170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3867 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3867  esterase, PHB depolymerase  100 
 
 		 404 aa  828    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.10201  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4273  esterase, PHB depolymerase  65.48 
 
 		 394 aa  463  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5379  putative esterase, PHB depolymerase  59.18 
 
 		 411 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.449035 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33500  esterase, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  53.85 
 
 		 429 aa  397  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3360  esterase, PHB depolymerase family  51.8 
 
 		 419 aa  351  1e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.995755 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3344  PHB depolymerase family esterase  48.15 
 
 		 429 aa  345  8e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335799  normal  0.68562 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4127  esterase, PHB depolymerase family  53.07 
 
 		 419 aa  344  2e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3819  PHB depolymerase family esterase  51.6 
 
 		 419 aa  344  2e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5706  PHB depolymerase family esterase  50.81 
 
 		 438 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.137114  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1285  esterase, PHB depolymerase family  47.73 
 
 		 367 aa  327  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.29485  normal  0.060549 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2650  hypothetical protein  46.43 
 
 		 355 aa  323  4e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.376354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3270  esterase, PHB depolymerase  47.88 
 
 		 372 aa  319  6e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1969  esterase, PHB depolymerase  51.28 
 
 		 373 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.127109  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6025  PHB depolymerase family esterase  57.04 
 
 		 416 aa  306  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.103792 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3857  PHB depolymerase family esterase  46.31 
 
 		 414 aa  304  2.0000000000000002e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6240  PHB depolymerase family esterase  59.29 
 
 		 466 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.721378 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7065  esterase, PHB depolymerase family  59.64 
 
 		 426 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.185362  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2065  esterase, PHB depolymerase  53.36 
 
 		 359 aa  301  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0523522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2991  PHB depolymerase family esterase  42.79 
 
 		 419 aa  297  3e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2576  esterase, PHB depolymerase  41.97 
 
 		 396 aa  287  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.225739  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1761  esterase, PHB depolymerase family  45.83 
 
 		 422 aa  287  2e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1483  PHB depolymerase family esterase  45.85 
 
 		 422 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1211  esterase, PHB depolymerase family  51.57 
 
 		 312 aa  279  7e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0349548 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4027  PHB depolymerase family esterase  43.5 
 
 		 387 aa  277  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.391886 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1484  esterase, PHB depolymerase family  44.29 
 
 		 425 aa  276  4e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220911  normal  0.169097 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1984  esterase, PHB depolymerase family  54.32 
 
 		 337 aa  271  1e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000502853  normal  0.034342 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1990  esterase, PHB depolymerase family  53.48 
 
 		 406 aa  271  2e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000642829  normal  0.085302 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4281  PHB depolymerase family esterase  45.18 
 
 		 403 aa  266  4e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0631571 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2204  esterase, PHB depolymerase  46.26 
 
 		 367 aa  263  6e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.667331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3990  Poly (3-hydroxybutyrate ) depolymerase  48.75 
 
 		 396 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1173  esterase, PHB depolymerase family  51.43 
 
 		 410 aa  257  2e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2770  PHB depolymerase family esterase  45.3 
 
 		 544 aa  243  3.9999999999999997e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4102  hypothetical protein  48.01 
 
 		 385 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.943667 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0209  esterase, PHB depolymerase family  45.1 
 
 		 342 aa  225  1e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2056  esterase, PHB depolymerase family  40.27 
 
 		 334 aa  218  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.10962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4615  PHB depolymerase family esterase  50.61 
 
 		 359 aa  207  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0493  esterase, PHB depolymerase family  39.94 
 
 		 378 aa  205  1e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2820  esterase, PHB depolymerase family  34.38 
 
 		 352 aa  172  1e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000611867  hitchhiker  0.00921779 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4018  hypothetical protein  36.88 
 
 		 355 aa  169  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4407  PHB depolymerase family esterase  35.64 
 
 		 398 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.32684  normal  0.707171 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2846  esterase, PHB depolymerase  35.02 
 
 		 398 aa  161  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6802  esterase, PHB depolymerase family  34.77 
 
 		 398 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419644  decreased coverage  0.000000125026 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0535  esterase, PHB depolymerase family  37.91 
 
 		 338 aa  160  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.660761  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3626  esterase, PHB depolymerase  38.43 
 
 		 362 aa  159  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.155827  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4883  PHB depolymerase family esterase  36.73 
 
 		 369 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103512  hitchhiker  0.0011428 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3665  PHB depolymerase family esterase  36.5 
 
 		 365 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.131134  normal  0.75521 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4502  esterase, PHB depolymerase  36.5 
 
 		 365 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42248  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3862  PHB depolymerase family esterase  36.5 
 
 		 365 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0810078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1940  PHB depolymerase family esterase  36.65 
 
 		 433 aa  154  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5113  esterase, PHB depolymerase  37.06 
 
 		 370 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2234  esterase, PHB depolymerase  35.4 
 
 		 369 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.111052  normal  0.321017 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3823  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  37.41 
 
 		 374 aa  150  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2059  phospholipase/carboxylesterase  33.57 
 
 		 343 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3949  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  36.33 
 
 		 357 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.994388 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1945  esterase, PHB depolymerase family  37.69 
 
 		 344 aa  143  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.198099  normal  0.0353299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2268  esterase, PHB depolymerase family  35.64 
 
 		 344 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.493113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3230  PHB depolymerase family esterase  36.69 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.891696  normal  0.152859 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3759  PHB depolymerase family esterase  35.48 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209534 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0595  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  31.52 
 
 		 364 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1480  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  31.52 
 
 		 382 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289263  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1676  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  31.52 
 
 		 382 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.254076  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2562  depolymerase  31.52 
 
 		 382 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2425  PHB depolymerase family esterase  31.52 
 
 		 382 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0332  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  31.52 
 
 		 364 aa  140  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.203676  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0301  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  31.52 
 
 		 367 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0865  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  31.52 
 
 		 367 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.208532  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2149  hypothetical protein  34.42 
 
 		 343 aa  138  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000536767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4602  esterase, PHB depolymerase  33.96 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.462256  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3660  PHB depolymerase family esterase  34.71 
 
 		 381 aa  134  3.9999999999999996e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.741995  normal  0.231581 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7674  putative polyhydroxy-alkanoate/butyrate(PHA/PHB) depolymerase  30 
 
 		 529 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1012  polyhydroxyalkanoate depolymerase domain-containing protein  33.09 
 
 		 427 aa  124  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2235  polyhydroxyalkanoate depolymerase domain-containing protein  33.45 
 
 		 427 aa  123  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00861555  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2039  PHB depolymerase family esterase  33.85 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.249198  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2094  PHB depolymerase family esterase  33.85 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5954  PHB depolymerase family esterase  32.85 
 
 		 438 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.159743 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1463  esterase, PHB depolymerase family  32.02 
 
 		 363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0308241  normal  0.241375 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5982  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  31.64 
 
 		 358 aa  121  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9052  polyhydroxybutyrate depolymerase  33.33 
 
 		 366 aa  120  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6278  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  32.73 
 
 		 358 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4749  esterase, PHB depolymerase family  33.81 
 
 		 343 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7221  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  31.47 
 
 		 363 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.201442  normal  0.80823 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0568  esterase, PHB depolymerase family  29.07 
 
 		 395 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4301  PHB depolymerase family esterase  34.82 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0711  esterase, PHB depolymerase  33.17 
 
 		 392 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.612274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0371  esterase, PHB depolymerase  33.85 
 
 		 394 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2179  esterase, PHB depolymerase family  31.91 
 
 		 419 aa  114  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.284097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0137  esterase, PHB depolymerase  33.85 
 
 		 392 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5573  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  31.32 
 
 		 421 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.95415  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5937  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  31.32 
 
 		 421 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6439  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  30.96 
 
 		 445 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1658  esterase, PHB depolymerase family  35.08 
 
 		 363 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.044626  normal  0.200304 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0082  esterase, PHB depolymerase  29.12 
 
 		 414 aa  103  5e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0048  esterase, PHB depolymerase family  31.78 
 
 		 417 aa  102  9e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00616843 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31730  esterase, PHB depolymerase family  29.03 
 
 		 331 aa  97.1  5e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0935  putative polyhydroxyalkanoate depolymerase  27.63 
 
 		 343 aa  94.4  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3290  esterase, PHB depolymerase family  29.89 
 
 		 450 aa  89  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1658  hypothetical protein  32.11 
 
 		 342 aa  87  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.32348  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0520  putative polyhydroxyalkanoate depolymerase  30.96 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.213794 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3457  PHB depolymerase family esterase  29.07 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00100534  normal  0.0484591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0666  PHB depolymerase family esterase  29.07 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.19814 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>