More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1204 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1204  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 		 347 aa  728    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110623 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4986  radical SAM enzyme, Cfr family  62.82 
 
 		 349 aa  444  1.0000000000000001e-124  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.323052  hitchhiker  0.00454129 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3855  radical SAM enzyme, Cfr family  60.47 
 
 		 348 aa  442  1e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.74079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  61.11 
 
 		 350 aa  437  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3124  hypothetical protein  58.77 
 
 		 365 aa  413  1e-114  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.347966 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07736  hypothetical protein  55.04 
 
 		 346 aa  394  1e-108  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.161739  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0483  radical SAM enzyme, Cfr family  53.51 
 
 		 350 aa  387  1e-106  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0926837  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1782  radical SAM protein  52.02 
 
 		 349 aa  376  1e-103  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  46.81 
 
 		 364 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.23 
 
 		 351 aa  276  5e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  41.96 
 
 		 342 aa  276  6e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.23 
 
 		 351 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  41.45 
 
 		 372 aa  273  3e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.69 
 
 		 367 aa  272  6e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.23 
 
 		 343 aa  271  1e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  41.16 
 
 		 372 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  42.06 
 
 		 356 aa  270  2e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  40.87 
 
 		 372 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.91 
 
 		 364 aa  269  7e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.91 
 
 		 386 aa  268  1e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  41.33 
 
 		 378 aa  267  2e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2012  radical SAM enzyme, Cfr family  43.15 
 
 		 357 aa  267  2e-70  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40 
 
 		 364 aa  265  5.999999999999999e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.31 
 
 		 346 aa  265  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.88 
 
 		 360 aa  264  2e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0458  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.35 
 
 		 368 aa  264  2e-69  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.64 
 
 		 347 aa  264  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  41.86 
 
 		 377 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.44 
 
 		 358 aa  261  1e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1660  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.02 
 
 		 389 aa  259  3e-68  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.53 
 
 		 371 aa  259  5.0000000000000005e-68  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.12 
 
 		 365 aa  259  5.0000000000000005e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1277  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.64 
 
 		 364 aa  258  8e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.64 
 
 		 364 aa  258  8e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.902149  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0784  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.6 
 
 		 364 aa  258  1e-67  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.18 
 
 		 359 aa  258  1e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.81 
 
 		 381 aa  256  3e-67  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.18 
 
 		 356 aa  256  3e-67  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  40.4 
 
 		 381 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.3 
 
 		 342 aa  256  5e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  40.4 
 
 		 381 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  40.4 
 
 		 381 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0825  hypothetical protein  39.94 
 
 		 366 aa  255  7e-67  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.95 
 
 		 351 aa  255  8e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0596  radical SAM enzyme, Cfr family  41.69 
 
 		 353 aa  255  8e-67  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  40.4 
 
 		 381 aa  255  9e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.88 
 
 		 356 aa  255  9e-67  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.23 
 
 		 371 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  39.18 
 
 		 349 aa  254  2.0000000000000002e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.16 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  39.37 
 
 		 359 aa  253  3e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.29 
 
 		 356 aa  253  4.0000000000000004e-66  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.19 
 
 		 354 aa  253  5.000000000000001e-66  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.428537  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  40 
 
 		 375 aa  252  6e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  38.97 
 
 		 382 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  38.97 
 
 		 382 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  39.19 
 
 		 382 aa  251  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1508  radical SAM enzyme, Cfr family  40.79 
 
 		 359 aa  251  1e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.868502  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  40.41 
 
 		 348 aa  251  1e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  42.01 
 
 		 371 aa  251  1e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  39.61 
 
 		 358 aa  251  2e-65  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.46 
 
 		 356 aa  249  4e-65  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  42.24 
 
 		 428 aa  249  5e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  38.46 
 
 		 413 aa  249  5e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1699  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.7 
 
 		 348 aa  249  5e-65  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1539  radical SAM protein  37.29 
 
 		 363 aa  249  5e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.177286  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1313  radical SAM enzyme, Cfr family  39.59 
 
 		 360 aa  249  6e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.24 
 
 		 358 aa  248  7e-65  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1166  radical SAM enzyme, Cfr family  40.92 
 
 		 359 aa  248  8e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.565735 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0679  hypothetical protein  38.19 
 
 		 409 aa  248  9e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  38.68 
 
 		 378 aa  248  9e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  40.46 
 
 		 402 aa  248  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1708  radical SAM protein  41.21 
 
 		 350 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  38.68 
 
 		 379 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0665  radical SAM enzyme, Cfr family  39.4 
 
 		 341 aa  247  2e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0620  hypothetical protein  38.62 
 
 		 370 aa  248  2e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.180215  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.15 
 
 		 362 aa  247  3e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0426  radical SAM enzyme, Cfr family  40.74 
 
 		 359 aa  247  3e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3089  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.35 
 
 		 360 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.929572  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1338  radical SAM enzyme, Cfr family  36.57 
 
 		 351 aa  246  6e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0802459  normal  0.737261 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.99 
 
 		 362 aa  245  9e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.82 
 
 		 347 aa  245  9e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  38.97 
 
 		 384 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  38.97 
 
 		 384 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  41.12 
 
 		 362 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.86 
 
 		 362 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.86 
 
 		 362 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.86 
 
 		 362 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.86 
 
 		 362 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.97 
 
 		 384 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.86 
 
 		 362 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  41.12 
 
 		 363 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.82 
 
 		 347 aa  245  9.999999999999999e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.97 
 
 		 384 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.97 
 
 		 384 aa  244  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  38.97 
 
 		 384 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.86 
 
 		 362 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.97 
 
 		 384 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3687  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.28 
 
 		 362 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.97 
 
 		 384 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>