131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0658 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3289  PHB depolymerase family esterase  99.27 
 
 
683 aa  1370    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0658  PHB depolymerase family esterase  100 
 
 
683 aa  1378    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.726264 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1547  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  34.22 
 
 
492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1570  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase precursor  34.22 
 
 
492 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0824  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  33.89 
 
 
492 aa  147  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0168099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1740  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  33.89 
 
 
492 aa  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.548806  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1342  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase precursor  33.89 
 
 
492 aa  147  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.968046  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0529  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  33.89 
 
 
492 aa  147  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0624  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase precursor  33.89 
 
 
492 aa  147  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.520528  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2713  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  34.97 
 
 
492 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.381426  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3270  esterase, PHB depolymerase  25.41 
 
 
372 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2820  esterase, PHB depolymerase family  26.32 
 
 
352 aa  81.6  0.00000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000611867  hitchhiker  0.00921779 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4883  PHB depolymerase family esterase  27.96 
 
 
369 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103512  hitchhiker  0.0011428 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4407  PHB depolymerase family esterase  24.91 
 
 
398 aa  79  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.32684  normal  0.707171 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2846  esterase, PHB depolymerase  25.09 
 
 
398 aa  78.2  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222858  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2234  esterase, PHB depolymerase  25.35 
 
 
369 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.111052  normal  0.321017 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2179  esterase, PHB depolymerase family  60 
 
 
419 aa  77.4  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.284097 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2065  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  64.91 
 
 
506 aa  77  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.140778  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6802  esterase, PHB depolymerase family  25.35 
 
 
398 aa  77  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419644  decreased coverage  0.000000125026 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0301  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  25.62 
 
 
367 aa  74.3  0.000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0865  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  25.62 
 
 
367 aa  74.3  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.208532  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0332  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  25.62 
 
 
364 aa  74.3  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.203676  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4502  esterase, PHB depolymerase  25.94 
 
 
365 aa  74.3  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42248  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3862  PHB depolymerase family esterase  25.94 
 
 
365 aa  74.3  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0810078  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4027  PHB depolymerase family esterase  25.53 
 
 
387 aa  73.9  0.000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.391886 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3665  PHB depolymerase family esterase  25.94 
 
 
365 aa  74.3  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.131134  normal  0.75521 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1480  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  25.62 
 
 
382 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289263  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1676  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  25.62 
 
 
382 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.254076  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2562  depolymerase  25.62 
 
 
382 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2425  PHB depolymerase family esterase  25.62 
 
 
382 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1285  esterase, PHB depolymerase family  25.28 
 
 
367 aa  72.4  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.29485  normal  0.060549 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34810  esterase, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  23.75 
 
 
501 aa  70.5  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0595  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  26.1 
 
 
364 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1238  fibronectin, type III domain-containing protein  64.15 
 
 
485 aa  70.5  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.109718  normal  0.858985 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0493  esterase, PHB depolymerase family  23.38 
 
 
378 aa  70.1  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2065  esterase, PHB depolymerase  28.04 
 
 
359 aa  69.7  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0523522  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3857  PHB depolymerase family esterase  25.71 
 
 
414 aa  68.9  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2417  Fibronectin type III domain protein  43.14 
 
 
485 aa  68.6  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2650  hypothetical protein  26.95 
 
 
355 aa  68.6  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.376354  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3990  Poly (3-hydroxybutyrate ) depolymerase  25.91 
 
 
396 aa  68.2  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2204  esterase, PHB depolymerase  25.09 
 
 
367 aa  67.8  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.667331  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2991  PHB depolymerase family esterase  23.88 
 
 
419 aa  65.9  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2576  esterase, PHB depolymerase  26.53 
 
 
396 aa  65.5  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.225739  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4102  hypothetical protein  25.9 
 
 
385 aa  65.5  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.943667 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3759  PHB depolymerase family esterase  26.81 
 
 
369 aa  64.7  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209534 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3230  PHB depolymerase family esterase  25.82 
 
 
369 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.891696  normal  0.152859 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2268  esterase, PHB depolymerase family  30.28 
 
 
344 aa  63.5  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.493113  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3344  PHB depolymerase family esterase  24.45 
 
 
429 aa  63.2  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335799  normal  0.68562 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1945  esterase, PHB depolymerase family  30.28 
 
 
344 aa  62.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.198099  normal  0.0353299 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4281  PHB depolymerase family esterase  25.91 
 
 
403 aa  62.4  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0631571 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0535  esterase, PHB depolymerase family  24.83 
 
 
338 aa  62.4  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.660761  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1211  esterase, PHB depolymerase family  23.91 
 
 
312 aa  61.2  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0349548 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4602  esterase, PHB depolymerase  22.5 
 
 
317 aa  61.2  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.462256  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1969  esterase, PHB depolymerase  28.85 
 
 
373 aa  60.8  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.127109  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2149  hypothetical protein  24.73 
 
 
343 aa  60.1  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000536767  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5113  esterase, PHB depolymerase  24.92 
 
 
370 aa  60.1  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4018  hypothetical protein  24.16 
 
 
355 aa  59.7  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3290  esterase, PHB depolymerase family  58.82 
 
 
450 aa  58.9  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195473  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0048  esterase, PHB depolymerase family  27.27 
 
 
417 aa  58.5  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00616843 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2770  PHB depolymerase family esterase  24.75 
 
 
544 aa  58.5  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1586  hypothetical protein  51.85 
 
 
852 aa  58.2  0.0000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33500  esterase, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  25.81 
 
 
429 aa  57.8  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3360  esterase, PHB depolymerase family  25.76 
 
 
419 aa  57.4  0.0000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.995755 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0082  esterase, PHB depolymerase  27.1 
 
 
414 aa  57  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0371  esterase, PHB depolymerase  25.85 
 
 
394 aa  57.4  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2059  phospholipase/carboxylesterase  25.36 
 
 
343 aa  56.2  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550035  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2056  esterase, PHB depolymerase family  29.9 
 
 
334 aa  56.2  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.10962  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1940  PHB depolymerase family esterase  20.77 
 
 
433 aa  55.1  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1990  esterase, PHB depolymerase family  24.71 
 
 
406 aa  55.1  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000642829  normal  0.085302 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4749  esterase, PHB depolymerase family  25.52 
 
 
343 aa  55.5  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3470  hypothetical protein  42.47 
 
 
2836 aa  54.7  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0237631 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1761  esterase, PHB depolymerase family  24.9 
 
 
422 aa  54.7  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1483  PHB depolymerase family esterase  24.9 
 
 
422 aa  54.7  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0485134  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6240  PHB depolymerase family esterase  25.49 
 
 
466 aa  54.7  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.721378 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1204  phospholipase/carboxylesterase  32.5 
 
 
335 aa  54.3  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.299935  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07050  hypothetical protein  25.55 
 
 
322 aa  53.9  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3959  esterase, PHB depolymerase family  24.29 
 
 
423 aa  53.9  0.000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4362  PHB depolymerase family esterase  28.5 
 
 
576 aa  53.9  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7674  putative polyhydroxy-alkanoate/butyrate(PHA/PHB) depolymerase  27.37 
 
 
529 aa  53.5  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5954  PHB depolymerase family esterase  30.83 
 
 
438 aa  53.5  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.159743 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7221  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  26.69 
 
 
363 aa  53.1  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.201442  normal  0.80823 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0711  esterase, PHB depolymerase  26.42 
 
 
392 aa  52.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.612274  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9052  polyhydroxybutyrate depolymerase  29.36 
 
 
366 aa  52.8  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1484  esterase, PHB depolymerase family  24.52 
 
 
425 aa  53.1  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220911  normal  0.169097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0137  esterase, PHB depolymerase  26.26 
 
 
392 aa  51.6  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5379  putative esterase, PHB depolymerase  25.86 
 
 
411 aa  52  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.449035 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1463  esterase, PHB depolymerase family  30 
 
 
363 aa  52  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0308241  normal  0.241375 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06093  Acetylxylan esterase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFS5]  25.1 
 
 
306 aa  51.6  0.00005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  decreased coverage  0.00247339 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3626  esterase, PHB depolymerase  25.8 
 
 
362 aa  51.6  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.155827  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1984  esterase, PHB depolymerase family  24.34 
 
 
337 aa  51.6  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000502853  normal  0.034342 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3819  PHB depolymerase family esterase  27.3 
 
 
419 aa  51.6  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5706  PHB depolymerase family esterase  27.48 
 
 
438 aa  51.2  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.137114  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5573  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  26.48 
 
 
421 aa  50.8  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.95415  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3867  esterase, PHB depolymerase  25.09 
 
 
404 aa  50.8  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.10201  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5937  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  26.48 
 
 
421 aa  50.8  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1173  esterase, PHB depolymerase family  26.71 
 
 
410 aa  50.8  0.00009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6278  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  25 
 
 
358 aa  50.1  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3146  PHB depolymerase family esterase  23.69 
 
 
308 aa  50.4  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.616621  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3195  PHB depolymerase family esterase  23.69 
 
 
308 aa  50.4  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0568  esterase, PHB depolymerase family  25.37 
 
 
395 aa  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>