85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3203 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3203  LmbE family protein  100 
 
 		 244 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.628918  normal  0.0311865 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2515  hypothetical protein  98.77 
 
 		 258 aa  503  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2028  LmbE family protein  99.18 
 
 		 244 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.681353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1362  LmbE family protein  89.17 
 
 		 245 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.96633  normal  0.0409957 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2092  LmbE family protein  83.75 
 
 		 247 aa  431  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31270  LmbE-like protein  86.83 
 
 		 245 aa  428  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0094  GlcNAc-PI de-N-acetylase family  79.25 
 
 		 245 aa  422  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0093  hypothetical protein  79.25 
 
 		 245 aa  422  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4120  LmbE family protein  79.25 
 
 		 245 aa  422  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0330  LmbE-like protein  85.71 
 
 		 246 aa  417  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0698342  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4204  hypothetical protein  65.42 
 
 		 245 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.786164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1612  LmbE family protein  55.32 
 
 		 238 aa  266  2.9999999999999995e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38410  uncharacterized LmbE-like protein  51.65 
 
 		 246 aa  255  4e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2678  LmbE family protein  46.22 
 
 		 237 aa  215  5.9999999999999996e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.545275  normal  0.0774255 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4022  LmbE family protein  44.35 
 
 		 238 aa  205  5e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0251604 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0201  hypothetical protein  45.38 
 
 		 239 aa  194  1e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114045  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1056  LmbE family protein  34.73 
 
 		 239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1995  LmbE family protein  29.77 
 
 		 276 aa  79.3  0.00000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0990731 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1275  LmbE family protein  32.34 
 
 		 237 aa  76.3  0.0000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.634359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2570  LmbE family protein  28.34 
 
 		 236 aa  74.3  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1698  LmbE family protein  25.77 
 
 		 237 aa  69.7  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.958754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1118  hypothetical protein  31.16 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1160  LmbE family protein  25.37 
 
 		 271 aa  61.2  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2223  LmbE-like protein  30.33 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0922  LmbE family protein  25.32 
 
 		 231 aa  58.9  0.00000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3083  LmbE family protein  27.31 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110434  normal  0.0323718 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4793  response regulator receiver protein  24.75 
 
 		 350 aa  55.8  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  25.64 
 
 		 227 aa  54.3  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12528  hypothetical protein  26.42 
 
 		 238 aa  53.1  0.000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  25.21 
 
 		 227 aa  52.8  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1776  hypothetical protein  28.12 
 
 		 243 aa  52.8  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0204994 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1208  LmbE family protein  26.94 
 
 		 238 aa  52  0.000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.306871 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2122  LmbE family protein  26.4 
 
 		 236 aa  52  0.000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.674571  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  25.81 
 
 		 260 aa  51.6  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1457  LmbE family protein  28.87 
 
 		 223 aa  51.6  0.00001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1395  LmbE family protein  29.01 
 
 		 239 aa  50.4  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.067563  normal  0.604637 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0211  putative LmbE-like protein  26.42 
 
 		 227 aa  49.7  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5532  LmbE family protein  26.15 
 
 		 280 aa  49.7  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.674853  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0661  LmbE family protein  26.77 
 
 		 239 aa  49.7  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.152774 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1235  hypothetical protein  23.77 
 
 		 239 aa  49.7  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000120217 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2194  LmbE family protein  25 
 
 		 220 aa  49.3  0.00006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.646145  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2964  LmbE family protein  29.17 
 
 		 250 aa  49.3  0.00006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0084  LmbE family protein  23.92 
 
 		 242 aa  48.9  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.809273 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22640  response regulator with CheY-like receiver, AAA-type ATPase, and DNA-binding domains  30.25 
 
 		 358 aa  48.1  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.800771 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1971  LmbE-like protein protein  28.57 
 
 		 249 aa  48.1  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.671199 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2761  LmbE family protein  27.01 
 
 		 228 aa  48.1  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.772282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0837  LmbE family protein  25.98 
 
 		 237 aa  48.5  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0402  LmbE family protein  27.4 
 
 		 217 aa  47.4  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1663  hypothetical protein  26.14 
 
 		 234 aa  47  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1444  hypothetical protein  25.73 
 
 		 234 aa  47  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.140604  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1557  hypothetical protein  25.73 
 
 		 234 aa  47  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0661  putative LmbE-like protein  27.75 
 
 		 222 aa  47  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0532448  normal  0.938153 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1460  LmbE family protein  23.98 
 
 		 234 aa  46.6  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0532009  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1530  LmbE family protein  23.35 
 
 		 245 aa  47  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.276807  normal  0.0194959 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1701  hypothetical protein  25.73 
 
 		 234 aa  47  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00454663  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1416  hypothetical protein  25.73 
 
 		 234 aa  47  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.812012  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1628  hypothetical protein  25.73 
 
 		 234 aa  47  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.148873 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2820  LmbE family protein  25.89 
 
 		 230 aa  46.2  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0881  LmbE family protein  26.82 
 
 		 229 aa  45.8  0.0006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.683362  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  26.15 
 
 		 308 aa  45.4  0.0008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3646  LmbE family protein  25.37 
 
 		 221 aa  45.4  0.0009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.746983  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1417  hypothetical protein  25.31 
 
 		 234 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.490751  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1324  LmbE-like protein  26.8 
 
 		 223 aa  44.7  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0060113  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1590  hypothetical protein  23.98 
 
 		 234 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1918  hypothetical protein  25.38 
 
 		 302 aa  44.7  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0672  LmbE family protein  22.66 
 
 		 266 aa  44.7  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  25.81 
 
 		 265 aa  44.7  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0264  LmbE family protein  25.63 
 
 		 240 aa  44.3  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0328102  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2607  LmbE family protein  28.66 
 
 		 250 aa  43.9  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3755  hypothetical protein  23.98 
 
 		 234 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1608  LmbE family protein  24.26 
 
 		 277 aa  44.7  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2249  LmbE family protein  24.62 
 
 		 272 aa  43.9  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.909086  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0902  LmbE family protein  23.86 
 
 		 245 aa  43.5  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3950  LmbE family protein  27.89 
 
 		 240 aa  43.5  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0492  LmbE family protein  25.25 
 
 		 221 aa  43.9  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1285  LmbE family protein  26.03 
 
 		 217 aa  43.1  0.004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1295  LmbE family protein  29.41 
 
 		 241 aa  43.1  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.566146 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2850  LmbE family protein  26.02 
 
 		 225 aa  43.1  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195512 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0232  LmbE family protein  25.39 
 
 		 238 aa  42.7  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.894745  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2948  LmbE family protein  34.57 
 
 		 299 aa  42.7  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.48208  hitchhiker  0.00495516 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  27.82 
 
 		 236 aa  42.4  0.007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1596  hypothetical protein  22.66 
 
 		 247 aa  42.4  0.007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3436  LmbE family protein  24.14 
 
 		 277 aa  42.4  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550746  normal  0.108927 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1258  LmbE family protein  22.76 
 
 		 234 aa  42.4  0.008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.274401  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3433  LmbE-like protein  26.6 
 
 		 251 aa  42  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>