More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4587 on replicon NC_008758
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008758  Pnap_4587  histidine kinase  100 
 
 
784 aa  1611    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5323  histidine kinase  31.67 
 
 
783 aa  348  3e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.15205 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0749  histidine kinase  24.28 
 
 
722 aa  139  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2565  histidine kinase  24.04 
 
 
796 aa  130  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1181  histidine kinase  25.87 
 
 
719 aa  123  1.9999999999999998e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.798724  normal  0.0930045 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0268  histidine kinase  23.15 
 
 
738 aa  118  3.9999999999999997e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3949  histidine kinase  24.02 
 
 
679 aa  112  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36080  ATP binding/ATPase (HATPase_c) domain-containing protein  24.96 
 
 
723 aa  107  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.785122  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2441  histidine kinase  23.11 
 
 
674 aa  105  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.459087  unclonable  0.00000000106284 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4625  histidine kinase  22.99 
 
 
756 aa  95.5  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.402141 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0570  ATPase domain-containing protein  21.82 
 
 
720 aa  87  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.208854  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4457  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 
586 aa  74.3  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2551  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.28 
 
 
396 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.14529e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1662  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.28 
 
 
396 aa  72  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0812  nitrogen regulation protein NtrY, putative  35.94 
 
 
748 aa  71.6  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.439119  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01589  nitrogen regulation protein NR(II)  31.1 
 
 
361 aa  71.6  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
708 aa  70.5  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 
841 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1277  histidine kinase  31.43 
 
 
248 aa  69.3  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.838322  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2586  sensor histidine kinase  34.38 
 
 
623 aa  69.3  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.209829  normal  0.69032 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0750  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 
390 aa  69.3  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2677  histidine kinase  29.24 
 
 
239 aa  68.6  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000481143  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0371  histidine kinase  22.71 
 
 
989 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.19 
 
 
519 aa  68.2  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2975  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.17 
 
 
442 aa  67.8  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2565  histidine kinase  35.86 
 
 
442 aa  67.8  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.24854 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.4 
 
 
662 aa  67.4  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1333  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34 
 
 
441 aa  67.4  0.0000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.18234  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0589  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.96 
 
 
520 aa  67  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0547  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 
731 aa  66.6  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.96 
 
 
902 aa  66.6  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 
683 aa  66.2  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2342  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
544 aa  66.2  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0491  hydrogen uptake histidine-kinase  28.57 
 
 
443 aa  65.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1834  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 
736 aa  65.9  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273222  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3408  histidine kinase  37.38 
 
 
573 aa  65.9  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.0068838  normal  0.336005 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0768  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
673 aa  65.5  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.670648  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.69 
 
 
838 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2142  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
443 aa  65.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.479611  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2603  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 
421 aa  65.5  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.16 
 
 
652 aa  65.1  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2239  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.64 
 
 
756 aa  65.5  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.292158  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.08 
 
 
841 aa  65.5  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1363  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
362 aa  65.1  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2963  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.3 
 
 
597 aa  65.5  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0801303  normal  0.115737 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0868  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.78 
 
 
650 aa  65.1  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.74 
 
 
852 aa  65.1  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2951  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
462 aa  65.1  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.894513  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 
756 aa  65.1  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.857607  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0625  sensory box sensor histidine kinase  26.36 
 
 
853 aa  64.7  0.000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0137493  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1365  histidine kinase  24.81 
 
 
496 aa  64.7  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1669  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
675 aa  64.7  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532604  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0469  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.53 
 
 
444 aa  64.7  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2979  histidine kinase  36.11 
 
 
622 aa  64.7  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0797138 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3917  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.36 
 
 
710 aa  64.7  0.000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0079  histidine kinase  24.89 
 
 
987 aa  64.7  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.217254  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2159  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.09 
 
 
498 aa  64.3  0.000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0282  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.84 
 
 
494 aa  64.3  0.000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1321  sensor histidine kinase  24.63 
 
 
377 aa  64.3  0.000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2718  histidine kinase  25.26 
 
 
623 aa  64.3  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3560  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.78 
 
 
351 aa  64.3  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2797  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.25 
 
 
480 aa  63.9  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1054  sensor histidine kinase SrrB  28.21 
 
 
589 aa  63.9  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3994  sensor histidine kinase  26.88 
 
 
585 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0892776 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  34.82 
 
 
1084 aa  63.9  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3929  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.5 
 
 
346 aa  63.9  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0023  nitrogen regulation protein NtrY, putative  38.26 
 
 
710 aa  63.9  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.736908  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0267  histidine kinase  38.39 
 
 
517 aa  63.5  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0229879 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3270  histidine kinase  35.96 
 
 
565 aa  63.5  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2683  histidine kinase  26.28 
 
 
490 aa  63.9  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000711589 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0024  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.26 
 
 
736 aa  63.9  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.10248 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
416 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.465456  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1575  histidine kinase  21.34 
 
 
684 aa  62.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.0000414678  decreased coverage  0.0000074807 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1445  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.85 
 
 
390 aa  63.2  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3342  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.32 
 
 
581 aa  63.2  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0336288  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.42 
 
 
713 aa  63.2  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.78 
 
 
495 aa  63.2  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0948498 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3426  nitrogen regulation protein  33.63 
 
 
348 aa  62.8  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.204004 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0262  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.86 
 
 
348 aa  62.4  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.507954 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5447  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.61 
 
 
448 aa  62.4  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.151261 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3601  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.24 
 
 
399 aa  62.8  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0690  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  27.49 
 
 
1186 aa  62.4  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0494  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
491 aa  62.8  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 
608 aa  62.4  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  32.74 
 
 
726 aa  62.4  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1269  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.71 
 
 
839 aa  62.4  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.834147 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3161  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.75 
 
 
681 aa  62.8  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.805556  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3826  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.53 
 
 
492 aa  62.8  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.873199  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1953  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.92 
 
 
458 aa  62.4  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2650  ATP-binding region ATPase domain protein  35.71 
 
 
913 aa  62.8  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.574534  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0283  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.8 
 
 
346 aa  62  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000323653 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  31.21 
 
 
1837 aa  62  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1239  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.11 
 
 
601 aa  62  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0267  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.7 
 
 
348 aa  62  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
838 aa  62  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3487  histidine kinase  38.32 
 
 
581 aa  62.4  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0451928  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0372  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.94 
 
 
348 aa  62  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0229  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.07 
 
 
668 aa  62  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.930854  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4764  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.41 
 
 
560 aa  62  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3423  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.25 
 
 
581 aa  62  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0671901  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>