More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3996 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3996  phosphatidate cytidylyltransferase  100 
 
 
284 aa  533  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.428683  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2150  phosphatidate cytidylyltransferase  43.8 
 
 
273 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2708  phosphatidate cytidylyltransferase  44.81 
 
 
273 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1365  phosphatidate cytidylyltransferase  44.81 
 
 
273 aa  195  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.0127657 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1496  phosphatidate cytidylyltransferase  42.29 
 
 
263 aa  146  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.28827  normal  0.939207 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1411  phosphatidate cytidylyltransferase  37.6 
 
 
265 aa  142  5e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.212063 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2456  phosphatidate cytidylyltransferase  38.99 
 
 
283 aa  132  9e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000404138 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1699  phosphatidate cytidylyltransferase  48.21 
 
 
280 aa  109  5e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0556824  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0368  phosphatidate cytidylyltransferase  37.21 
 
 
294 aa  109  7.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.085033  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0980  CDP-diglyceride synthetase  44.27 
 
 
265 aa  107  2e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0459166  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3263  phosphatidate cytidylyltransferase  50 
 
 
282 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1915  phosphatidate cytidylyltransferase  36.84 
 
 
264 aa  105  7e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.151014  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3834  phosphatidate cytidylyltransferase  45.24 
 
 
300 aa  105  7e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00786591 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1955  phosphatidate cytidylyltransferase  47.29 
 
 
221 aa  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.388381  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2852  phosphatidate cytidylyltransferase  50 
 
 
282 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.14681  normal  0.466722 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2441  phosphatidate cytidylyltransferase  41.33 
 
 
282 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.240167  normal  0.118746 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1146  Phosphatidate cytidylyltransferase  34 
 
 
264 aa  102  5e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00301357  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0691  phosphatidate cytidylyltransferase  37.75 
 
 
261 aa  102  6e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000558794  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1591  phosphatidate cytidylyltransferase  46.1 
 
 
268 aa  102  9e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0298  phosphatidate cytidylyltransferase  43.26 
 
 
296 aa  101  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0486907 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1535  phosphatidate cytidylyltransferase  49.19 
 
 
294 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2519  phosphatidate cytidylyltransferase  32.82 
 
 
280 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1136  phosphatidate cytidylyltransferase  44.2 
 
 
277 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2823  phosphatidate cytidylyltransferase  53 
 
 
282 aa  99.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.509616 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2917  phosphatidate cytidylyltransferase  50 
 
 
268 aa  98.6  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0814  phosphatidate cytidylyltransferase  31.44 
 
 
259 aa  98.6  1e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000421661  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4434  phosphatidate cytidylyltransferase  47.93 
 
 
270 aa  97.8  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000775882 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0465  phosphatidate cytidylyltransferase  47.58 
 
 
268 aa  97.8  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3445  phosphatidate cytidylyltransferase  42.47 
 
 
285 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.182672  normal  0.481873 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1781  phosphatidate cytidylyltransferase  34.48 
 
 
276 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.743634 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0340  phosphatidate cytidylyltransferase  33.77 
 
 
342 aa  96.3  5e-19  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.221138  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0806  CDP-diglyceride synthetase  39.04 
 
 
263 aa  96.3  5e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000346941  hitchhiker  0.0000000545456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1588  phosphatidate cytidylyltransferase  33.72 
 
 
276 aa  95.9  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.540803  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0691  phosphatidate cytidylyltransferase  47.71 
 
 
271 aa  95.1  1e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.0000000011055  unclonable  2.72637e-19 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2993  phosphatidate cytidylyltransferase  38.17 
 
 
277 aa  94.7  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2474  phosphatidate cytidylyltransferase  27.31 
 
 
263 aa  95.1  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000621151  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1347  phosphatidate cytidylyltransferase  35.95 
 
 
260 aa  94  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00448682  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1321  phosphatidate cytidylyltransferase  35.95 
 
 
260 aa  94  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3645  phosphatidate cytidylyltransferase  34.9 
 
 
263 aa  94  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.177516  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0269  putative phosphatidate cytidylyltransferase  40.16 
 
 
211 aa  93.2  4e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0871132  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0686  CDP-diglyceride synthetase  34.46 
 
 
264 aa  93.2  4e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.047403  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1114  phosphatidate cytidylyltransferase  33.47 
 
 
278 aa  92.8  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0587  phosphatidate cytidylyltransferase  40.71 
 
 
272 aa  92.8  5e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.254571  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2084  phosphatidate cytidylyltransferase  39.64 
 
 
286 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  0.236711 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0354  phosphatidate cytidylyltransferase  38.1 
 
 
267 aa  92.4  7e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1157  phosphatidate cytidylyltransferase  44.6 
 
 
270 aa  92.4  7e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558759  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0828  phosphatidate cytidylyltransferase  35.29 
 
 
260 aa  92.4  8e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00232392  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2358  phosphatidate cytidylyltransferase  39.64 
 
 
286 aa  92.4  8e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.213318 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0245  phosphatidate cytidylyltransferase (CDP-diglyceride synthase)  29.46 
 
 
264 aa  92.4  8e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0530  phosphatidate cytidylyltransferase  43.7 
 
 
279 aa  92  9e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2381  phosphatidate cytidylyltransferase  38.33 
 
 
264 aa  91.3  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4512  phosphatidate cytidylyltransferase  47.71 
 
 
289 aa  91.3  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal  0.71378 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0634  phosphatidate cytidylyltransferase  47.58 
 
 
281 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.119323  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0358  phosphatidate cytidylyltransferase (CDP-diglyceride synthetase)  43.93 
 
 
282 aa  91.7  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0757  phosphatidate cytidylyl transferase  38.58 
 
 
216 aa  91.3  2e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1106  phosphatidate cytidylyltransferase  31.2 
 
 
268 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.500299  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf733  phosphatidate cytidylyltransferase  33.7 
 
 
311 aa  90.9  2e-17  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2114  phosphatidate cytidylyltransferase  47.22 
 
 
268 aa  90.5  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_316  phosphatidate cytidylyltransferase  38.1 
 
 
267 aa  90.9  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0360  phosphatidate cytidylyltransferase  45.79 
 
 
281 aa  91.3  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.73669  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1946  phosphatidate cytidylyltransferase  34.25 
 
 
266 aa  90.5  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1346  phosphatidate cytidylyltransferase  43.48 
 
 
241 aa  90.1  4e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.584231  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1039  phosphatidate cytidylyltransferase  48.08 
 
 
262 aa  90.1  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00281126  unclonable  0.0000000116593 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2014  phosphatidate cytidylyltransferase  41.18 
 
 
280 aa  90.1  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.132755  hitchhiker  0.00415273 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl286  CDP-diglyceride synthetase  34.42 
 
 
351 aa  89.7  5e-17  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000989718  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23590  CDP-diglyceride synthetase  41.67 
 
 
280 aa  89.7  5e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0168367 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1579  phosphatidate cytidylyltransferase  33.77 
 
 
262 aa  89.7  5e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.118655  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0372  phosphatidate cytidylyltransferase  30.65 
 
 
267 aa  89.4  6e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1536  phosphatidate cytidylyltransferase  42.06 
 
 
241 aa  89  8e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.575461  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0122  phosphatidate cytidylyltransferase  37.5 
 
 
253 aa  89  9e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.725689  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1125  phosphatidate cytidylyltransferase  41.59 
 
 
269 aa  88.6  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2044  phosphatidate cytidylyltransferase  44.92 
 
 
286 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.127944 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0395  phosphatidate cytidylyltransferase  43.18 
 
 
277 aa  88.2  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0393623  normal  0.704946 
 
 
-
 
NC_002978  WD0526  phosphatidate cytidylyltransferase  35.48 
 
 
208 aa  87.8  2e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3930  phosphatidate cytidylyltransferase  40.34 
 
 
282 aa  87.4  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.567007  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1374  phosphatidate cytidylyltransferase  38.01 
 
 
248 aa  87.4  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.19741  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10900  CDP-diglyceride synthetase  36.69 
 
 
303 aa  88.2  2e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.176404  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1440  phosphatidate cytidylyltransferase  40.67 
 
 
273 aa  87.4  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000100946 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1386  phosphatidate cytidylyltransferase  46.04 
 
 
285 aa  87  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.596435  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1198  phosphatidate cytidylyltransferase  37.98 
 
 
260 aa  87  3e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.126624  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1845  phosphatidate cytidylyltransferase  43.27 
 
 
242 aa  87  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.153368  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0517  phosphatidate cytidylyltransferase  38.66 
 
 
272 aa  86.7  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1854  phosphatidate cytidylyltransferase  44.27 
 
 
280 aa  86.3  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0937  normal  0.0629717 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0362  phosphatidate cytidylyltransferase  43.93 
 
 
284 aa  86.3  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2556  phosphatidate cytidylyltransferase  40.52 
 
 
229 aa  85.9  6e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3934  phosphatidate cytidylyltransferase  42.24 
 
 
280 aa  86.3  6e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0363  phosphatidate cytidylyltransferase  41.27 
 
 
241 aa  86.3  6e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0391  phosphatidate cytidylyltransferase  46.73 
 
 
273 aa  85.5  9e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1536  phosphatidate cytidylyltransferase  29.63 
 
 
242 aa  85.1  0.000000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2034  phosphatidate cytidylyltransferase  41.73 
 
 
270 aa  85.5  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5324  phosphatidate cytidylyltransferase  38.18 
 
 
273 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0966585  normal  0.436888 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0630  Phosphatidate cytidylyltransferase  38.86 
 
 
475 aa  85.1  0.000000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.529859  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0942  putative phosphatidate cytidylyltransferase  37.93 
 
 
205 aa  85.1  0.000000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0168079  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2592  phosphatidate cytidylyltransferase  41.32 
 
 
274 aa  84.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.1112  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0595  phosphatidate cytidylyltransferase  38.68 
 
 
258 aa  85.5  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.94345  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1949  phosphatidate cytidylyltransferase  36.07 
 
 
267 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1667  phosphatidate cytidylyltransferase  39.02 
 
 
264 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.114415  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2034  phosphatidate cytidylyltransferase  37.43 
 
 
273 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3159  Phosphatidate cytidylyltransferase  31.02 
 
 
285 aa  84.7  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0555993  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2014  phosphatidate cytidylyltransferase  37.43 
 
 
273 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>