175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0137 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0137  esterase, PHB depolymerase  100 
 
 		 392 aa  804    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0711  esterase, PHB depolymerase  79.34 
 
 		 392 aa  614  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.612274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0568  esterase, PHB depolymerase family  67.67 
 
 		 395 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0371  esterase, PHB depolymerase  64.39 
 
 		 394 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7674  putative polyhydroxy-alkanoate/butyrate(PHA/PHB) depolymerase  56.89 
 
 		 529 aa  398  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1463  esterase, PHB depolymerase family  53.44 
 
 		 363 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0308241  normal  0.241375 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3660  PHB depolymerase family esterase  54.33 
 
 		 381 aa  322  8e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.741995  normal  0.231581 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4602  esterase, PHB depolymerase  53.38 
 
 		 317 aa  322  9.999999999999999e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.462256  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9052  polyhydroxybutyrate depolymerase  45 
 
 		 366 aa  305  7e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1658  esterase, PHB depolymerase family  49.86 
 
 		 363 aa  302  8.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.044626  normal  0.200304 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4301  PHB depolymerase family esterase  44.27 
 
 		 368 aa  286  5e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2179  esterase, PHB depolymerase family  45.24 
 
 		 419 aa  268  2e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.284097 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31730  esterase, PHB depolymerase family  43.64 
 
 		 331 aa  267  2.9999999999999995e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0048  esterase, PHB depolymerase family  44.22 
 
 		 417 aa  248  1e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00616843 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0082  esterase, PHB depolymerase  42.42 
 
 		 414 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4749  esterase, PHB depolymerase family  41.22 
 
 		 343 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3290  esterase, PHB depolymerase family  42.42 
 
 		 450 aa  237  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1658  hypothetical protein  44.18 
 
 		 342 aa  226  5.0000000000000005e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.32348  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3146  PHB depolymerase family esterase  44.44 
 
 		 308 aa  210  4e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.616621  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3195  PHB depolymerase family esterase  44.44 
 
 		 308 aa  210  4e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0935  putative polyhydroxyalkanoate depolymerase  35.79 
 
 		 343 aa  190  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0520  putative polyhydroxyalkanoate depolymerase  36.27 
 
 		 315 aa  167  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.213794 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0780  PHB depolymerase family esterase  33.78 
 
 		 436 aa  166  9e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3281  PHB depolymerase family esterase  35.09 
 
 		 308 aa  164  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.123573 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3457  PHB depolymerase family esterase  35.09 
 
 		 308 aa  164  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00100534  normal  0.0484591 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0388  PHB depolymerase family esterase  33.09 
 
 		 442 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.140919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3172  esterase, PHB depolymerase family protein  34.55 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0370898  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0666  PHB depolymerase family esterase  34.74 
 
 		 308 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.19814 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2245  esterase, PHB depolymerase family  32.88 
 
 		 432 aa  159  8e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.386893 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0179  PHB depolymerase family esterase  32.31 
 
 		 656 aa  157  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.18087  normal  0.428012 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2633  PHB depolymerase family esterase  35.07 
 
 		 422 aa  157  4e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.655829 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2509  esterase, PHB depolymerase family  35.4 
 
 		 489 aa  149  8e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.821888  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3959  esterase, PHB depolymerase family  31.25 
 
 		 423 aa  148  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3591  esterase, PHB depolymerase family  32.33 
 
 		 518 aa  144  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.229813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4958  esterase, PHB depolymerase family  32.33 
 
 		 451 aa  140  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.348858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3270  esterase, PHB depolymerase  37.9 
 
 		 372 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2204  esterase, PHB depolymerase  32.48 
 
 		 367 aa  134  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.667331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1285  esterase, PHB depolymerase family  37.44 
 
 		 367 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.29485  normal  0.060549 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33500  esterase, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  33.2 
 
 		 429 aa  132  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1990  esterase, PHB depolymerase family  34.06 
 
 		 406 aa  130  5.0000000000000004e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000642829  normal  0.085302 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4027  PHB depolymerase family esterase  34.57 
 
 		 387 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.391886 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2056  esterase, PHB depolymerase family  32.21 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.10962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0493  esterase, PHB depolymerase family  37.56 
 
 		 378 aa  127  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2991  PHB depolymerase family esterase  34.75 
 
 		 419 aa  126  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2770  PHB depolymerase family esterase  30.56 
 
 		 544 aa  125  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4102  hypothetical protein  34.6 
 
 		 385 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.943667 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4407  PHB depolymerase family esterase  35.15 
 
 		 398 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.32684  normal  0.707171 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06093  Acetylxylan esterase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFS5]  31.13 
 
 		 306 aa  119  6e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  decreased coverage  0.00247339 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3857  PHB depolymerase family esterase  32.23 
 
 		 414 aa  120  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3990  Poly (3-hydroxybutyrate ) depolymerase  33.45 
 
 		 396 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2065  esterase, PHB depolymerase  31.19 
 
 		 359 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0523522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2576  esterase, PHB depolymerase  35.64 
 
 		 396 aa  116  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.225739  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1969  esterase, PHB depolymerase  34.64 
 
 		 373 aa  114  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.127109  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4883  PHB depolymerase family esterase  35.21 
 
 		 369 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103512  hitchhiker  0.0011428 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1211  esterase, PHB depolymerase family  31.82 
 
 		 312 aa  113  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0349548 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2650  hypothetical protein  31.82 
 
 		 355 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.376354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3819  PHB depolymerase family esterase  31.74 
 
 		 419 aa  110  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0595  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  31.1 
 
 		 364 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0301  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  30.31 
 
 		 367 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0865  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  30.31 
 
 		 367 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.208532  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1483  PHB depolymerase family esterase  33.21 
 
 		 422 aa  108  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1480  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  30.31 
 
 		 382 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289263  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1676  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  30.31 
 
 		 382 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.254076  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2562  depolymerase  30.31 
 
 		 382 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2425  PHB depolymerase family esterase  30.31 
 
 		 382 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0332  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  30.31 
 
 		 364 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.203676  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1761  esterase, PHB depolymerase family  33.21 
 
 		 422 aa  108  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3344  PHB depolymerase family esterase  35.03 
 
 		 429 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335799  normal  0.68562 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4127  esterase, PHB depolymerase family  31.4 
 
 		 419 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2846  esterase, PHB depolymerase  32.99 
 
 		 398 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3823  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  37.32 
 
 		 374 aa  106  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1484  esterase, PHB depolymerase family  36.61 
 
 		 425 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220911  normal  0.169097 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4273  esterase, PHB depolymerase  35.15 
 
 		 394 aa  104  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6802  esterase, PHB depolymerase family  32.99 
 
 		 398 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419644  decreased coverage  0.000000125026 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4281  PHB depolymerase family esterase  30.48 
 
 		 403 aa  104  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0631571 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4502  esterase, PHB depolymerase  33.82 
 
 		 365 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42248  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3665  PHB depolymerase family esterase  33.82 
 
 		 365 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.131134  normal  0.75521 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3862  PHB depolymerase family esterase  33.82 
 
 		 365 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0810078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5113  esterase, PHB depolymerase  32.68 
 
 		 370 aa  100  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3360  esterase, PHB depolymerase family  30.39 
 
 		 419 aa  99.4  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.995755 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0209  esterase, PHB depolymerase family  33.33 
 
 		 342 aa  99  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7065  esterase, PHB depolymerase family  36.14 
 
 		 426 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.185362  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2820  esterase, PHB depolymerase family  27.55 
 
 		 352 aa  98.2  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000611867  hitchhiker  0.00921779 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2234  esterase, PHB depolymerase  32.85 
 
 		 369 aa  97.1  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.111052  normal  0.321017 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1173  esterase, PHB depolymerase family  34.65 
 
 		 410 aa  96.7  7e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3759  PHB depolymerase family esterase  34.27 
 
 		 369 aa  95.5  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209534 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3867  esterase, PHB depolymerase  33.85 
 
 		 404 aa  95.5  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.10201  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3230  PHB depolymerase family esterase  34.26 
 
 		 369 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.891696  normal  0.152859 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4615  PHB depolymerase family esterase  34.56 
 
 		 359 aa  95.9  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6025  PHB depolymerase family esterase  31.09 
 
 		 416 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.103792 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1984  esterase, PHB depolymerase family  28.78 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000502853  normal  0.034342 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5954  PHB depolymerase family esterase  34.65 
 
 		 438 aa  93.6  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.159743 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5706  PHB depolymerase family esterase  34.62 
 
 		 438 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.137114  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0535  esterase, PHB depolymerase family  35.36 
 
 		 338 aa  93.2  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.660761  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5379  putative esterase, PHB depolymerase  32.78 
 
 		 411 aa  92.8  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.449035 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6240  PHB depolymerase family esterase  33.94 
 
 		 466 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.721378 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2059  phospholipase/carboxylesterase  31.82 
 
 		 343 aa  89.7  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4018  hypothetical protein  32.5 
 
 		 355 aa  89  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1945  esterase, PHB depolymerase family  32 
 
 		 344 aa  88.2  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.198099  normal  0.0353299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2268  esterase, PHB depolymerase family  32.62 
 
 		 344 aa  86.3  8e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.493113  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>