66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3153 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3153  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 135 aa  278  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3707  cupin 2, barrel  56.06 
 
 		 138 aa  157  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.52835  normal  0.602346 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1228  Cupin 2 conserved barrel domain protein  58.93 
 
 		 135 aa  140  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.066401  normal  0.685252 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2309  hypothetical protein  47.41 
 
 		 139 aa  140  8e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.5332  hitchhiker  0.00622303 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1709  cupin 2, barrel  40.4 
 
 		 163 aa  72  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.448021 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5299  hypothetical protein  34.48 
 
 		 166 aa  70.9  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.148055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3189  cupin 2, barrel  34.48 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00000805068  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1181  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.22 
 
 		 192 aa  67  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.229288 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2141  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.61 
 
 		 159 aa  64.7  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6233  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.55 
 
 		 163 aa  64.3  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398434  normal  0.379299 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0144  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 165 aa  62.8  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0617  cupin 2 domain-containing protein  31.25 
 
 		 165 aa  62  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.546436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0604  cupin 2, barrel  31.25 
 
 		 165 aa  62  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.398371  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0760  cupin 2 domain-containing protein  32.29 
 
 		 178 aa  61.6  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.26011  normal  0.519438 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0595  cupin 2 domain-containing protein  31.25 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0565  hypothetical protein  33.02 
 
 		 155 aa  59.7  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.916683  normal  0.52627 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2790  cupin 2 domain-containing protein  33.93 
 
 		 153 aa  57.8  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2964  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.04 
 
 		 160 aa  57  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.75352  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2609  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.64 
 
 		 160 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5660  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.5 
 
 		 170 aa  53.5  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.215719 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7008  hypothetical protein  33.33 
 
 		 163 aa  53.5  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0126624  hitchhiker  0.000933462 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4108  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.78 
 
 		 165 aa  52.4  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1714  cupin 2 domain-containing protein  34.69 
 
 		 150 aa  52.4  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259313 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3791  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 159 aa  52  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.302037  normal  0.0222415 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0692  cupin 2 domain-containing protein  32.98 
 
 		 163 aa  50.8  0.000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0483  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.27 
 
 		 172 aa  50.8  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.319109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6634  cupin 2 domain-containing protein  28.85 
 
 		 189 aa  49.3  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.718615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3405  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 156 aa  48.9  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4406  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.45 
 
 		 169 aa  47.8  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0295153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1923  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.59 
 
 		 145 aa  47.4  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0356258  normal  0.456316 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4882  hypothetical protein  29.23 
 
 		 145 aa  47.4  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.192272  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0747  cupin-like protein  30.69 
 
 		 169 aa  47  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.179804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3191  cupin 2, barrel  28.95 
 
 		 179 aa  47  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000053457  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1864  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.88 
 
 		 144 aa  46.6  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5545  cupin 2 domain-containing protein  33 
 
 		 141 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0105  Cupin 2 conserved barrel domain protein  24.07 
 
 		 204 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.27 
 
 		 166 aa  45.8  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.760355  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0102  Cupin 2 conserved barrel domain protein  24.07 
 
 		 204 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.66506 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2213  cupin 2 domain-containing protein  33.67 
 
 		 125 aa  45.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.971914  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2863  cupin 2, barrel  36.11 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5084  cupin superfamily protein  40.3 
 
 		 147 aa  46.2  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0259637  normal  0.536671 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3501  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.88 
 
 		 184 aa  44.7  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4239  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.19 
 
 		 163 aa  44.3  0.0006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.637233  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0801  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.98 
 
 		 145 aa  43.9  0.0007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0602591  normal  0.755419 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0223  cupin 2 domain-containing protein  32.58 
 
 		 114 aa  43.9  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1878  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  32.69 
 
 		 158 aa  43.9  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0087666  normal  0.0137906 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3556  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.78 
 
 		 169 aa  43.5  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2878  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  31.03 
 
 		 161 aa  42.7  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.505096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2969  cupin 2  28.7 
 
 		 171 aa  43.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0378  cupin region  37.29 
 
 		 153 aa  42.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.930622  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0633  cupin 2 domain-containing protein  34.38 
 
 		 158 aa  42.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.643791  normal  0.229137 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3067  cupin 2 domain-containing protein  28.68 
 
 		 145 aa  42  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2403  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40 
 
 		 332 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5786  cupin 2 conserved barrel domain protein  30.69 
 
 		 135 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.242076  normal  0.0379764 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0109  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.69 
 
 		 377 aa  41.2  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.146013 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2352  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.05 
 
 		 113 aa  41.2  0.005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1444  cupin 2 domain-containing protein  37.18 
 
 		 132 aa  41.2  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1202  cupin 2, barrel  30.95 
 
 		 120 aa  41.2  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3620  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.71 
 
 		 159 aa  40.8  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.517442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4525  cupin 2 domain-containing protein  38.98 
 
 		 147 aa  40.4  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3249  cupin 2 domain-containing protein  26 
 
 		 166 aa  40.8  0.007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6348  cupin 2 domain-containing protein  31.52 
 
 		 163 aa  40.8  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1358  cupin 2 domain-containing protein  27.37 
 
 		 119 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.660301  normal  0.0940885 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5435  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.21 
 
 		 149 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.657648 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.79 
 
 		 181 aa  40.4  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.331871 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3146  cupin 2 domain-containing protein  28.72 
 
 		 134 aa  40.4  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>