125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1238 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1238  fibronectin, type III domain-containing protein  100 
 
 		 485 aa  981    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.109718  normal  0.858985 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2417  Fibronectin type III domain protein  69.41 
 
 		 485 aa  647    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2065  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  50.41 
 
 		 506 aa  426  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.140778  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0127  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  45.4 
 
 		 347 aa  270  4e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.677522  normal  0.689217 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3159  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  43.61 
 
 		 340 aa  263  4e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0176  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  39.59 
 
 		 375 aa  249  8e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2303  polyhydroxybutyrate depolymerase  42.21 
 
 		 348 aa  238  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34710  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase protein  39.08 
 
 		 338 aa  233  6e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.222008  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02265  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  38.34 
 
 		 353 aa  231  3e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1977  polyhydroxybutyrate depolymerase  37.7 
 
 		 369 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4785  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  40.43 
 
 		 374 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4259  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  40.56 
 
 		 322 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00982049 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2280  hypothetical protein  40.45 
 
 		 341 aa  216  9e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.70217  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2089  polyhydroxybutyrate depolymerase  40.45 
 
 		 341 aa  216  9e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2146  polyhydroxybutyrate depolymerase  40.45 
 
 		 341 aa  216  9e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.286329  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5328  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  40.88 
 
 		 317 aa  209  7e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2068  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  36.71 
 
 		 358 aa  206  9e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.151389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0665  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  35.26 
 
 		 355 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.097547  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07987  polyhydroxybutyrate depolymerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03560)  35.34 
 
 		 377 aa  199  9e-50  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.445833  normal  0.346264 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5512  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  33.89 
 
 		 387 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.292347 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4772  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  34.78 
 
 		 356 aa  195  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.826591 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2373  fibronectin, type III domain-containing protein  37.31 
 
 		 385 aa  195  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1082  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  36.49 
 
 		 352 aa  193  6e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.157467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1585  putative depolymerase  33.15 
 
 		 362 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0731101  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5556  putative depolymerase  29.7 
 
 		 403 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4864  putative depolymerase  28.91 
 
 		 404 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1647  putative depolymerase  28.37 
 
 		 391 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543513  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0824  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  42.25 
 
 		 492 aa  113  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0168099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1740  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  42.25 
 
 		 492 aa  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.548806  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1342  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase precursor  42.25 
 
 		 492 aa  113  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.968046  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0529  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  42.25 
 
 		 492 aa  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1547  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  42.25 
 
 		 492 aa  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1570  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase precursor  42.25 
 
 		 492 aa  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0624  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase precursor  42.25 
 
 		 492 aa  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.520528  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2713  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  49.32 
 
 		 492 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.381426  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3290  esterase, PHB depolymerase family  66.67 
 
 		 450 aa  74.7  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3289  PHB depolymerase family esterase  64.15 
 
 		 683 aa  70.5  0.00000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0658  PHB depolymerase family esterase  64.15 
 
 		 683 aa  70.5  0.00000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.726264 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5990  Carbohydrate-binding CenC domain protein  45.37 
 
 		 648 aa  62.4  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.793128  normal  0.422272 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2179  esterase, PHB depolymerase family  50 
 
 		 419 aa  60.5  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.284097 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3673  fibronectin type III domain-containing protein  44.09 
 
 		 2170 aa  58.2  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20402 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0617  glycoside hydrolase family protein  46.59 
 
 		 1121 aa  57.8  0.0000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0413787  hitchhiker  0.00805779 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0615  glycoside hydrolase family protein  44.83 
 
 		 1209 aa  55.5  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.435681  hitchhiker  0.00420105 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1701  glycoside hydrolase family protein  44.83 
 
 		 1137 aa  55.8  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102428 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04370  hypothetical protein  39.29 
 
 		 445 aa  55.5  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.302884 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4881  glycoside hydrolase family 6  39.67 
 
 		 743 aa  55.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2327  alpha amylase catalytic region  37.93 
 
 		 1401 aa  53.9  0.000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.775797  normal  0.294215 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2452  alpha amylase, catalytic region  35.96 
 
 		 1401 aa  53.9  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0187956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1223  glycoside hydrolase family protein  39.62 
 
 		 484 aa  53.5  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0824686  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0082  esterase, PHB depolymerase  48 
 
 		 414 aa  52.8  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3050  fibronectin, type III  28.57 
 
 		 667 aa  53.1  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000157497  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3216  glycoside hydrolase family 5  42.05 
 
 		 649 aa  52.8  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4502  esterase, PHB depolymerase  33.33 
 
 		 365 aa  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42248  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3862  PHB depolymerase family esterase  33.33 
 
 		 365 aa  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0810078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3665  PHB depolymerase family esterase  33.33 
 
 		 365 aa  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.131134  normal  0.75521 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2234  esterase, PHB depolymerase  32.26 
 
 		 369 aa  51.2  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.111052  normal  0.321017 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0048  esterase, PHB depolymerase family  45.1 
 
 		 417 aa  50.1  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00616843 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3230  PHB depolymerase family esterase  32.26 
 
 		 369 aa  49.7  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.891696  normal  0.152859 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5472  fibronectin type III domain-containing protein  31.37 
 
 		 787 aa  49.7  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000573168  decreased coverage  0.000436266 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3759  PHB depolymerase family esterase  32.26 
 
 		 369 aa  49.7  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209534 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2803  putative chitinase  34.34 
 
 		 455 aa  49.7  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2487  putative chitinase  33.33 
 
 		 455 aa  49.7  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.676693 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0618  cellulose-binding family II protein  47.83 
 
 		 1298 aa  48.5  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0939482  hitchhiker  0.00792989 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3776  putative oxidoreductase, FAD-binding  31.93 
 
 		 685 aa  49.3  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0676  putative oxidoreductase, FAD-binding  31.93 
 
 		 685 aa  48.9  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3866  berberine/berberine domain-containing protein  31.93 
 
 		 685 aa  49.3  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4197  peptidase domain protein  41.75 
 
 		 1063 aa  48.5  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000751128  normal  0.547659 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2523  chitin-binding protein  30.93 
 
 		 455 aa  48.1  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2770  PHB depolymerase family esterase  26.6 
 
 		 544 aa  47.8  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2346  chitin-binding domain-containing protein  30 
 
 		 458 aa  47.8  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.179071  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2604  chitin binding protein  28.83 
 
 		 455 aa  47.8  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.314994  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2793  chitin binding protein  28.83 
 
 		 455 aa  47.8  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0610  fibronectin type III domain-containing protein/ chitin binding domain-containing protein  31.07 
 
 		 464 aa  47.4  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2169  chitin-binding domain-containing protein  31.73 
 
 		 455 aa  47.8  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.102093  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1240  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  34.13 
 
 		 809 aa  47.8  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167459 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1712  chitin-binding domain protein  33.67 
 
 		 458 aa  47.4  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000111699 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2773  fibronectin, type III  40 
 
 		 1115 aa  47.4  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0068  fibronectin, type III domain-containing protein  38.46 
 
 		 1695 aa  47.4  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0542  glycoside hydrolase family 18  39.6 
 
 		 703 aa  47.4  0.0006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.218928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2155  putative cell wall binding repeat 2-containing protein  38.83 
 
 		 649 aa  47.4  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000475992  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2392  Fibronectin type III domain protein  33.61 
 
 		 831 aa  47.4  0.0006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2278  alpha amylase catalytic region  37.08 
 
 		 1307 aa  47  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.792883  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1919  Chitinase-like protein  40 
 
 		 680 aa  47  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0535  esterase, PHB depolymerase family  26.85 
 
 		 338 aa  47  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.660761  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2824  chitin binding protein, putative  29.46 
 
 		 455 aa  47  0.0008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00573769  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1940  PHB depolymerase family esterase  32.99 
 
 		 433 aa  47  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0400  chitinase  32.97 
 
 		 598 aa  47  0.0009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.0000106126  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4160  glycoside hydrolase family 18  40.43 
 
 		 762 aa  47  0.0009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.299546 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4777  glycoside hydrolase family 18 protein  31.86 
 
 		 803 aa  46.2  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.202282  normal  0.127676 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2193  carbohydrate-binding family 6 protein  38.46 
 
 		 948 aa  46.2  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.43679  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5537  Fibronectin type III domain protein  44.16 
 
 		 744 aa  46.2  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.320231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4723  endonuclease I  34.75 
 
 		 614 aa  46.6  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2388  Fibronectin type III domain protein  36 
 
 		 768 aa  45.4  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.52789  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0692  fibronectin type III domain-containing protein  30.1 
 
 		 465 aa  45.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0595  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  31.65 
 
 		 364 aa  45.1  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2398  Carbohydrate binding family 6  30.58 
 
 		 1004 aa  45.1  0.003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0137535  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1100  FG-GAP repeat protein  34.52 
 
 		 1065 aa  45.1  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5954  PHB depolymerase family esterase  29.03 
 
 		 438 aa  45.1  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.159743 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2845  putative chitinase  28.87 
 
 		 455 aa  45.4  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00670529  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2800  putative chitinase  30.93 
 
 		 455 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000304413 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>