More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0286 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0726  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  87.33 
 
 
383 aa  691    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 
373 aa  780    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0016411  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004351  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  90.78 
 
 
375 aa  691    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  90 
 
 
375 aa  692    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  73.44 
 
 
384 aa  578  1e-164  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  73.44 
 
 
384 aa  578  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.44 
 
 
384 aa  578  1e-164  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  73.44 
 
 
384 aa  578  1e-164  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.44 
 
 
384 aa  578  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.44 
 
 
384 aa  578  1e-164  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.44 
 
 
384 aa  578  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2764  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.17 
 
 
388 aa  576  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.17 
 
 
384 aa  577  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2677  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.17 
 
 
388 aa  576  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2895  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.17 
 
 
388 aa  576  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2668  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.17 
 
 
384 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2783  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.17 
 
 
388 aa  576  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.355164  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2720  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.17 
 
 
388 aa  576  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564025  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1115  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.31 
 
 
392 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3612  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.09 
 
 
398 aa  572  1.0000000000000001e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1165  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.43 
 
 
372 aa  571  1.0000000000000001e-162  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665651  normal  0.505082 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.63 
 
 
388 aa  569  1e-161  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.85 
 
 
393 aa  568  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.35 
 
 
400 aa  566  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.450874  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3017  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.97 
 
 
419 aa  566  1e-160  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0421  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.89 
 
 
398 aa  561  1.0000000000000001e-159  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.662236  hitchhiker  0.00298691 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1290  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.89 
 
 
398 aa  562  1.0000000000000001e-159  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1183  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.89 
 
 
398 aa  562  1.0000000000000001e-159  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.89 
 
 
373 aa  557  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.43 
 
 
373 aa  560  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69 
 
 
373 aa  551  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.46 
 
 
373 aa  551  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.81 
 
 
373 aa  553  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.73 
 
 
373 aa  551  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1198  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.67 
 
 
365 aa  549  1e-155  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.347563  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.46 
 
 
373 aa  549  1e-155  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.73 
 
 
373 aa  550  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.92 
 
 
373 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.92 
 
 
373 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.92 
 
 
373 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.19 
 
 
373 aa  546  1e-154  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.57 
 
 
380 aa  546  1e-154  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.19 
 
 
373 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.73 
 
 
373 aa  543  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.19 
 
 
373 aa  542  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.85 
 
 
373 aa  541  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.02 
 
 
372 aa  540  9.999999999999999e-153  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.89 
 
 
386 aa  510  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  57.66 
 
 
382 aa  431  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  57.94 
 
 
382 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  57.46 
 
 
382 aa  426  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  57.94 
 
 
381 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  57.1 
 
 
382 aa  424  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  58.38 
 
 
378 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  58.22 
 
 
379 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  57.38 
 
 
381 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  57.38 
 
 
381 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  57.54 
 
 
381 aa  419  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  57.38 
 
 
381 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0620  hypothetical protein  56.18 
 
 
370 aa  414  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.180215  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  56.7 
 
 
375 aa  409  1e-113  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  55.05 
 
 
398 aa  406  1.0000000000000001e-112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  55.74 
 
 
369 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  56.27 
 
 
371 aa  402  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  53.61 
 
 
376 aa  394  1e-109  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  55.37 
 
 
362 aa  395  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1780  hypothetical protein  53.3 
 
 
406 aa  397  1e-109  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1716  radical SAM protein  53.3 
 
 
401 aa  397  1e-109  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.973881  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  53.41 
 
 
364 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  53.99 
 
 
372 aa  389  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  53.5 
 
 
365 aa  390  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  51.06 
 
 
383 aa  385  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  52.56 
 
 
384 aa  386  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  51.82 
 
 
377 aa  387  1e-106  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  52.56 
 
 
384 aa  388  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3393  radical SAM enzyme, Cfr family  53.08 
 
 
382 aa  385  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  52.59 
 
 
383 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  53.78 
 
 
366 aa  384  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1056  radical SAM enzyme, Cfr family  52.32 
 
 
383 aa  383  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0486076  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1657  radical SAM enzyme, Cfr family  52.32 
 
 
401 aa  381  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.33058  normal  0.466299 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  52.34 
 
 
382 aa  378  1e-104  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  52.34 
 
 
382 aa  378  1e-104  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  52.04 
 
 
403 aa  375  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0679  hypothetical protein  51.34 
 
 
409 aa  376  1e-103  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06113  radical SAM enzyme, Cfr family  50.27 
 
 
393 aa  376  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.245547  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  51.6 
 
 
413 aa  377  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  54.65 
 
 
360 aa  376  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01053  radical SAM enzyme, Cfr family  50.27 
 
 
393 aa  376  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184624  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5115  hypothetical protein  48.96 
 
 
379 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0159423  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1838  radical SAM protein  48.96 
 
 
379 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.662917 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0083  radical SAM protein  52.41 
 
 
391 aa  369  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1167  radical SAM protein  51.52 
 
 
374 aa  368  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6265  hypothetical protein  48.96 
 
 
379 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1869  radical SAM protein  53.85 
 
 
382 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1814  radical SAM protein  48.96 
 
 
379 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2184  radical SAM enzyme, Cfr family  52.37 
 
 
382 aa  366  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1087  radical SAM enzyme, Cfr family  51.52 
 
 
383 aa  367  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.486861  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2310  hypothetical protein  51.69 
 
 
382 aa  365  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2611  hypothetical protein  53.07 
 
 
382 aa  368  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00319585  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5022  radical SAM protein  53.5 
 
 
397 aa  368  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380261  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>