More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene NSE_0341 on replicon NC_007798
Organism: Neorickettsia sennetsu str. Miyayama



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  100 
 
 
288 aa  585  1e-166  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  40.75 
 
 
297 aa  239  2.9999999999999997e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  41.52 
 
 
300 aa  229  5e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  44.91 
 
 
299 aa  229  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  46.55 
 
 
308 aa  226  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  45.04 
 
 
296 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  46.49 
 
 
301 aa  225  7e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  45.3 
 
 
303 aa  225  8e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  42.45 
 
 
297 aa  224  1e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  44.33 
 
 
296 aa  224  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  44.68 
 
 
297 aa  223  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  44.78 
 
 
295 aa  222  6e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.78 
 
 
299 aa  222  7e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.32 
 
 
340 aa  221  8e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  44.8 
 
 
306 aa  221  8e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  40.21 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  40.21 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.66 
 
 
303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  43.16 
 
 
299 aa  219  3e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  45.63 
 
 
303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  39.86 
 
 
298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  43.16 
 
 
299 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  43.62 
 
 
297 aa  218  6e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  43.51 
 
 
299 aa  218  6e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  43.62 
 
 
297 aa  218  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  43.62 
 
 
297 aa  218  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  45.25 
 
 
303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  43.16 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  39.04 
 
 
301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  41.64 
 
 
300 aa  216  4e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  42.2 
 
 
300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  43.16 
 
 
299 aa  215  7e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  43.56 
 
 
295 aa  215  8e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  43.77 
 
 
301 aa  215  8e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  42.5 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  42.11 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  43.91 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  40.78 
 
 
295 aa  214  9.999999999999999e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 
302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  44.87 
 
 
303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  42.21 
 
 
296 aa  212  5.999999999999999e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  43.17 
 
 
302 aa  212  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  39.86 
 
 
298 aa  212  7e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  39.52 
 
 
298 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  39.71 
 
 
299 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.7 
 
 
307 aa  209  3e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.7 
 
 
307 aa  210  3e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  38.91 
 
 
299 aa  207  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  39.78 
 
 
286 aa  206  4e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  40.57 
 
 
307 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.14 
 
 
290 aa  204  2e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  40 
 
 
307 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  41.28 
 
 
329 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.3 
 
 
285 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.29 
 
 
326 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2721  RNA polymerase factor sigma-32  41.73 
 
 
284 aa  189  4e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2594  RNA polymerase factor sigma-32  41.73 
 
 
284 aa  189  5e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  38.89 
 
 
280 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.85 
 
 
298 aa  187  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.91 
 
 
292 aa  188  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5158  RNA polymerase factor sigma-32  39.26 
 
 
284 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.900853  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5108  RNA polymerase factor sigma-32  39.26 
 
 
284 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149866  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4981  RNA polymerase factor sigma-32  39.26 
 
 
284 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0357  RNA polymerase factor sigma-32  39.26 
 
 
284 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108013  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  35.9 
 
 
284 aa  186  5e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  40.22 
 
 
285 aa  185  9e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.85 
 
 
289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  39.35 
 
 
311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  39.13 
 
 
280 aa  184  1.0000000000000001e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  39.3 
 
 
307 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.5 
 
 
285 aa  183  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.08 
 
 
305 aa  183  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0107  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1481  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3138  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  39.64 
 
 
285 aa  183  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  40.29 
 
 
281 aa  183  3e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0547  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118318  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0563  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2909  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  38.35 
 
 
285 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  39.05 
 
 
285 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  37.99 
 
 
285 aa  182  7e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5334  RNA polymerase factor sigma-32  38.15 
 
 
284 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.020248  normal  0.458128 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4062  RNA polymerase factor sigma-32  38.87 
 
 
285 aa  182  8.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  38.35 
 
 
285 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  38.35 
 
 
285 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  38.35 
 
 
285 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  39.35 
 
 
311 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  38.35 
 
 
285 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.15 
 
 
350 aa  181  1e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2116  sigma 70 family protein  39.7 
 
 
360 aa  181  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331512  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  38.08 
 
 
285 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2371  RNA polymerase factor sigma-32  38.77 
 
 
286 aa  181  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115405  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  39.35 
 
 
311 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  39.35 
 
 
311 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  38.46 
 
 
311 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>