More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0101 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01432  formate dehydrogenase-N, alpha subunit, nitrate-inducible  63.12 
 
 		 1015 aa  1349    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03779  formate dehydrogenase-O, major subunit  60.26 
 
 		 1016 aa  1312    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2173  formate dehydrogenase, alpha subunit  61.69 
 
 		 803 aa  1037    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.309024  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1427  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.37 
 
 		 1016 aa  1297    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.50627  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4090  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.26 
 
 		 1016 aa  1313    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3894  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.71 
 
 		 1028 aa  1230    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0187  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.17 
 
 		 993 aa  660    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.125328  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0777  formate dehydrogenase, major subunit, selenocysteine-containing  44.79 
 
 		 1010 aa  833    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1210  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.93 
 
 		 1066 aa  1230    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2054  formate dehydrogenase alpha subunit  60.82 
 
 		 803 aa  1019    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3261  formate dehydrogenase, alpha subunit  53.93 
 
 		 1022 aa  1154    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0101  selenium-containing formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit  100 
 
 		 1004 aa  2102    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0532  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.81 
 
 		 809 aa  942    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.170319  normal  0.968416 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4119  aerobic formate dehydrogenase subunit alpha  61.5 
 
 		 1015 aa  1336    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1955  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.72 
 
 		 1009 aa  829    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1818  formate dehydrogenase alpha subunit  54.09 
 
 		 820 aa  939    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.266188 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2591  Formate dehydrogenase  43.18 
 
 		 780 aa  650    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0038  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.02 
 
 		 803 aa  1031    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0438  formate dehydrogenase, alpha subunit  73.3 
 
 		 796 aa  1273    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0730  formate dehydrogenase, alpha subunit  53.77 
 
 		 822 aa  947    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3770  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  61.5 
 
 		 1015 aa  1336    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4280  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  60.26 
 
 		 1016 aa  1312    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2698  formate dehydrogenase alpha subunit  55.43 
 
 		 820 aa  950    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0271863 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2100  formate dehydrogenase alpha subunit  53.16 
 
 		 822 aa  934    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1092  formate dehydrogenase, alpha subunit  52.24 
 
 		 811 aa  904    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.525887 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1059  formate dehydrogenase alpha subunit  44.11 
 
 		 1010 aa  833    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.080154 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0717  formate dehydrogenase, alpha subunit, anaerobic  45.04 
 
 		 798 aa  664    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0813  formate dehydrogenase alpha subunit  42.61 
 
 		 1014 aa  773    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3513  formate dehydrogenase alpha subunit  43.38 
 
 		 808 aa  640    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3879  formate dehydrogenase, alpha subunit  53.21 
 
 		 810 aa  922    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.319379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2396  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  53.77 
 
 		 822 aa  947    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6560  formate dehydrogenase, alpha subunit  54.14 
 
 		 809 aa  926    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22445  normal  0.0150185 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0707  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  54.51 
 
 		 1023 aa  1187    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03810  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.11 
 
 		 1018 aa  1269    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2662  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.02 
 
 		 1015 aa  1302    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.613089  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4123  molybdopterin oxidoreductase alpha subunit  60.26 
 
 		 1016 aa  1312    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3754  formate dehydrogenase alpha subunit  56.26 
 
 		 828 aa  987    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2183  formate dehydrogenase, alpha subunit  63.31 
 
 		 1015 aa  1354    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.668487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0646  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.92 
 
 		 1013 aa  797    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166325 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5531  formate dehydrogenase subunit alpha  57.09 
 
 		 825 aa  965    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1789  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.85 
 
 		 1020 aa  700    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3374  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.5 
 
 		 1061 aa  816    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1750  formate dehydrogenase alpha subunit  58.82 
 
 		 1016 aa  1276    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182445 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2553  formate dehydrogenase alpha subunit  54.2 
 
 		 821 aa  938    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1700  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  63.12 
 
 		 1015 aa  1347    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.3444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0084  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.28 
 
 		 803 aa  1020    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4597  formate dehydrogenase, alpha subunit  53.33 
 
 		 810 aa  919    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654701  normal  0.94372 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2008  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.8 
 
 		 824 aa  982    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.715291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1286  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.92 
 
 		 1015 aa  1310    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1335  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.62 
 
 		 1015 aa  1290    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2519  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.38 
 
 		 1016 aa  1281    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4382  formate dehydrogenase, alpha subunit, anaerobic  53.65 
 
 		 822 aa  942    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2638  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.95 
 
 		 1059 aa  809    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.409853 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0876  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.78 
 
 		 1096 aa  648    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0971  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.58 
 
 		 1011 aa  810    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.893461  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1575  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.42 
 
 		 842 aa  660    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3325  formate dehydrogenase, alpha subunit  54.33 
 
 		 1023 aa  1147    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.723924 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0102  formate dehydrogenase alpha subunit  98.49 
 
 		 794 aa  1645    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4271  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.06 
 
 		 1016 aa  718    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.12828  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2267  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.7 
 
 		 802 aa  687    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0104  formate dehydrogenase, alpha subunit  78.66 
 
 		 1004 aa  1697    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0643  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.32 
 
 		 1012 aa  886    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0165738 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0097  formate dehydrogenase alpha subunit  98.61 
 
 		 794 aa  1647    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0662  formate dehydrogenase, alpha subunit  53.03 
 
 		 812 aa  903    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.457174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1655  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  61.57 
 
 		 803 aa  1035    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1334  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.72 
 
 		 840 aa  650    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0099  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  78.76 
 
 		 1004 aa  1697    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0523  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.8 
 
 		 821 aa  969    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4122  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  60.26 
 
 		 1016 aa  1312    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0799  formate dehydrogenase  42.64 
 
 		 851 aa  641    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11280  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.07 
 
 		 1058 aa  715    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.786 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3544  formate dehydrogenase, alpha subunit  53.33 
 
 		 810 aa  923    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3377  formate dehydrogenase, alpha subunit  53.53 
 
 		 822 aa  941    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.365346  normal  0.791414 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63605  formate dehydrogenase-O, major subunit  57.91 
 
 		 1026 aa  1223    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0544  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.56 
 
 		 809 aa  942    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0932731 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3984  formate dehydrogenase, alpha subunit  53.65 
 
 		 822 aa  942    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4518  formate dehydrogenase, alpha subunit  51.73 
 
 		 810 aa  896    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.101955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1868  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.75 
 
 		 1020 aa  698    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0165  formate dehydrogenase alpha subunit  39.57 
 
 		 993 aa  686    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.410725  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0036  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.95 
 
 		 804 aa  706    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0129417  normal  0.222699 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1274  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.2 
 
 		 816 aa  709    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3510  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.3 
 
 		 1015 aa  854    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.722583  normal  0.530799 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2089  formate dehydrogenase alpha subunit  70.59 
 
 		 1005 aa  1537    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000081067 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2259  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  54.51 
 
 		 1023 aa  1192    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181302  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1557  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  63.12 
 
 		 1015 aa  1347    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.468579  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0105  formate dehydrogenase, alpha subunit  76.54 
 
 		 794 aa  1315    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1217  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.11 
 
 		 1008 aa  825    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0663541 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2829  formate dehydrogenase, alpha subunit  53.31 
 
 		 820 aa  915    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.500302  normal  0.743867 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2533  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.37 
 
 		 1010 aa  814    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3490  formate dehydrogenase, alpha subunit  52.97 
 
 		 808 aa  900    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.657613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2863  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.18 
 
 		 824 aa  948    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.202456  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3388  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.91 
 
 		 1010 aa  830    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0872  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.83 
 
 		 1096 aa  653    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1580  formate dehydrogenase  43.47 
 
 		 808 aa  659    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0555  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.89 
 
 		 1012 aa  767    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0501  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.73 
 
 		 1012 aa  810    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.662776 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0761  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.85 
 
 		 1003 aa  794    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.109779  normal  0.059567 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2365  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.3 
 
 		 1005 aa  832    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.1698 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4085  formate dehydrogenase alpha subunit  59.08 
 
 		 804 aa  1017    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3810  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.71 
 
 		 1028 aa  1231    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>