140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3281 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3281  PHB depolymerase family esterase  100 
 
 		 308 aa  635    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.123573 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0666  PHB depolymerase family esterase  99.03 
 
 		 308 aa  629  1e-179  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.19814 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3457  PHB depolymerase family esterase  98.7 
 
 		 308 aa  627  1e-178  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00100534  normal  0.0484591 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0520  putative polyhydroxyalkanoate depolymerase  67.86 
 
 		 315 aa  428  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.213794 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3172  esterase, PHB depolymerase family protein  60.74 
 
 		 300 aa  358  4e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0370898  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0935  putative polyhydroxyalkanoate depolymerase  50 
 
 		 343 aa  291  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4602  esterase, PHB depolymerase  38.46 
 
 		 317 aa  206  6e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.462256  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1463  esterase, PHB depolymerase family  36.71 
 
 		 363 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0308241  normal  0.241375 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9052  polyhydroxybutyrate depolymerase  37.98 
 
 		 366 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0371  esterase, PHB depolymerase  36.49 
 
 		 394 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31730  esterase, PHB depolymerase family  36.62 
 
 		 331 aa  190  2e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7674  putative polyhydroxy-alkanoate/butyrate(PHA/PHB) depolymerase  38.38 
 
 		 529 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0048  esterase, PHB depolymerase family  34.39 
 
 		 417 aa  186  4e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00616843 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0568  esterase, PHB depolymerase family  36.62 
 
 		 395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3660  PHB depolymerase family esterase  35.92 
 
 		 381 aa  183  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.741995  normal  0.231581 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0711  esterase, PHB depolymerase  36.14 
 
 		 392 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.612274  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1658  esterase, PHB depolymerase family  36.59 
 
 		 363 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.044626  normal  0.200304 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0137  esterase, PHB depolymerase  35.09 
 
 		 392 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0082  esterase, PHB depolymerase  34.73 
 
 		 414 aa  176  5e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3146  PHB depolymerase family esterase  35.69 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.616621  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3195  PHB depolymerase family esterase  35.69 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4749  esterase, PHB depolymerase family  34.38 
 
 		 343 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4301  PHB depolymerase family esterase  34.74 
 
 		 368 aa  166  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3290  esterase, PHB depolymerase family  33.44 
 
 		 450 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2179  esterase, PHB depolymerase family  32.18 
 
 		 419 aa  161  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.284097 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1658  hypothetical protein  34.58 
 
 		 342 aa  149  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.32348  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4027  PHB depolymerase family esterase  34.14 
 
 		 387 aa  125  7e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.391886 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33500  esterase, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  29.9 
 
 		 429 aa  115  8.999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2650  hypothetical protein  33.77 
 
 		 355 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.376354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2991  PHB depolymerase family esterase  35.75 
 
 		 419 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2576  esterase, PHB depolymerase  36.08 
 
 		 396 aa  109  6e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.225739  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1285  esterase, PHB depolymerase family  35.14 
 
 		 367 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.29485  normal  0.060549 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3857  PHB depolymerase family esterase  31.7 
 
 		 414 aa  108  8.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3990  Poly (3-hydroxybutyrate ) depolymerase  30.8 
 
 		 396 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3270  esterase, PHB depolymerase  31.58 
 
 		 372 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1211  esterase, PHB depolymerase family  32.23 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0349548 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2770  PHB depolymerase family esterase  30.29 
 
 		 544 aa  102  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4502  esterase, PHB depolymerase  35.11 
 
 		 365 aa  99.8  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42248  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3862  PHB depolymerase family esterase  35.11 
 
 		 365 aa  99.8  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0810078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4102  hypothetical protein  29.18 
 
 		 385 aa  99.8  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.943667 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3665  PHB depolymerase family esterase  35.11 
 
 		 365 aa  99.8  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.131134  normal  0.75521 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6802  esterase, PHB depolymerase family  29.74 
 
 		 398 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419644  decreased coverage  0.000000125026 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2846  esterase, PHB depolymerase  29.85 
 
 		 398 aa  97.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1990  esterase, PHB depolymerase family  33.33 
 
 		 406 aa  97.1  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000642829  normal  0.085302 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4407  PHB depolymerase family esterase  27.55 
 
 		 398 aa  96.7  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.32684  normal  0.707171 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3344  PHB depolymerase family esterase  34.27 
 
 		 429 aa  95.9  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335799  normal  0.68562 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4883  PHB depolymerase family esterase  33.01 
 
 		 369 aa  95.9  8e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103512  hitchhiker  0.0011428 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0301  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  29.34 
 
 		 367 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0865  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  29.34 
 
 		 367 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.208532  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1480  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  29.34 
 
 		 382 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289263  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1676  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  29.34 
 
 		 382 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.254076  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2562  depolymerase  29.34 
 
 		 382 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2425  PHB depolymerase family esterase  29.34 
 
 		 382 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0332  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  29.34 
 
 		 364 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.203676  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0595  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  29.05 
 
 		 364 aa  94  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0493  esterase, PHB depolymerase family  29.73 
 
 		 378 aa  93.6  4e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2065  esterase, PHB depolymerase  33.16 
 
 		 359 aa  93.2  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0523522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4127  esterase, PHB depolymerase family  35.24 
 
 		 419 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1945  esterase, PHB depolymerase family  29.91 
 
 		 344 aa  92.4  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.198099  normal  0.0353299 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3819  PHB depolymerase family esterase  35.24 
 
 		 419 aa  92.4  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3823  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  30.41 
 
 		 374 aa  92.4  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2268  esterase, PHB depolymerase family  29.91 
 
 		 344 aa  92.4  9e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.493113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1969  esterase, PHB depolymerase  31.72 
 
 		 373 aa  91.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.127109  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7065  esterase, PHB depolymerase family  36.67 
 
 		 426 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.185362  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2056  esterase, PHB depolymerase family  32.61 
 
 		 334 aa  90.9  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.10962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2234  esterase, PHB depolymerase  32.26 
 
 		 369 aa  89.7  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.111052  normal  0.321017 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0780  PHB depolymerase family esterase  25.59 
 
 		 436 aa  90.1  5e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2820  esterase, PHB depolymerase family  24.9 
 
 		 352 aa  89.4  6e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000611867  hitchhiker  0.00921779 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2204  esterase, PHB depolymerase  31.89 
 
 		 367 aa  89  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.667331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2059  phospholipase/carboxylesterase  28.76 
 
 		 343 aa  87.8  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6025  PHB depolymerase family esterase  28.76 
 
 		 416 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.103792 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5113  esterase, PHB depolymerase  29.93 
 
 		 370 aa  87.4  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1484  esterase, PHB depolymerase family  31.47 
 
 		 425 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220911  normal  0.169097 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2149  hypothetical protein  30.69 
 
 		 343 aa  86.3  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000536767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6240  PHB depolymerase family esterase  36.67 
 
 		 466 aa  85.5  9e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.721378 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1173  esterase, PHB depolymerase family  30.7 
 
 		 410 aa  84.7  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4281  PHB depolymerase family esterase  29.52 
 
 		 403 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0631571 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1940  PHB depolymerase family esterase  28.99 
 
 		 433 aa  83.2  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5706  PHB depolymerase family esterase  31.6 
 
 		 438 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.137114  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3959  esterase, PHB depolymerase family  25.53 
 
 		 423 aa  82.4  0.000000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3949  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  28.96 
 
 		 357 aa  81.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.994388 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1483  PHB depolymerase family esterase  30.6 
 
 		 422 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1761  esterase, PHB depolymerase family  30.6 
 
 		 422 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3230  PHB depolymerase family esterase  34.04 
 
 		 369 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.891696  normal  0.152859 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3759  PHB depolymerase family esterase  30.38 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209534 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0388  PHB depolymerase family esterase  24.82 
 
 		 442 aa  80.5  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.140919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4615  PHB depolymerase family esterase  30.22 
 
 		 359 aa  79.3  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2633  PHB depolymerase family esterase  26.5 
 
 		 422 aa  79  0.00000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.655829 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3360  esterase, PHB depolymerase family  32.11 
 
 		 419 aa  78.6  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.995755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4018  hypothetical protein  28.33 
 
 		 355 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5379  putative esterase, PHB depolymerase  33.52 
 
 		 411 aa  78.2  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.449035 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2245  esterase, PHB depolymerase family  23.17 
 
 		 432 aa  77.4  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.386893 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4958  esterase, PHB depolymerase family  25.77 
 
 		 451 aa  77  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.348858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2039  PHB depolymerase family esterase  29.87 
 
 		 362 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.249198  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2094  PHB depolymerase family esterase  29.87 
 
 		 362 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1012  polyhydroxyalkanoate depolymerase domain-containing protein  29.87 
 
 		 427 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3626  esterase, PHB depolymerase  28.76 
 
 		 362 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.155827  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3867  esterase, PHB depolymerase  29.07 
 
 		 404 aa  76.6  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.10201  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5954  PHB depolymerase family esterase  30.48 
 
 		 438 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.159743 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3591  esterase, PHB depolymerase family  25.38 
 
 		 518 aa  75.9  0.0000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.229813  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>