62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1977 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1977  polyhydroxybutyrate depolymerase  100 
 
 		 369 aa  769    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02265  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  52.91 
 
 		 353 aa  390  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3159  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  38.14 
 
 		 340 aa  243  5e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0127  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  40.06 
 
 		 347 aa  240  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.677522  normal  0.689217 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2303  polyhydroxybutyrate depolymerase  42.43 
 
 		 348 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1238  fibronectin, type III domain-containing protein  38.24 
 
 		 485 aa  224  1e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.109718  normal  0.858985 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2417  Fibronectin type III domain protein  37.97 
 
 		 485 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2146  polyhydroxybutyrate depolymerase  42.11 
 
 		 341 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.286329  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2089  polyhydroxybutyrate depolymerase  42.11 
 
 		 341 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2280  hypothetical protein  42.11 
 
 		 341 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.70217  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34710  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase protein  34.72 
 
 		 338 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.222008  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0176  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  33.92 
 
 		 375 aa  204  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4785  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  35.53 
 
 		 374 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4259  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  35.53 
 
 		 322 aa  195  9e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00982049 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5328  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  35.46 
 
 		 317 aa  192  1e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2065  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  34.7 
 
 		 506 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.140778  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1585  putative depolymerase  34.03 
 
 		 362 aa  188  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0731101  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1082  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  32.13 
 
 		 352 aa  187  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.157467  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07987  polyhydroxybutyrate depolymerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03560)  34.57 
 
 		 377 aa  182  6e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.445833  normal  0.346264 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2068  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  36.31 
 
 		 358 aa  182  9.000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.151389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4772  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  31.53 
 
 		 356 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.826591 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5512  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  31.29 
 
 		 387 aa  166  9e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.292347 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0665  poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase  31.18 
 
 		 355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.097547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2373  fibronectin, type III domain-containing protein  30.77 
 
 		 385 aa  159  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4864  putative depolymerase  28.13 
 
 		 404 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5556  putative depolymerase  26.46 
 
 		 403 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1647  putative depolymerase  34.13 
 
 		 391 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543513  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3990  Poly (3-hydroxybutyrate ) depolymerase  35.37 
 
 		 396 aa  53.1  0.000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6025  PHB depolymerase family esterase  40.28 
 
 		 416 aa  52.8  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.103792 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3270  esterase, PHB depolymerase  36.05 
 
 		 372 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0535  esterase, PHB depolymerase family  33.33 
 
 		 338 aa  50.4  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.660761  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6240  PHB depolymerase family esterase  39.73 
 
 		 466 aa  50.4  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.721378 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7065  esterase, PHB depolymerase family  34.88 
 
 		 426 aa  49.7  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.185362  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5706  PHB depolymerase family esterase  35.29 
 
 		 438 aa  49.7  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.137114  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2576  esterase, PHB depolymerase  36.11 
 
 		 396 aa  49.7  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.225739  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3360  esterase, PHB depolymerase family  36.11 
 
 		 419 aa  49.3  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.995755 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2650  hypothetical protein  31.18 
 
 		 355 aa  48.9  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.376354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2065  esterase, PHB depolymerase  36 
 
 		 359 aa  49.3  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0523522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3626  esterase, PHB depolymerase  29.91 
 
 		 362 aa  48.5  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.155827  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2770  PHB depolymerase family esterase  32.58 
 
 		 544 aa  47.8  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4102  hypothetical protein  35.62 
 
 		 385 aa  47.4  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.943667 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4018  hypothetical protein  32.58 
 
 		 355 aa  47  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4127  esterase, PHB depolymerase family  37.5 
 
 		 419 aa  46.6  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3819  PHB depolymerase family esterase  37.5 
 
 		 419 aa  46.6  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3290  esterase, PHB depolymerase family  30.83 
 
 		 450 aa  45.8  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1969  esterase, PHB depolymerase  34.72 
 
 		 373 aa  46.2  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.127109  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2204  esterase, PHB depolymerase  30.23 
 
 		 367 aa  46.2  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.667331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1211  esterase, PHB depolymerase family  32.18 
 
 		 312 aa  45.4  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0349548 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0048  esterase, PHB depolymerase family  30.15 
 
 		 417 aa  44.7  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00616843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2846  esterase, PHB depolymerase  30 
 
 		 398 aa  44.3  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3344  PHB depolymerase family esterase  30.59 
 
 		 429 aa  43.9  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335799  normal  0.68562 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5954  PHB depolymerase family esterase  26.73 
 
 		 438 aa  43.9  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.159743 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33500  esterase, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  31.76 
 
 		 429 aa  43.9  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0493  esterase, PHB depolymerase family  29.58 
 
 		 378 aa  43.5  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1285  esterase, PHB depolymerase family  33.33 
 
 		 367 aa  43.5  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.29485  normal  0.060549 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3867  esterase, PHB depolymerase  31.76 
 
 		 404 aa  43.5  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.10201  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2059  phospholipase/carboxylesterase  34.21 
 
 		 343 aa  43.5  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2234  esterase, PHB depolymerase  29.7 
 
 		 369 aa  43.1  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.111052  normal  0.321017 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5379  putative esterase, PHB depolymerase  34.78 
 
 		 411 aa  43.1  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.449035 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3759  PHB depolymerase family esterase  31 
 
 		 369 aa  43.1  0.009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209534 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3230  PHB depolymerase family esterase  31 
 
 		 369 aa  42.7  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.891696  normal  0.152859 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4273  esterase, PHB depolymerase  31.94 
 
 		 394 aa  43.1  0.009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>