32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4785 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4785  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  100 
 
 		 374 aa  756    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4259  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  98.45 
 
 		 322 aa  653    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00982049 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34710  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase protein  46.06 
 
 		 338 aa  278  8e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.222008  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2068  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  46.71 
 
 		 358 aa  263  4.999999999999999e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.151389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4772  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  42.49 
 
 		 356 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.826591 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5512  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  42.3 
 
 		 387 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.292347 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0127  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  44.98 
 
 		 347 aa  250  2e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.677522  normal  0.689217 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3159  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  44.24 
 
 		 340 aa  248  1e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0665  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  41.23 
 
 		 355 aa  245  9e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.097547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2303  polyhydroxybutyrate depolymerase  43.52 
 
 		 348 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2417  Fibronectin type III domain protein  40.31 
 
 		 485 aa  229  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1238  fibronectin, type III domain-containing protein  40.56 
 
 		 485 aa  219  5e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.109718  normal  0.858985 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2089  polyhydroxybutyrate depolymerase  43.34 
 
 		 341 aa  212  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2146  polyhydroxybutyrate depolymerase  43.34 
 
 		 341 aa  212  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.286329  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2280  hypothetical protein  43.34 
 
 		 341 aa  212  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.70217  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1585  putative depolymerase  39.77 
 
 		 362 aa  207  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0731101  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0176  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  39.61 
 
 		 375 aa  206  5e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1977  polyhydroxybutyrate depolymerase  34.92 
 
 		 369 aa  200  3e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2065  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  34.52 
 
 		 506 aa  187  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.140778  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5328  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  35.95 
 
 		 317 aa  186  5e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02265  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  32.03 
 
 		 353 aa  182  6e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1082  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  33.82 
 
 		 352 aa  176  9e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.157467  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07987  polyhydroxybutyrate depolymerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03560)  32.46 
 
 		 377 aa  163  4.0000000000000004e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.445833  normal  0.346264 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2373  fibronectin, type III domain-containing protein  31.1 
 
 		 385 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5556  putative depolymerase  28.53 
 
 		 403 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1647  putative depolymerase  28.53 
 
 		 391 aa  103  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543513  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4864  putative depolymerase  26.79 
 
 		 404 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3270  esterase, PHB depolymerase  30.93 
 
 		 372 aa  44.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31730  esterase, PHB depolymerase family  29.73 
 
 		 331 aa  44.3  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3990  Poly (3-hydroxybutyrate ) depolymerase  34.33 
 
 		 396 aa  43.9  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2770  PHB depolymerase family esterase  32.35 
 
 		 544 aa  43.1  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0535  esterase, PHB depolymerase family  36.84 
 
 		 338 aa  43.1  0.009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.660761  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>