158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1658 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1658  hypothetical protein  100 
 
 
342 aa  698    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.32348  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4749  esterase, PHB depolymerase family  43.19 
 
 
343 aa  293  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3660  PHB depolymerase family esterase  47 
 
 
381 aa  263  3e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.741995  normal  0.231581 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0371  esterase, PHB depolymerase  48.13 
 
 
394 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0568  esterase, PHB depolymerase family  46.67 
 
 
395 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0137  esterase, PHB depolymerase  44.18 
 
 
392 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0048  esterase, PHB depolymerase family  45.57 
 
 
417 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00616843 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0711  esterase, PHB depolymerase  43 
 
 
392 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.612274  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7674  putative polyhydroxy-alkanoate/butyrate(PHA/PHB) depolymerase  44.04 
 
 
529 aa  243  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1463  esterase, PHB depolymerase family  41.07 
 
 
363 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0308241  normal  0.241375 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4602  esterase, PHB depolymerase  44.41 
 
 
317 aa  230  3e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.462256  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9052  polyhydroxybutyrate depolymerase  39.93 
 
 
366 aa  226  4e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2179  esterase, PHB depolymerase family  44.57 
 
 
419 aa  225  9e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.284097 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0082  esterase, PHB depolymerase  41.04 
 
 
414 aa  223  3e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4301  PHB depolymerase family esterase  43.69 
 
 
368 aa  222  6e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1658  esterase, PHB depolymerase family  44.26 
 
 
363 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.044626  normal  0.200304 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31730  esterase, PHB depolymerase family  38.93 
 
 
331 aa  204  2e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3290  esterase, PHB depolymerase family  39.86 
 
 
450 aa  203  3e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195473  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3146  PHB depolymerase family esterase  43.33 
 
 
308 aa  195  9e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.616621  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3195  PHB depolymerase family esterase  43.33 
 
 
308 aa  195  9e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0935  putative polyhydroxyalkanoate depolymerase  34.72 
 
 
343 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0520  putative polyhydroxyalkanoate depolymerase  38.03 
 
 
315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.213794 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3172  esterase, PHB depolymerase family protein  36.93 
 
 
300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0370898  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3457  PHB depolymerase family esterase  34.58 
 
 
308 aa  157  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00100534  normal  0.0484591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0666  PHB depolymerase family esterase  34.58 
 
 
308 aa  157  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.19814 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3281  PHB depolymerase family esterase  34.58 
 
 
308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.123573 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1211  esterase, PHB depolymerase family  33.79 
 
 
312 aa  140  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0349548 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4502  esterase, PHB depolymerase  35.93 
 
 
365 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42248  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3862  PHB depolymerase family esterase  35.93 
 
 
365 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0810078  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3665  PHB depolymerase family esterase  35.93 
 
 
365 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.131134  normal  0.75521 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4883  PHB depolymerase family esterase  36.8 
 
 
369 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103512  hitchhiker  0.0011428 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0388  PHB depolymerase family esterase  32.97 
 
 
442 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.140919  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0780  PHB depolymerase family esterase  31.12 
 
 
436 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4027  PHB depolymerase family esterase  38.28 
 
 
387 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.391886 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2234  esterase, PHB depolymerase  36.8 
 
 
369 aa  133  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.111052  normal  0.321017 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2576  esterase, PHB depolymerase  34.11 
 
 
396 aa  132  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.225739  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2991  PHB depolymerase family esterase  34.63 
 
 
419 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3959  esterase, PHB depolymerase family  32.97 
 
 
423 aa  128  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2204  esterase, PHB depolymerase  33.58 
 
 
367 aa  126  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.667331  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3759  PHB depolymerase family esterase  37.23 
 
 
369 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209534 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3230  PHB depolymerase family esterase  37.23 
 
 
369 aa  126  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.891696  normal  0.152859 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2245  esterase, PHB depolymerase family  34.84 
 
 
432 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.386893 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2633  PHB depolymerase family esterase  33.82 
 
 
422 aa  124  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.655829 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3270  esterase, PHB depolymerase  30.14 
 
 
372 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1480  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  31.6 
 
 
382 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289263  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1676  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  31.6 
 
 
382 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.254076  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2562  depolymerase  31.6 
 
 
382 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2425  PHB depolymerase family esterase  31.6 
 
 
382 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0301  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  31.6 
 
 
367 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0865  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  31.6 
 
 
367 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.208532  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4407  PHB depolymerase family esterase  33.8 
 
 
398 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.32684  normal  0.707171 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0332  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  31.6 
 
 
364 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.203676  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2846  esterase, PHB depolymerase  32.19 
 
 
398 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222858  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3857  PHB depolymerase family esterase  30.43 
 
 
414 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2650  hypothetical protein  34.22 
 
 
355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.376354  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3344  PHB depolymerase family esterase  33.33 
 
 
429 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335799  normal  0.68562 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6802  esterase, PHB depolymerase family  32.19 
 
 
398 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419644  decreased coverage  0.000000125026 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0595  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  32.1 
 
 
364 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2065  esterase, PHB depolymerase  31.29 
 
 
359 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0523522  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3591  esterase, PHB depolymerase family  30.04 
 
 
518 aa  119  9e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.229813  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4958  esterase, PHB depolymerase family  30.15 
 
 
451 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.348858  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1990  esterase, PHB depolymerase family  32.1 
 
 
406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000642829  normal  0.085302 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33500  esterase, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  31.94 
 
 
429 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3990  Poly (3-hydroxybutyrate ) depolymerase  34.18 
 
 
396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2770  PHB depolymerase family esterase  32.56 
 
 
544 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1285  esterase, PHB depolymerase family  31.56 
 
 
367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.29485  normal  0.060549 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4102  hypothetical protein  34.8 
 
 
385 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.943667 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2509  esterase, PHB depolymerase family  28.88 
 
 
489 aa  113  5e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.821888  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0179  PHB depolymerase family esterase  30.8 
 
 
656 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.18087  normal  0.428012 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0493  esterase, PHB depolymerase family  33.17 
 
 
378 aa  109  6e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1945  esterase, PHB depolymerase family  33.33 
 
 
344 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.198099  normal  0.0353299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2268  esterase, PHB depolymerase family  33.33 
 
 
344 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.493113  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7065  esterase, PHB depolymerase family  34.07 
 
 
426 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.185362  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06093  Acetylxylan esterase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFS5]  26.79 
 
 
306 aa  106  5e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  decreased coverage  0.00247339 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2056  esterase, PHB depolymerase family  28.37 
 
 
334 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.10962  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1969  esterase, PHB depolymerase  32.73 
 
 
373 aa  103  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.127109  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5706  PHB depolymerase family esterase  34.24 
 
 
438 aa  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.137114  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5982  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  29.64 
 
 
358 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221901  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1761  esterase, PHB depolymerase family  34.12 
 
 
422 aa  101  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1483  PHB depolymerase family esterase  33.45 
 
 
422 aa  101  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0485134  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4281  PHB depolymerase family esterase  34.52 
 
 
403 aa  101  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0631571 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1484  esterase, PHB depolymerase family  34.12 
 
 
425 aa  100  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220911  normal  0.169097 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4615  PHB depolymerase family esterase  36.5 
 
 
359 aa  99  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6278  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  29.64 
 
 
358 aa  97.4  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5113  esterase, PHB depolymerase  33.06 
 
 
370 aa  97.1  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1940  PHB depolymerase family esterase  32.42 
 
 
433 aa  97.1  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2149  hypothetical protein  30.58 
 
 
343 aa  96.7  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000536767  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3823  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  35.18 
 
 
374 aa  96.3  6e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6240  PHB depolymerase family esterase  33.99 
 
 
466 aa  95.9  9e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.721378 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1173  esterase, PHB depolymerase family  33.91 
 
 
410 aa  95.1  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5379  putative esterase, PHB depolymerase  34.58 
 
 
411 aa  94.4  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.449035 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3819  PHB depolymerase family esterase  33.33 
 
 
419 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4127  esterase, PHB depolymerase family  33.33 
 
 
419 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1012  polyhydroxyalkanoate depolymerase domain-containing protein  28.89 
 
 
427 aa  93.6  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2820  esterase, PHB depolymerase family  29.74 
 
 
352 aa  92  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000611867  hitchhiker  0.00921779 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2235  polyhydroxyalkanoate depolymerase domain-containing protein  28.52 
 
 
427 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00861555  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7221  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  29.95 
 
 
363 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.201442  normal  0.80823 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1984  esterase, PHB depolymerase family  30.74 
 
 
337 aa  91.3  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000502853  normal  0.034342 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4018  hypothetical protein  29.82 
 
 
355 aa  90.9  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6025  PHB depolymerase family esterase  31.62 
 
 
416 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.103792 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>