133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0991 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0991  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 311 aa  640    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0688  MoaA/NifB/PqqE family protein  75.56 
 
 		 312 aa  500  1e-140  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.110468  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1460  Elongator protein 3/MiaB/NifB  70.13 
 
 		 312 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1848  radical SAM domain-containing protein  66.88 
 
 		 310 aa  434  1e-121  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1667  Radical SAM domain protein  66.23 
 
 		 321 aa  432  1e-120  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.332302  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1559  Radical SAM domain protein  64.1 
 
 		 316 aa  420  1e-116  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0969548  hitchhiker  0.000892375 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0912  Radical SAM domain protein  62.5 
 
 		 314 aa  413  1e-114  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.883819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0808  radical SAM domain-containing protein  47.57 
 
 		 320 aa  292  5e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1179  radical SAM domain-containing protein  46.6 
 
 		 331 aa  284  1.0000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.143255 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2486  GTP-binding protein Obg/CgtA  39.6 
 
 		 680 aa  236  3e-61  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0454  radical SAM domain-containing protein  41.48 
 
 		 312 aa  233  3e-60  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.383393  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1531  radical SAM domain-containing protein  35.74 
 
 		 308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.652201  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1142  radical SAM domain-containing protein  39.78 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0108  radical SAM domain-containing protein  45.21 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1638  radical SAM domain-containing protein  35.92 
 
 		 313 aa  187  1e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00824164  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2416  Radical SAM domain protein  41.4 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04120  Radical SAM domain protein  33.44 
 
 		 311 aa  187  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11060  Radical SAM domain protein  38.98 
 
 		 239 aa  186  4e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00221485  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2341  Radical SAM domain protein  37.45 
 
 		 330 aa  185  8e-46  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.109673 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1155  Radical SAM domain protein  35.44 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0361  radical SAM domain-containing protein  38.41 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0886527  normal  0.763423 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1962  radical SAM domain-containing protein  35.16 
 
 		 323 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1586  hypothetical protein  31.65 
 
 		 326 aa  177  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2156  radical SAM family protein  41.4 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0562  radical SAM domain-containing protein  35.69 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1404  radical SAM domain-containing protein  37.92 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.937371  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0336  hypothetical protein  39.5 
 
 		 319 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.300886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2049  radical SAM domain-containing protein  39.38 
 
 		 319 aa  171  1e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1223  Radical SAM domain protein  36.13 
 
 		 237 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00674183 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3462  radical SAM domain-containing protein  34.82 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0458  Radical SAM domain protein  38.76 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1760  radical SAM domain-containing protein  33.65 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.265975  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0538  radical SAM domain-containing protein  40.48 
 
 		 329 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.111503  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0322  radical SAM domain-containing protein  39.42 
 
 		 364 aa  152  5e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.44863  normal  0.156857 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3606  radical SAM domain-containing protein  48.43 
 
 		 244 aa  152  5.9999999999999996e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.455645 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1270  radical SAM domain-containing protein  33.21 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2377  Radical SAM domain protein  36.12 
 
 		 365 aa  142  8e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0828  Fe-S oxidoreductase  29.32 
 
 		 326 aa  139  4.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.389597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1149  radical SAM family Fe-S protein  33.33 
 
 		 326 aa  135  9e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0538  Radical SAM domain protein  30.03 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00127188  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0316  Radical SAM domain protein  29.9 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2043  Radical SAM domain protein  38.54 
 
 		 267 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1012  signal recognition particle protein  33.98 
 
 		 304 aa  124  1e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0633  radical SAM family protein  34.29 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000656593  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3775  Radical SAM domain protein  37.02 
 
 		 266 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0482  radical SAM domain-containing protein  31.39 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.992471  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4632  radical SAM family protein  36.1 
 
 		 270 aa  123  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.453222  normal  0.0698866 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1380  radical SAM domain-containing protein  31.84 
 
 		 300 aa  122  9e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1259  radical SAM domain-containing protein  31.84 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1455  radical SAM domain-containing protein  27.04 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0530  conserved hypothetical protein, putative radical SAM domain protein  31.7 
 
 		 302 aa  112  7.000000000000001e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1472  radical SAM domain-containing protein  27.44 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1039  radical SAM domain-containing protein  24.76 
 
 		 231 aa  90.5  4e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0813206  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1292  hypothetical protein  21.8 
 
 		 291 aa  57.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.187698  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1830  Radical SAM domain protein  33.58 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.19 
 
 		 372 aa  55.5  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  26.76 
 
 		 360 aa  52  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0855  hypothetical protein  28.06 
 
 		 278 aa  50.8  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  6.94924e-18  unclonable  0.0000000890564 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1165  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  28.08 
 
 		 372 aa  50.8  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665651  normal  0.505082 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0726  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  28.93 
 
 		 383 aa  50.8  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  23.56 
 
 		 403 aa  49.3  0.00008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1943  radical SAM family protein  27.74 
 
 		 267 aa  48.9  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.545667  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  28.77 
 
 		 380 aa  48.5  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0309  Radical SAM domain protein  24 
 
 		 197 aa  48.5  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2571  radical SAM domain-containing protein  30.47 
 
 		 365 aa  48.1  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1708  radical SAM protein  31.67 
 
 		 350 aa  47.8  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  27.67 
 
 		 386 aa  48.1  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1204  radical SAM enzyme, Cfr family  22.46 
 
 		 347 aa  47.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110623 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0679  hypothetical protein  25.64 
 
 		 409 aa  47.4  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  24.25 
 
 		 369 aa  47.4  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  25.49 
 
 		 373 aa  47.8  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  24.18 
 
 		 373 aa  47  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  24.71 
 
 		 373 aa  47  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2966  radical SAM enzyme, Cfr family  27.68 
 
 		 399 aa  46.6  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.80573 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  25.65 
 
 		 413 aa  46.6  0.0006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1292  radical SAM protein  25.37 
 
 		 402 aa  46.2  0.0006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000206153  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1695  Mg-dependent DNase  29.03 
 
 		 464 aa  46.2  0.0007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0729  hypothetical protein  50 
 
 		 293 aa  45.8  0.0009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  24.31 
 
 		 373 aa  45.8  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2450  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.19 
 
 		 359 aa  45.4  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1322  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  30.23 
 
 		 317 aa  45.4  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.331504  normal  0.241678 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  24.31 
 
 		 373 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  24.31 
 
 		 373 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  24.31 
 
 		 373 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_4583  predicted protein  23.5 
 
 		 298 aa  45.4  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  24.9 
 
 		 373 aa  45.4  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3612  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  29.45 
 
 		 398 aa  45.4  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0629  Radical SAM domain protein  21.05 
 
 		 343 aa  44.3  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000217214  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  24.17 
 
 		 373 aa  44.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1122  radical SAM protein  27.23 
 
 		 430 aa  44.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4556  radical SAM protein  27.95 
 
 		 431 aa  44.3  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15006  decreased coverage  0.00152892 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  26.7 
 
 		 428 aa  43.9  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  23.92 
 
 		 373 aa  43.9  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  23.77 
 
 		 373 aa  43.9  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1461  radical SAM protein  26.25 
 
 		 378 aa  44.3  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0453987  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  27.68 
 
 		 404 aa  43.9  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1752  radical SAM protein  25.83 
 
 		 379 aa  43.5  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1683  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.74 
 
 		 327 aa  43.5  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1953  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  22.73 
 
 		 245 aa  43.5  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  27.31 
 
 		 375 aa  43.9  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>