77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1444 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1444  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 132 aa  267  2.9999999999999997e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0652  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.08 
 
 		 112 aa  106  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4126  cupin 2 domain-containing protein  44.14 
 
 		 119 aa  105  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00345  cupin domain protein  41.28 
 
 		 121 aa  99  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00219915  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3023  cupin 2, barrel  42.16 
 
 		 113 aa  92  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2662  cupin 2 domain-containing protein  37.96 
 
 		 119 aa  85.5  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1904  cupin region  38.75 
 
 		 120 aa  60.1  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1181  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.24 
 
 		 192 aa  53.5  0.0000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.229288 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.67 
 
 		 126 aa  52.4  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.539282  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2327  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 150 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000139899 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4399  polyketide synthesis domain protein  27.17 
 
 		 116 aa  51.2  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4402  polyketide synthesis domain-containing protein  27.17 
 
 		 116 aa  51.2  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.155389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4287  polyketide synthesis domain protein  27.17 
 
 		 116 aa  51.2  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.640485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4317  polyketide synthesis domain protein  26.09 
 
 		 116 aa  50.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4469  polyketide synthesis domain-containing protein  26.09 
 
 		 116 aa  50.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2790  cupin 2 domain-containing protein  36.23 
 
 		 153 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1009  cupin family protein  28 
 
 		 119 aa  48.9  0.00003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0144  cupin 2 domain-containing protein  35.62 
 
 		 165 aa  47.8  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1709  cupin 2, barrel  36.05 
 
 		 163 aa  48.1  0.00004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.448021 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3746  cupin 2 domain-containing protein  34.78 
 
 		 124 aa  47.4  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0760  cupin 2 domain-containing protein  33.75 
 
 		 178 aa  47.8  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.26011  normal  0.519438 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8561  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.26 
 
 		 140 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853837  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3638  cupin 2 domain-containing protein  34.29 
 
 		 152 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.588869  normal  0.0557412 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1270  hypothetical protein  34.72 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2409  cupin family protein  33.33 
 
 		 114 aa  47  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116838  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3712  cupin region  31.48 
 
 		 172 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.963003  normal  0.584711 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1207  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.88 
 
 		 152 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.830198  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2969  cupin 2  32.93 
 
 		 171 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1827  hypothetical protein  32 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0595  cupin 2 domain-containing protein  34.25 
 
 		 165 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2775  cupin 2 domain-containing protein  25 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.108544  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2770  cupin domain-containing protein  25 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3020  polyketide synthesis domain protein  25 
 
 		 120 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2982  polyketide synthesis domain protein  25 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2260  polyketide synthesis domain protein  25 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0666056 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2978  polyketide synthesis domain protein  25 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000628046 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4108  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.88 
 
 		 165 aa  45.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3018  cupin domain-containing protein  25 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.117139  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1579  TonB box-like  29.49 
 
 		 151 aa  45.4  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0694121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2981  cupin domain-containing protein  25 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2719  hypothetical protein  25 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2161  cupin 2 domain-containing protein  32.32 
 
 		 152 aa  44.7  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0191913  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4149  hypothetical protein  37.14 
 
 		 150 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26535  decreased coverage  0.0023385 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3140  conserved hypothetical phosphomannose protein  30.67 
 
 		 137 aa  45.1  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0604  cupin 2, barrel  32.5 
 
 		 165 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.398371  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0617  cupin 2 domain-containing protein  32.5 
 
 		 165 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.546436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1358  cupin 2 domain-containing protein  29.49 
 
 		 119 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.660301  normal  0.0940885 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2699  hypothetical protein  23.96 
 
 		 120 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.615203  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4882  hypothetical protein  29.49 
 
 		 145 aa  44.3  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.192272  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1923  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.79 
 
 		 145 aa  43.9  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0356258  normal  0.456316 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1714  cupin 2 domain-containing protein  32.26 
 
 		 150 aa  43.9  0.0008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259313 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3189  cupin 2, barrel  33.01 
 
 		 190 aa  43.9  0.0008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00000805068  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3880  cupin 2, barrel  29.7 
 
 		 163 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.434972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2502  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.26 
 
 		 159 aa  42.7  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.529336 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1882  auxin-binding protein, putative  32.43 
 
 		 167 aa  43.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1371  cupin 2 domain-containing protein  28 
 
 		 372 aa  42.4  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.898845 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3405  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.18 
 
 		 156 aa  42.7  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7008  hypothetical protein  32.14 
 
 		 163 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0126624  hitchhiker  0.000933462 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1117  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.82 
 
 		 159 aa  42.4  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.136519  normal  0.299442 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0440  cupin 2, barrel  25.64 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.351298  normal  0.537185 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1488  cupin 2 domain-containing protein  31.34 
 
 		 115 aa  42.4  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00804045  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0134  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.33 
 
 		 118 aa  42  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2908  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.26 
 
 		 159 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1532  cupin 2 domain-containing protein  32.84 
 
 		 115 aa  42  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2213  cupin 2 domain-containing protein  28.74 
 
 		 125 aa  41.6  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.971914  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1023  cupin 2 domain-containing protein  28 
 
 		 120 aa  41.2  0.004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3153  cupin 2 domain-containing protein  37.18 
 
 		 135 aa  41.2  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0884  cupin 2, barrel  32.26 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5098  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.5 
 
 		 124 aa  40.8  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2072  auxin-binding protein, putative  31.08 
 
 		 167 aa  40.8  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0382674  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2173  mannose-1-phosphate guanylyltransferase  27.84 
 
 		 471 aa  40.4  0.007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0774935  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1044  methionine--tRNA ligase  36.11 
 
 		 671 aa  40.8  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.120671 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1368  hypothetical protein  37.25 
 
 		 116 aa  40.8  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.505892  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1069  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.23 
 
 		 117 aa  40.4  0.008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.486556 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3950  cupin 2 domain-containing protein  32.56 
 
 		 138 aa  40  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.319807 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1607  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.93 
 
 		 158 aa  40.4  0.009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.978873  normal  0.178437 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3067  cupin 2 domain-containing protein  29.17 
 
 		 145 aa  40  0.01  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>