More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2829 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01432  formate dehydrogenase-N, alpha subunit, nitrate-inducible  58.4 
 
 		 1015 aa  1027    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03779  formate dehydrogenase-O, major subunit  60.76 
 
 		 1016 aa  1065    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2173  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.19 
 
 		 803 aa  1010    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.309024  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4090  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.76 
 
 		 1016 aa  1066    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0038  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.2 
 
 		 803 aa  1043    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3894  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.08 
 
 		 1028 aa  1027    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0777  formate dehydrogenase, major subunit, selenocysteine-containing  45.3 
 
 		 1010 aa  713    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1210  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.13 
 
 		 1066 aa  1008    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0099  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  52.38 
 
 		 1004 aa  908    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1655  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  58.31 
 
 		 803 aa  1011    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0101  selenium-containing formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit  53.31 
 
 		 1004 aa  915    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6560  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.89 
 
 		 809 aa  1023    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22445  normal  0.0150185 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2638  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.34 
 
 		 1059 aa  676    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.409853 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1557  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  58.28 
 
 		 1015 aa  1024    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.468579  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1818  formate dehydrogenase alpha subunit  61.4 
 
 		 820 aa  1077    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.266188 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3879  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.31 
 
 		 810 aa  1036    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.319379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3770  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  60.39 
 
 		 1015 aa  1061    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3374  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.56 
 
 		 1061 aa  658    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0730  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.12 
 
 		 822 aa  1060    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2698  formate dehydrogenase alpha subunit  59.05 
 
 		 820 aa  1017    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0271863 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2100  formate dehydrogenase alpha subunit  59.76 
 
 		 822 aa  1050    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1059  formate dehydrogenase alpha subunit  43.96 
 
 		 1010 aa  692    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.080154 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0717  formate dehydrogenase, alpha subunit, anaerobic  43 
 
 		 798 aa  643    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3513  formate dehydrogenase alpha subunit  42.89 
 
 		 808 aa  638    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0105  formate dehydrogenase, alpha subunit  52.22 
 
 		 794 aa  890    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4518  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.08 
 
 		 810 aa  1018    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.101955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0707  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  60.85 
 
 		 1023 aa  1078    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1427  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.48 
 
 		 1016 aa  999    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.50627  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2519  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.28 
 
 		 1016 aa  999    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3754  formate dehydrogenase alpha subunit  59.2 
 
 		 828 aa  1031    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2054  formate dehydrogenase alpha subunit  57.69 
 
 		 803 aa  989    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1092  formate dehydrogenase, alpha subunit  65.43 
 
 		 811 aa  1140    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.525887 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3810  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.2 
 
 		 1028 aa  1028    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2008  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.49 
 
 		 824 aa  1050    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.715291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1286  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.49 
 
 		 1015 aa  1013    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2183  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.53 
 
 		 1015 aa  1030    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.668487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4123  molybdopterin oxidoreductase alpha subunit  60.76 
 
 		 1016 aa  1065    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0643  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.39 
 
 		 1012 aa  681    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0165738 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2553  formate dehydrogenase alpha subunit  59.22 
 
 		 821 aa  1038    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0544  formate dehydrogenase, alpha subunit  61.73 
 
 		 809 aa  1049    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0932731 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3045  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.74 
 
 		 1015 aa  1015    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0226  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.44 
 
 		 1005 aa  658    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.174026  normal  0.0776388 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1955  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.97 
 
 		 1009 aa  691    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0532  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.74 
 
 		 809 aa  1032    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.170319  normal  0.968416 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0084  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.96 
 
 		 803 aa  1028    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4382  formate dehydrogenase, alpha subunit, anaerobic  60.24 
 
 		 822 aa  1055    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1335  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.74 
 
 		 1015 aa  1006    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0283  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.52 
 
 		 803 aa  638    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.105016  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0102  formate dehydrogenase alpha subunit  53.16 
 
 		 794 aa  895    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2396  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  60.12 
 
 		 822 aa  1060    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0104  formate dehydrogenase, alpha subunit  52.5 
 
 		 1004 aa  909    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0662  formate dehydrogenase, alpha subunit  73.79 
 
 		 812 aa  1290    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.457174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0097  formate dehydrogenase alpha subunit  53.04 
 
 		 794 aa  894    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2863  formate dehydrogenase, alpha subunit  77.14 
 
 		 824 aa  1353    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.202456  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2267  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.97 
 
 		 802 aa  677    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2533  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.08 
 
 		 1010 aa  642    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5531  formate dehydrogenase subunit alpha  62.18 
 
 		 825 aa  1063    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0523  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.93 
 
 		 821 aa  1048    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3325  formate dehydrogenase, alpha subunit  63.81 
 
 		 1023 aa  1129    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.723924 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4122  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  60.76 
 
 		 1016 aa  1065    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0799  formate dehydrogenase  42.23 
 
 		 851 aa  647    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03810  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.16 
 
 		 1018 aa  1017    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2662  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.62 
 
 		 1015 aa  1005    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.613089  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1217  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.94 
 
 		 1008 aa  644    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0663541 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3377  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.27 
 
 		 822 aa  1049    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.365346  normal  0.791414 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63605  formate dehydrogenase-O, major subunit  62.18 
 
 		 1026 aa  1066    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3984  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.24 
 
 		 822 aa  1055    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0438  formate dehydrogenase, alpha subunit  52.47 
 
 		 796 aa  887    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4280  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  60.76 
 
 		 1016 aa  1065    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2259  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  60.12 
 
 		 1023 aa  1065    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181302  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3544  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.05 
 
 		 810 aa  1040    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0036  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.16 
 
 		 804 aa  663    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0129417  normal  0.222699 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1274  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.17 
 
 		 816 aa  673    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3261  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.26 
 
 		 1022 aa  1025    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4597  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.67 
 
 		 810 aa  1052    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654701  normal  0.94372 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3510  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.93 
 
 		 1015 aa  669    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.722583  normal  0.530799 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2089  formate dehydrogenase alpha subunit  54.65 
 
 		 1005 aa  922    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000081067 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1575  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.33 
 
 		 842 aa  664    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3388  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.76 
 
 		 1010 aa  684    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1750  formate dehydrogenase alpha subunit  57.42 
 
 		 1016 aa  999    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182445 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2829  formate dehydrogenase, alpha subunit  100 
 
 		 820 aa  1710    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.500302  normal  0.743867 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4085  formate dehydrogenase alpha subunit  60.07 
 
 		 804 aa  1037    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3490  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.48 
 
 		 808 aa  996    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.657613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1580  formate dehydrogenase  42.93 
 
 		 808 aa  664    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4119  aerobic formate dehydrogenase subunit alpha  60.39 
 
 		 1015 aa  1061    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1570  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.34 
 
 		 1014 aa  648    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1700  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  58.28 
 
 		 1015 aa  1024    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.3444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0971  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.1 
 
 		 1011 aa  634  1e-180  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.893461  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2591  Formate dehydrogenase  40.82 
 
 		 780 aa  634  1e-180  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0813  formate dehydrogenase alpha subunit  42.14 
 
 		 1014 aa  629  1e-179  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0761  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.48 
 
 		 1003 aa  630  1e-179  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.109779  normal  0.059567 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2365  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.28 
 
 		 1005 aa  630  1e-179  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.1698 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0501  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.05 
 
 		 1012 aa  625  1e-178  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.662776 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0555  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.12 
 
 		 1012 aa  598  1e-170  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0646  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.52 
 
 		 1013 aa  597  1e-169  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166325 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1334  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.16 
 
 		 840 aa  598  1e-169  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1114  formate dehydrogenase  39.35 
 
 		 811 aa  594  1e-168  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0860  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.91 
 
 		 1039 aa  588  1e-166  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1899  formate dehydrogenase alpha subunit  57.32 
 
 		 478 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.275577  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0612  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.22 
 
 		 1118 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>