159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3949 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3949  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  100 
 
 		 357 aa  711    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.994388 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3626  esterase, PHB depolymerase  64.38 
 
 		 362 aa  428  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.155827  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2846  esterase, PHB depolymerase  42.44 
 
 		 398 aa  250  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4407  PHB depolymerase family esterase  43.48 
 
 		 398 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.32684  normal  0.707171 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6802  esterase, PHB depolymerase family  41.57 
 
 		 398 aa  242  7e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419644  decreased coverage  0.000000125026 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3665  PHB depolymerase family esterase  40.76 
 
 		 365 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.131134  normal  0.75521 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4502  esterase, PHB depolymerase  40.76 
 
 		 365 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42248  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3862  PHB depolymerase family esterase  40.76 
 
 		 365 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0810078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4883  PHB depolymerase family esterase  43.56 
 
 		 369 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103512  hitchhiker  0.0011428 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2234  esterase, PHB depolymerase  40.98 
 
 		 369 aa  226  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.111052  normal  0.321017 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0332  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  43.56 
 
 		 364 aa  226  7e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.203676  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1480  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  43.56 
 
 		 382 aa  225  8e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289263  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1676  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  43.56 
 
 		 382 aa  225  8e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.254076  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2562  depolymerase  43.56 
 
 		 382 aa  225  8e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2425  PHB depolymerase family esterase  43.56 
 
 		 382 aa  225  8e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0301  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  43.56 
 
 		 367 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0865  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  43.56 
 
 		 367 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.208532  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0595  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  43.33 
 
 		 364 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3759  PHB depolymerase family esterase  40.59 
 
 		 369 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209534 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3230  PHB depolymerase family esterase  39.63 
 
 		 369 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.891696  normal  0.152859 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1945  esterase, PHB depolymerase family  41.75 
 
 		 344 aa  208  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.198099  normal  0.0353299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2268  esterase, PHB depolymerase family  41.61 
 
 		 344 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.493113  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2149  hypothetical protein  44.04 
 
 		 343 aa  204  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000536767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7221  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  39.48 
 
 		 363 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.201442  normal  0.80823 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5573  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  42.09 
 
 		 421 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.95415  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5937  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  42.09 
 
 		 421 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6439  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  42.31 
 
 		 445 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5982  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  39.32 
 
 		 358 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221901  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1012  polyhydroxyalkanoate depolymerase domain-containing protein  38.05 
 
 		 427 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6278  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  39.33 
 
 		 358 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1940  PHB depolymerase family esterase  36.48 
 
 		 433 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2235  polyhydroxyalkanoate depolymerase domain-containing protein  37.74 
 
 		 427 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00861555  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1211  esterase, PHB depolymerase family  36.45 
 
 		 312 aa  169  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0349548 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5954  PHB depolymerase family esterase  38.98 
 
 		 438 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.159743 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7065  esterase, PHB depolymerase family  42.45 
 
 		 426 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.185362  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4018  hypothetical protein  40.21 
 
 		 355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2059  phospholipase/carboxylesterase  37.01 
 
 		 343 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5706  PHB depolymerase family esterase  40.28 
 
 		 438 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.137114  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33500  esterase, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  37.5 
 
 		 429 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4027  PHB depolymerase family esterase  40.14 
 
 		 387 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.391886 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2039  PHB depolymerase family esterase  37.74 
 
 		 362 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.249198  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2094  PHB depolymerase family esterase  37.74 
 
 		 362 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2650  hypothetical protein  39.64 
 
 		 355 aa  155  9e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.376354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2576  esterase, PHB depolymerase  37.63 
 
 		 396 aa  155  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.225739  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2204  esterase, PHB depolymerase  37.18 
 
 		 367 aa  154  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.667331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2065  esterase, PHB depolymerase  38.95 
 
 		 359 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0523522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0493  esterase, PHB depolymerase family  33.6 
 
 		 378 aa  152  7e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3344  PHB depolymerase family esterase  35.11 
 
 		 429 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335799  normal  0.68562 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3819  PHB depolymerase family esterase  38.41 
 
 		 419 aa  152  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3857  PHB depolymerase family esterase  38.24 
 
 		 414 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4127  esterase, PHB depolymerase family  38.04 
 
 		 419 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2056  esterase, PHB depolymerase family  32.18 
 
 		 334 aa  149  7e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.10962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2770  PHB depolymerase family esterase  33.33 
 
 		 544 aa  149  7e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6240  PHB depolymerase family esterase  38.49 
 
 		 466 aa  149  7e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.721378 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3270  esterase, PHB depolymerase  34.56 
 
 		 372 aa  146  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3360  esterase, PHB depolymerase family  38.43 
 
 		 419 aa  146  6e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.995755 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1969  esterase, PHB depolymerase  40.15 
 
 		 373 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.127109  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3990  Poly (3-hydroxybutyrate ) depolymerase  39.64 
 
 		 396 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6025  PHB depolymerase family esterase  39.43 
 
 		 416 aa  143  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.103792 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4102  hypothetical protein  39.71 
 
 		 385 aa  142  8e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.943667 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3867  esterase, PHB depolymerase  36.33 
 
 		 404 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.10201  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1285  esterase, PHB depolymerase family  34.97 
 
 		 367 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.29485  normal  0.060549 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0535  esterase, PHB depolymerase family  37.13 
 
 		 338 aa  138  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.660761  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4273  esterase, PHB depolymerase  36.79 
 
 		 394 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2991  PHB depolymerase family esterase  36.97 
 
 		 419 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1761  esterase, PHB depolymerase family  38.93 
 
 		 422 aa  135  9e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1483  PHB depolymerase family esterase  38.93 
 
 		 422 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1484  esterase, PHB depolymerase family  39.5 
 
 		 425 aa  134  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220911  normal  0.169097 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1984  esterase, PHB depolymerase family  36.76 
 
 		 337 aa  132  7.999999999999999e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000502853  normal  0.034342 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4281  PHB depolymerase family esterase  37.94 
 
 		 403 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0631571 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1990  esterase, PHB depolymerase family  35.46 
 
 		 406 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000642829  normal  0.085302 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1173  esterase, PHB depolymerase family  37.36 
 
 		 410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5379  putative esterase, PHB depolymerase  37.41 
 
 		 411 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.449035 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4615  PHB depolymerase family esterase  45.31 
 
 		 359 aa  122  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4749  esterase, PHB depolymerase family  30.89 
 
 		 343 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5113  esterase, PHB depolymerase  32.12 
 
 		 370 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3823  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  32.51 
 
 		 374 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0209  esterase, PHB depolymerase family  35.61 
 
 		 342 aa  109  8.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2820  esterase, PHB depolymerase family  30.21 
 
 		 352 aa  107  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000611867  hitchhiker  0.00921779 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0371  esterase, PHB depolymerase  35.44 
 
 		 394 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2179  esterase, PHB depolymerase family  30.52 
 
 		 419 aa  98.6  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.284097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0137  esterase, PHB depolymerase  33.01 
 
 		 392 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0568  esterase, PHB depolymerase family  31.49 
 
 		 395 aa  92.8  8e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0048  esterase, PHB depolymerase family  31.08 
 
 		 417 aa  92  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00616843 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0082  esterase, PHB depolymerase  29.76 
 
 		 414 aa  91.3  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0711  esterase, PHB depolymerase  31 
 
 		 392 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.612274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3290  esterase, PHB depolymerase family  28.01 
 
 		 450 aa  89.4  9e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4301  PHB depolymerase family esterase  35.18 
 
 		 368 aa  89.4  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0520  putative polyhydroxyalkanoate depolymerase  30.47 
 
 		 315 aa  89  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.213794 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9052  polyhydroxybutyrate depolymerase  26.88 
 
 		 366 aa  87  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3660  PHB depolymerase family esterase  29.15 
 
 		 381 aa  86.7  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.741995  normal  0.231581 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31730  esterase, PHB depolymerase family  27 
 
 		 331 aa  82.4  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0666  PHB depolymerase family esterase  28.96 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.19814 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1658  hypothetical protein  31.47 
 
 		 342 aa  80.9  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.32348  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4602  esterase, PHB depolymerase  29.21 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.462256  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3281  PHB depolymerase family esterase  28.96 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.123573 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3457  PHB depolymerase family esterase  28.57 
 
 		 308 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00100534  normal  0.0484591 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0935  putative polyhydroxyalkanoate depolymerase  26.26 
 
 		 343 aa  79  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1463  esterase, PHB depolymerase family  27.94 
 
 		 363 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0308241  normal  0.241375 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7674  putative polyhydroxy-alkanoate/butyrate(PHA/PHB) depolymerase  30.62 
 
 		 529 aa  74.3  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>