37 
 
 		 275 aa  66.2  0.0000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1421  formate/nitrite transporter family protein  24.56 
 
 		 283 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0311  formate/nitrite transporter  25.11 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1061  formate/nitrite transporter  29.76 
 
 		 270 aa  63.9  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134019  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1035  formate/nitrite transporter  25 
 
 		 277 aa  62.8  0.000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06260  formate/nitrite transporter family protein  34.56 
 
 		 265 aa  62  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1299  putative formate transporter 1  21.77 
 
 		 303 aa  62  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1222  formate/nitrite transporter family protein  25 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109703  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1199  formate/nitrite transporter family protein  25 
 
 		 283 aa  61.6  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1201  formate/nitrite transporter family protein  25 
 
 		 283 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.161928  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1321  formate/nitrite transporter family protein  25 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1397  formate/nitrite transporter family protein  25 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1461  formate/nitrite transporter family protein  23.68 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1359  formate/nitrite transporter family protein  24.12 
 
 		 283 aa  59.7  0.00000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1223  formate/nitrite transporter  24.03 
 
 		 283 aa  59.7  0.00000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3985  formate/nitrite transporter family protein  23.68 
 
 		 283 aa  59.3  0.00000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0703  formate/nitrite transporter  25.23 
 
 		 270 aa  57.8  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.709097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3646  formate/nitrate transporter  26.77 
 
 		 272 aa  57  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31093  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3719  formate/nitrate transporter  26.77 
 
 		 272 aa  57  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.346608  normal  0.739218 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3659  formate/nitrate transporter  26.77 
 
 		 272 aa  57  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.02842 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1605  formate/nitrite transporter  31.25 
 
 		 289 aa  55.8  0.0000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0135158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4123  formate/nitrate transporter  26.07 
 
 		 312 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.533749  normal  0.319246 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25150  formate/nitrite transporter family protein  27.05 
 
 		 287 aa  54.3  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.796989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0716  formate/nitrite transporter  27.6 
 
 		 270 aa  53.5  0.000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.653028  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2285  formate and nitrite transporters  26.85 
 
 		 295 aa  53.1  0.000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05923  methionine gamma-lyase  21.53 
 
 		 483 aa  52.4  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15970  formate/nitrite transporter family protein  30.25 
 
 		 226 aa  52  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2879  formate/nitrite transporter  27.93 
 
 		 289 aa  52.4  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.583143  normal  0.245539 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7925  formate/nitrite transporter  25.45 
 
 		 281 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.295053  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0234  FNT family protein  26.13 
 
 		 270 aa  50.8  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.316359  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0151  formate/nitrite transporter  27.1 
 
 		 280 aa  50.4  0.00003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1243  formate/nitrite transporter  24.79 
 
 		 279 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3480  formate/nitrite transporter  24.77 
 
 		 288 aa  50.1  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1131  formate/nitrite transporter  24.79 
 
 		 279 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000193  formate efflux transporter  21.82 
 
 		 483 aa  50.1  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000746052  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1110  formate/nitrite transporter  23.72 
 
 		 277 aa  49.3  0.00009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0716  formate/nitrite transporter  26.11 
 
 		 284 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.991345  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0730  formate/nitrite transporter  26.11 
 
 		 284 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.111441  normal  0.0144378 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3306  formate/nitrite transporter  22.06 
 
 		 289 aa  48.9  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0326166  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_25116  FNT family transporter: formate/nitrite  26.13 
 
 		 323 aa  48.9  0.0001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.413468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01852  hypothetical protein  23.08 
 
 		 286 aa  48.9  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1943  putativel formate transporter  24.46 
 
 		 281 aa  48.1  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.466004  normal  0.753963 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2826  formate/nitrate transporter  24.77 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.189736  hitchhiker  0.00104508 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2402  formate/nitrite transporter  26.21 
 
 		 269 aa  47.4  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000214776  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>