More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1225 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  91.69 
 
 
373 aa  728    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  96.51 
 
 
373 aa  757    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  99.46 
 
 
373 aa  774    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  96.51 
 
 
373 aa  758    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  93.03 
 
 
373 aa  729    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  91.42 
 
 
373 aa  725    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  93.57 
 
 
373 aa  738    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  95.98 
 
 
373 aa  754    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  91.42 
 
 
373 aa  729    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 
373 aa  777    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  99.73 
 
 
373 aa  776    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  90.86 
 
 
373 aa  721    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  99.46 
 
 
373 aa  775    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  98.66 
 
 
373 aa  768    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  89.01 
 
 
373 aa  714    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  96.51 
 
 
373 aa  757    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  75.27 
 
 
372 aa  600  1.0000000000000001e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.53 
 
 
380 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  75.68 
 
 
384 aa  598  1e-170  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  75.68 
 
 
384 aa  598  1e-170  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  75.68 
 
 
384 aa  598  1e-170  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1115  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  75.07 
 
 
392 aa  599  1e-170  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  75.68 
 
 
384 aa  598  1e-170  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  75.68 
 
 
384 aa  598  1e-170  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  75.68 
 
 
384 aa  598  1e-170  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  75.68 
 
 
384 aa  598  1e-170  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3612  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  75.14 
 
 
398 aa  596  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  75.41 
 
 
384 aa  595  1e-169  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  75.41 
 
 
388 aa  596  1e-169  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2668  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  75.41 
 
 
384 aa  594  1e-169  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  75 
 
 
393 aa  592  1e-168  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2764  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.25 
 
 
388 aa  593  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2895  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.25 
 
 
388 aa  593  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2677  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.46 
 
 
388 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2783  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.25 
 
 
388 aa  593  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.355164  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2720  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.25 
 
 
388 aa  593  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564025  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1183  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.04 
 
 
398 aa  588  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1290  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.04 
 
 
398 aa  588  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0421  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.04 
 
 
398 aa  587  1e-166  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.662236  hitchhiker  0.00298691 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.57 
 
 
400 aa  585  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.450874  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3017  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.44 
 
 
419 aa  586  1e-166  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1165  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.54 
 
 
372 aa  565  1e-160  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665651  normal  0.505082 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.22 
 
 
375 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004351  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.67 
 
 
375 aa  561  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.73 
 
 
373 aa  551  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0016411  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1198  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.75 
 
 
365 aa  554  1e-156  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.347563  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.29 
 
 
386 aa  543  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0726  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.03 
 
 
383 aa  533  1e-150  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0620  hypothetical protein  59.17 
 
 
370 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.180215  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  55.86 
 
 
398 aa  438  9.999999999999999e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  56.03 
 
 
379 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  57.67 
 
 
364 aa  437  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  55.76 
 
 
378 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  58.43 
 
 
362 aa  436  1e-121  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  58.43 
 
 
381 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  57.58 
 
 
382 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  57.58 
 
 
382 aa  433  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  58.07 
 
 
382 aa  434  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  58.43 
 
 
381 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  57.26 
 
 
365 aa  432  1e-120  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  58.43 
 
 
381 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  56.86 
 
 
376 aa  429  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  58.15 
 
 
381 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  57.02 
 
 
366 aa  425  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  58.5 
 
 
384 aa  425  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  58.22 
 
 
384 aa  423  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  56.18 
 
 
382 aa  424  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  57.89 
 
 
383 aa  420  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  55.74 
 
 
382 aa  420  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  55.74 
 
 
382 aa  419  1e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  56.1 
 
 
372 aa  419  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  56.9 
 
 
375 aa  420  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  55.52 
 
 
381 aa  420  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5115  hypothetical protein  56 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0159423  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1838  radical SAM protein  56 
 
 
379 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.662917 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1725  radical SAM protein  57.07 
 
 
379 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.246342 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6265  hypothetical protein  56 
 
 
379 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1752  radical SAM protein  56.79 
 
 
379 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1814  radical SAM protein  56 
 
 
379 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  54.65 
 
 
369 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2543  radical SAM enzyme, Cfr family  56.87 
 
 
383 aa  414  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  hitchhiker  0.00648935 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2232  radical SAM protein  57.07 
 
 
378 aa  411  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.750735  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  56.51 
 
 
383 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1592  hypothetical protein  55.82 
 
 
383 aa  411  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1056  radical SAM enzyme, Cfr family  56.51 
 
 
383 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0486076  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1461  radical SAM protein  55.71 
 
 
378 aa  409  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0453987  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1109  radical SAM protein  55.7 
 
 
378 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.545154  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2192  radical SAM protein  55.7 
 
 
378 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0838123  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3393  radical SAM enzyme, Cfr family  54.2 
 
 
382 aa  408  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  54.12 
 
 
403 aa  408  1e-113  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  53.09 
 
 
377 aa  408  1e-113  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1347  radical SAM protein  55.7 
 
 
378 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2357  radical SAM protein  55.7 
 
 
378 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1422  radical SAM protein  55.12 
 
 
382 aa  410  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12366  normal  0.0354941 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0060  radical SAM protein  55.7 
 
 
378 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0447485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1837  radical SAM protein  55.7 
 
 
378 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.323888  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  56.37 
 
 
360 aa  409  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2230  radical SAM protein  55.7 
 
 
378 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0679  hypothetical protein  52.82 
 
 
409 aa  406  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  52.82 
 
 
413 aa  405  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>