139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2417 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2417  Fibronectin type III domain protein  100 
 
 		 485 aa  971    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1238  fibronectin, type III domain-containing protein  69.41 
 
 		 485 aa  627  1e-178  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.109718  normal  0.858985 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2065  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  50.1 
 
 		 506 aa  413  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.140778  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0127  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  46.96 
 
 		 347 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.677522  normal  0.689217 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3159  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  43.17 
 
 		 340 aa  259  9e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0176  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  42.26 
 
 		 375 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2303  polyhydroxybutyrate depolymerase  45.78 
 
 		 348 aa  237  4e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5328  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  42.95 
 
 		 317 aa  236  1.0000000000000001e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2068  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  41.25 
 
 		 358 aa  236  1.0000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.151389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4785  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  40.3 
 
 		 374 aa  230  5e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316027  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34710  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase protein  38.64 
 
 		 338 aa  229  8e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.222008  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4259  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  40.43 
 
 		 322 aa  227  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00982049 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02265  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  38.49 
 
 		 353 aa  223  6e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2280  hypothetical protein  45.42 
 
 		 341 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.70217  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2089  polyhydroxybutyrate depolymerase  45.42 
 
 		 341 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2146  polyhydroxybutyrate depolymerase  45.42 
 
 		 341 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.286329  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1082  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  40.8 
 
 		 352 aa  220  3.9999999999999997e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.157467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1977  polyhydroxybutyrate depolymerase  35.99 
 
 		 369 aa  218  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2373  fibronectin, type III domain-containing protein  39.7 
 
 		 385 aa  210  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07987  polyhydroxybutyrate depolymerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03560)  36.73 
 
 		 377 aa  208  2e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.445833  normal  0.346264 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4772  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  35.59 
 
 		 356 aa  206  7e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.826591 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5512  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  36.8 
 
 		 387 aa  205  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.292347 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0665  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  35.84 
 
 		 355 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.097547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1585  putative depolymerase  35.01 
 
 		 362 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0731101  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5556  putative depolymerase  28.95 
 
 		 403 aa  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1647  putative depolymerase  29.23 
 
 		 391 aa  131  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543513  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4864  putative depolymerase  28.76 
 
 		 404 aa  131  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2713  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  46.58 
 
 		 492 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.381426  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0824  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  41.49 
 
 		 492 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0168099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1740  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  41.49 
 
 		 492 aa  106  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.548806  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1342  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase precursor  41.49 
 
 		 492 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.968046  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0529  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  41.49 
 
 		 492 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1547  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  41.49 
 
 		 492 aa  106  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1570  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase precursor  41.49 
 
 		 492 aa  106  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0624  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase precursor  41.49 
 
 		 492 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.520528  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3290  esterase, PHB depolymerase family  71.15 
 
 		 450 aa  72.4  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3289  PHB depolymerase family esterase  43.14 
 
 		 683 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0658  PHB depolymerase family esterase  43.14 
 
 		 683 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.726264 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5990  Carbohydrate-binding CenC domain protein  53.16 
 
 		 648 aa  65.1  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.793128  normal  0.422272 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0048  esterase, PHB depolymerase family  55.56 
 
 		 417 aa  63.9  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00616843 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2179  esterase, PHB depolymerase family  48.21 
 
 		 419 aa  58.9  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.284097 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0082  esterase, PHB depolymerase  46.15 
 
 		 414 aa  57.8  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4881  glycoside hydrolase family 6  43.62 
 
 		 743 aa  57  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106483  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2604  chitin binding protein  35.63 
 
 		 455 aa  56.6  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.314994  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2793  chitin binding protein  35.63 
 
 		 455 aa  56.6  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4214  glycoside hydrolase family 5  45.79 
 
 		 608 aa  56.6  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0432  cellulose-binding family II  40.94 
 
 		 562 aa  56.2  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.302151 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2487  putative chitinase  36.78 
 
 		 455 aa  55.8  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.676693 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3216  glycoside hydrolase family 5  45.57 
 
 		 649 aa  55.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2824  chitin binding protein, putative  35.71 
 
 		 455 aa  55.1  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00573769  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2452  alpha amylase, catalytic region  37.8 
 
 		 1401 aa  55.1  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0187956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3986  S-layer domain protein  37.35 
 
 		 920 aa  55.1  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00445864 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2803  putative chitinase  36.78 
 
 		 455 aa  54.7  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1150  glycoside hydrolase family 6  40 
 
 		 655 aa  54.3  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0901469  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4160  glycoside hydrolase family 18  38.26 
 
 		 762 aa  53.9  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.299546 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2169  chitin-binding domain-containing protein  33.98 
 
 		 455 aa  53.9  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.102093  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7155  Glucodextranase N  40.22 
 
 		 1160 aa  53.5  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0849564  normal  0.457795 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0617  glycoside hydrolase family protein  46.15 
 
 		 1121 aa  53.1  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0413787  hitchhiker  0.00805779 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0542  glycoside hydrolase family 18  40.74 
 
 		 703 aa  53.1  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.218928  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2523  chitin-binding protein  33.33 
 
 		 455 aa  52.8  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6240  PHB depolymerase family esterase  26.12 
 
 		 466 aa  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.721378 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2845  putative chitinase  32.18 
 
 		 455 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00670529  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0400  chitinase  33.33 
 
 		 598 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.0000106126  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0595  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  30.93 
 
 		 364 aa  51.2  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1940  PHB depolymerase family esterase  30.88 
 
 		 433 aa  50.4  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2327  alpha amylase catalytic region  30.95 
 
 		 1401 aa  50.4  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.775797  normal  0.294215 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3673  fibronectin type III domain-containing protein  38.78 
 
 		 2170 aa  50.1  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20402 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3050  fibronectin, type III  36.78 
 
 		 667 aa  49.7  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000157497  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0615  glycoside hydrolase family protein  46.38 
 
 		 1209 aa  48.9  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.435681  hitchhiker  0.00420105 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1701  glycoside hydrolase family protein  43.21 
 
 		 1137 aa  49.3  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102428 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1235  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  41.43 
 
 		 6885 aa  48.5  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2598  chitin-binding domain-containing protein  34.48 
 
 		 455 aa  49.3  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0071458  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0692  fibronectin type III domain-containing protein  29.81 
 
 		 465 aa  48.5  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0935  hypothetical protein  35.46 
 
 		 847 aa  49.3  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.619972  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2556  chitin-binding protein  32.18 
 
 		 455 aa  48.5  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.840991  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2234  esterase, PHB depolymerase  27.84 
 
 		 369 aa  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.111052  normal  0.321017 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1969  esterase, PHB depolymerase  27.78 
 
 		 373 aa  48.5  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.127109  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3270  esterase, PHB depolymerase  32.84 
 
 		 372 aa  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0610  fibronectin type III domain-containing protein/ chitin binding domain-containing protein  30.21 
 
 		 464 aa  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3776  putative oxidoreductase, FAD-binding  25.14 
 
 		 685 aa  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3866  berberine/berberine domain-containing protein  25.14 
 
 		 685 aa  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2800  putative chitinase  32.18 
 
 		 455 aa  48.5  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000304413 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0301  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  29.9 
 
 		 367 aa  48.1  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0865  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  29.9 
 
 		 367 aa  48.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.208532  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1480  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  29.9 
 
 		 382 aa  48.1  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289263  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1676  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  29.9 
 
 		 382 aa  48.1  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.254076  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2562  depolymerase  29.9 
 
 		 382 aa  48.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2425  PHB depolymerase family esterase  29.9 
 
 		 382 aa  48.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0332  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  29.9 
 
 		 364 aa  47.8  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.203676  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0676  putative oxidoreductase, FAD-binding  25.14 
 
 		 685 aa  48.1  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04370  hypothetical protein  34.19 
 
 		 445 aa  47.8  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.302884 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6025  PHB depolymerase family esterase  26.14 
 
 		 416 aa  47.8  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.103792 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4273  esterase, PHB depolymerase  27.62 
 
 		 394 aa  47.4  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0036  chitin-binding domain protein  33.66 
 
 		 456 aa  47.4  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0067572  normal  0.0435633 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2285  glycoside hydrolase family 16  43.55 
 
 		 539 aa  47  0.0007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0517847  hitchhiker  0.00991437 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4502  esterase, PHB depolymerase  28.26 
 
 		 365 aa  47  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42248  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0493  esterase, PHB depolymerase family  29.03 
 
 		 378 aa  47  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3862  PHB depolymerase family esterase  28.26 
 
 		 365 aa  47  0.0008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0810078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2770  PHB depolymerase family esterase  29.17 
 
 		 544 aa  47  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5623  fibronectin type III domain-containing protein  32.94 
 
 		 749 aa  47  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.198115  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>