More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1148 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  94.78 
 
 
383 aa  759    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  86.95 
 
 
384 aa  692    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1056  radical SAM enzyme, Cfr family  99.22 
 
 
383 aa  786    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0486076  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  87.73 
 
 
384 aa  686    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 
383 aa  792    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1461  radical SAM protein  80.38 
 
 
378 aa  619  1e-176  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0453987  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1347  radical SAM protein  80.16 
 
 
378 aa  619  1e-176  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2192  radical SAM protein  80.16 
 
 
378 aa  619  1e-176  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0838123  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2357  radical SAM protein  80.16 
 
 
378 aa  619  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5115  hypothetical protein  81.08 
 
 
379 aa  618  1e-176  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0159423  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1422  radical SAM protein  79.68 
 
 
382 aa  617  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12366  normal  0.0354941 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0060  radical SAM protein  80.16 
 
 
378 aa  619  1e-176  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0447485  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2230  radical SAM protein  80.16 
 
 
378 aa  619  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1837  radical SAM protein  80.16 
 
 
378 aa  619  1e-176  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.323888  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6265  hypothetical protein  80.97 
 
 
379 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1814  radical SAM protein  80.97 
 
 
379 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1109  radical SAM protein  80.16 
 
 
378 aa  619  1e-176  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.545154  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1838  radical SAM protein  80.97 
 
 
379 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.662917 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2232  radical SAM protein  79.62 
 
 
378 aa  615  1e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.750735  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1725  radical SAM protein  80.81 
 
 
379 aa  616  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.246342 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1752  radical SAM protein  80.81 
 
 
379 aa  617  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1592  hypothetical protein  77.63 
 
 
383 aa  609  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2543  radical SAM enzyme, Cfr family  77.11 
 
 
383 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  hitchhiker  0.00648935 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2871  radical SAM protein  71.51 
 
 
393 aa  546  1e-154  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2184  radical SAM enzyme, Cfr family  72.9 
 
 
382 aa  543  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1087  radical SAM enzyme, Cfr family  71.66 
 
 
383 aa  538  9.999999999999999e-153  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.486861  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1167  radical SAM protein  70.74 
 
 
374 aa  538  9.999999999999999e-153  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2310  hypothetical protein  73.06 
 
 
382 aa  536  1e-151  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1421  radical SAM protein  72.5 
 
 
373 aa  535  1e-151  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196113  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2611  hypothetical protein  68.24 
 
 
382 aa  534  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00319585  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1999  hypothetical protein  69.09 
 
 
394 aa  529  1e-149  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5022  radical SAM protein  72.3 
 
 
397 aa  530  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380261  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1869  radical SAM protein  67.54 
 
 
382 aa  528  1e-149  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0083  radical SAM protein  71.43 
 
 
391 aa  523  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  68.26 
 
 
362 aa  520  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1292  radical SAM protein  66.49 
 
 
402 aa  518  1e-146  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000206153  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3393  radical SAM enzyme, Cfr family  68.87 
 
 
382 aa  512  1e-144  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  69.6 
 
 
364 aa  510  1e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  66.57 
 
 
365 aa  510  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  66.67 
 
 
372 aa  500  1e-140  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0663  radical SAM enzyme, Cfr family  65.59 
 
 
383 aa  489  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0103846  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  60.33 
 
 
376 aa  449  1e-125  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  58.38 
 
 
382 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  57.7 
 
 
382 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  57.42 
 
 
382 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0620  hypothetical protein  56.3 
 
 
370 aa  434  1e-121  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.180215  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  57.42 
 
 
382 aa  433  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2191  radical SAM enzyme, Cfr family  59.22 
 
 
392 aa  431  1e-119  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  58.61 
 
 
369 aa  431  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  58.24 
 
 
366 aa  426  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  57.82 
 
 
382 aa  426  1e-118  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  57.82 
 
 
382 aa  426  1e-118  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  57.3 
 
 
398 aa  426  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  56.98 
 
 
379 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  57.26 
 
 
378 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  56.42 
 
 
381 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  56.42 
 
 
381 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  56.42 
 
 
381 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  56.15 
 
 
381 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.38 
 
 
373 aa  424  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  56.02 
 
 
381 aa  419  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.89 
 
 
373 aa  420  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.62 
 
 
373 aa  421  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.82 
 
 
373 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0900  hypothetical protein  61.08 
 
 
372 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.23 
 
 
373 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.34 
 
 
373 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1657  radical SAM enzyme, Cfr family  55.73 
 
 
401 aa  416  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.33058  normal  0.466299 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.23 
 
 
373 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.1 
 
 
373 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.06 
 
 
373 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.23 
 
 
373 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.51 
 
 
373 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.51 
 
 
373 aa  414  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06113  radical SAM enzyme, Cfr family  54.67 
 
 
393 aa  413  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.245547  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  54.52 
 
 
371 aa  413  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01053  radical SAM enzyme, Cfr family  54.67 
 
 
393 aa  413  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184624  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  55.96 
 
 
373 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1716  radical SAM protein  54.67 
 
 
401 aa  411  1e-114  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.973881  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.51 
 
 
373 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.51 
 
 
373 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.51 
 
 
373 aa  410  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.02 
 
 
380 aa  409  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1780  hypothetical protein  54.67 
 
 
406 aa  410  1e-113  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0679  hypothetical protein  54.92 
 
 
409 aa  405  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  55.83 
 
 
403 aa  405  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  55.96 
 
 
375 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  56.06 
 
 
377 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  54.92 
 
 
413 aa  404  1e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  54.42 
 
 
384 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  54.42 
 
 
384 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  54.42 
 
 
384 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  54.42 
 
 
384 aa  399  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  54.42 
 
 
384 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  54.42 
 
 
384 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  55.06 
 
 
360 aa  398  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  54.42 
 
 
384 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  54.42 
 
 
384 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2720  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.62 
 
 
388 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564025  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2764  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.62 
 
 
388 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>