159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1002 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1002  protein of unknown function DUF214  100 
 
 
700 aa  1404    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.95364  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52020  permease protein of ABC transporter  27.62 
 
 
407 aa  72.8  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1668  protein of unknown function DUF214  29.1 
 
 
609 aa  71.2  0.00000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3477  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolE  31.72 
 
 
422 aa  62  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1365  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  30.2 
 
 
415 aa  60.8  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0641  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  33.6 
 
 
414 aa  60.1  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.256103  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0481  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC  33.6 
 
 
414 aa  60.1  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3149  hypothetical protein  25.45 
 
 
410 aa  58.5  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.750768  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0465  protein of unknown function DUF214  25.32 
 
 
410 aa  58.5  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4234  hypothetical protein  27.32 
 
 
410 aa  57.8  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.496459  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1000  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  29.85 
 
 
439 aa  57.8  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.14096 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0322  hypothetical protein  25.21 
 
 
393 aa  57.8  0.0000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.549176 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1747  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  27.22 
 
 
414 aa  57.8  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.726619  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00850  hypothetical protein  25.63 
 
 
399 aa  57.4  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0095739  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1310  hypothetical protein  28.57 
 
 
409 aa  57.4  0.0000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1334  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  32.26 
 
 
420 aa  56.6  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.414733  normal  0.836705 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2311  hypothetical protein  26.72 
 
 
397 aa  57  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.23479  hitchhiker  0.0000274996 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1252  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  26.55 
 
 
414 aa  56.2  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.368874  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1372  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  24.4 
 
 
434 aa  56.2  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3859  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  28.57 
 
 
416 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1195  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  31.25 
 
 
439 aa  55.5  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1541  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  30.99 
 
 
413 aa  55.8  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.470748  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1065  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  29.85 
 
 
439 aa  55.5  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.123078 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2259  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC, putative  31.51 
 
 
416 aa  55.5  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0507  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  28.86 
 
 
427 aa  55.1  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0143  hypothetical protein  25.42 
 
 
399 aa  54.3  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2154  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  28.95 
 
 
416 aa  54.3  0.000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.97636  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0289  protein of unknown function DUF214  21.67 
 
 
457 aa  54.3  0.000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0996073  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2285  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  31.51 
 
 
416 aa  53.9  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0114014  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1199  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  28 
 
 
416 aa  53.9  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.132324 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1761  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  26.75 
 
 
414 aa  53.9  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.293206  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2669  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  26.8 
 
 
415 aa  53.5  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3232  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  28 
 
 
418 aa  53.9  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.215903  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2282  ABC transporter, permease protein, putative  26.18 
 
 
418 aa  53.9  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0229478 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3700  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  27.21 
 
 
417 aa  53.5  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.8164 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2626  protein of unknown function DUF214  25.13 
 
 
467 aa  53.5  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1280  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23.6 
 
 
434 aa  52.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0107812  normal  0.317103 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1566  ABC lipoprotein efflux pump, inner membrane subunit  27.21 
 
 
417 aa  52.8  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.764315  normal  0.414868 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2196  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25.65 
 
 
426 aa  53.1  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00714902  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3275  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  26.09 
 
 
422 aa  53.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.314483  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2428  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.36 
 
 
426 aa  52  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.507047  normal  0.0670699 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2567  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  26.53 
 
 
417 aa  52  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.178921  normal  0.0571791 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5401  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25.85 
 
 
423 aa  52  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.117898  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2109  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC  28.57 
 
 
416 aa  52  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1553  hypothetical protein  31.3 
 
 
386 aa  52  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2233  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  31.39 
 
 
409 aa  51.6  0.00004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1734  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  30.14 
 
 
416 aa  52  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00172788  normal  0.754695 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1695  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  22.54 
 
 
416 aa  52  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0851802 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2154  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  22.54 
 
 
416 aa  51.6  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0219351 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1811  addiction module toxin, Txe/YoeB  30.7 
 
 
412 aa  51.6  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.556262  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2201  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family protein  30.34 
 
 
413 aa  51.6  0.00005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.177002 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4227  hypothetical protein  35.76 
 
 
408 aa  51.6  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405326  normal  0.650749 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2876  ABC transporter, permease protein, putative  30.77 
 
 
407 aa  51.2  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0331107  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1864  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25.22 
 
 
426 aa  51.2  0.00006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.172929  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2864  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25 
 
 
422 aa  51.2  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.998701  normal  0.300269 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3588  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  26.98 
 
 
416 aa  51.2  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.488659 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1210  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  27.7 
 
 
418 aa  51.2  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0545  protein of unknown function DUF214  31.39 
 
 
386 aa  51.2  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0224  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  27.04 
 
 
415 aa  51.2  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3520  protein of unknown function DUF214  29.08 
 
 
416 aa  50.8  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0642417  normal  0.207368 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1318  protein of unknown function DUF214  22.57 
 
 
427 aa  51.2  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1671  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  26.98 
 
 
416 aa  50.8  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.966628  normal  0.962664 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1904  hypothetical protein  28.57 
 
 
416 aa  50.8  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.745747  hitchhiker  0.00175073 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1340  ABC transporter, permease protein  30.83 
 
 
386 aa  50.4  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1664  ABC transporter, permease protein, putative  24.51 
 
 
424 aa  50.4  0.0001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.45663 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1446  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25.85 
 
 
417 aa  50.1  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2627  hypothetical protein  30.77 
 
 
407 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.124636  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2598  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.58 
 
 
426 aa  50.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.258492  normal  0.437082 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1809  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolE  26.92 
 
 
414 aa  50.4  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1814  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  29.45 
 
 
416 aa  50.4  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.109352  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0269  protein of unknown function DUF214  22.45 
 
 
430 aa  50.4  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.36794 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2168  protein of unknown function DUF214  30.95 
 
 
386 aa  50.1  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3015  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25.83 
 
 
420 aa  50.4  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4530  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.62 
 
 
426 aa  50.4  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.947625  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3444  putative ABC transporter permease protein  27.97 
 
 
389 aa  49.3  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0182994  normal  0.122472 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3231  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  27.52 
 
 
422 aa  49.3  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.113164  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1440  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  27.27 
 
 
415 aa  50.1  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.141439  normal  0.211841 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5136  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  27.52 
 
 
422 aa  49.3  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.433144  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0067  hypothetical protein  26.71 
 
 
488 aa  49.7  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3421  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  26.67 
 
 
417 aa  49.7  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.176273  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1986  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  27.89 
 
 
418 aa  49.7  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.914701  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5146  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  27.52 
 
 
417 aa  49.3  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0790  putative ABC transporter permease protein  28.33 
 
 
371 aa  48.9  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.119405 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1942  protein of unknown function DUF214  25.56 
 
 
443 aa  49.3  0.0003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1740  ABC transporter membrane spanning protein  22.8 
 
 
435 aa  49.3  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.147499  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00597  lipoprotein releasing system transmembrane protein  31.69 
 
 
416 aa  48.9  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.429172  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4462  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.48 
 
 
447 aa  49.3  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal  0.365763 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1827  permease  26.32 
 
 
805 aa  48.9  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.360396  normal  0.426274 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3221  protein of unknown function DUF214  34.43 
 
 
395 aa  48.5  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.612368  normal  0.761835 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0200  protein of unknown function DUF214  26.4 
 
 
400 aa  48.5  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4156  ABC transporter, inner membrane subunit  23.68 
 
 
420 aa  48.5  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0137  putative permease  25.55 
 
 
407 aa  48.5  0.0004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1005  hypothetical protein  28.8 
 
 
827 aa  48.5  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.870248 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4309  protein of unknown function DUF214  23.68 
 
 
420 aa  48.5  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.965223  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1822  hypothetical protein  28.8 
 
 
408 aa  48.5  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.368625  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0541  hypothetical protein  28.43 
 
 
421 aa  48.5  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1541  hypothetical protein  26.61 
 
 
415 aa  48.5  0.0004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0147258 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1714  hypothetical protein  25.2 
 
 
395 aa  48.5  0.0004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0633161 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2040  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  32.31 
 
 
436 aa  48.5  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489126  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0348  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  29.58 
 
 
413 aa  48.1  0.0005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>