More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2216 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
301 aa  614  1e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  84.56 
 
 
298 aa  517  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  83.56 
 
 
298 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  83.56 
 
 
298 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  78.98 
 
 
298 aa  486  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  81.02 
 
 
299 aa  484  1e-135  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  83.05 
 
 
298 aa  482  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  69.52 
 
 
300 aa  408  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  71.79 
 
 
340 aa  405  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  67.94 
 
 
299 aa  391  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  64.65 
 
 
302 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  69.04 
 
 
308 aa  394  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  66.22 
 
 
295 aa  391  1e-108  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  69.93 
 
 
303 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  66.55 
 
 
295 aa  388  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  65.99 
 
 
301 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  67.6 
 
 
299 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  67.6 
 
 
299 aa  390  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  64.31 
 
 
302 aa  388  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  67.94 
 
 
299 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  65.98 
 
 
300 aa  387  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  67.6 
 
 
299 aa  387  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  70.44 
 
 
299 aa  387  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  68.09 
 
 
303 aa  387  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  67.6 
 
 
299 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  67.25 
 
 
299 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  69.01 
 
 
299 aa  385  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  68.73 
 
 
303 aa  382  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  66.44 
 
 
300 aa  384  1e-105  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  65.77 
 
 
301 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  68.36 
 
 
303 aa  379  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  68.09 
 
 
296 aa  378  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  67.38 
 
 
296 aa  375  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  65.95 
 
 
296 aa  374  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  65.44 
 
 
295 aa  371  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  67.02 
 
 
297 aa  371  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  63.92 
 
 
299 aa  370  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  66.55 
 
 
297 aa  369  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  66.55 
 
 
297 aa  369  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  67.38 
 
 
297 aa  370  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  62.46 
 
 
303 aa  363  1e-99  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  59.25 
 
 
306 aa  340  2e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  44.82 
 
 
300 aa  273  3e-72  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  44.68 
 
 
297 aa  260  2e-68  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  44.6 
 
 
279 aa  236  3e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  40.54 
 
 
297 aa  235  9e-61  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  43.73 
 
 
284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.21 
 
 
298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  43.88 
 
 
286 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  45.72 
 
 
329 aa  231  9e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.73 
 
 
305 aa  231  1e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  43.6 
 
 
307 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  43.9 
 
 
281 aa  230  3e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.55 
 
 
290 aa  228  9e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.93 
 
 
280 aa  226  3e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  42.96 
 
 
282 aa  226  3e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.55 
 
 
307 aa  225  7e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.7 
 
 
280 aa  225  7e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  42.86 
 
 
307 aa  223  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.55 
 
 
307 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  43.62 
 
 
287 aa  222  4.9999999999999996e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  41.79 
 
 
285 aa  222  7e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  43.24 
 
 
341 aa  222  7e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.35 
 
 
326 aa  222  7e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.05 
 
 
313 aa  221  8e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.27 
 
 
285 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  41.07 
 
 
288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  46.18 
 
 
293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  44.41 
 
 
285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  41.72 
 
 
285 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.61 
 
 
292 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.97 
 
 
282 aa  219  3e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.46 
 
 
287 aa  219  3.9999999999999997e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  41.07 
 
 
288 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  46.18 
 
 
293 aa  219  5e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  41.03 
 
 
285 aa  218  7e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  41.52 
 
 
285 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  41.07 
 
 
291 aa  218  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  40.36 
 
 
283 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0906  RNA polymerase factor sigma-32  44.69 
 
 
292 aa  217  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.29 
 
 
289 aa  217  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0278  RNA polymerase factor sigma-32  39.57 
 
 
285 aa  216  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000247348  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  44.69 
 
 
292 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  44.69 
 
 
292 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  39.04 
 
 
288 aa  216  4e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  41.96 
 
 
307 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2986  RNA polymerase factor sigma-32  44.57 
 
 
288 aa  216  4e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2978  RNA polymerase factor sigma-32  44.32 
 
 
293 aa  216  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  42.39 
 
 
287 aa  216  5e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  41.96 
 
 
311 aa  216  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  39.64 
 
 
280 aa  216  5e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  40.79 
 
 
285 aa  215  8e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  41.16 
 
 
285 aa  215  8e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  41.16 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0167  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.24 
 
 
289 aa  214  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  41.16 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3594  RNA polymerase factor sigma-32  42.03 
 
 
284 aa  214  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000215308  normal  0.0848762 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  40.29 
 
 
284 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  40.43 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  40.43 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>