More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_0114 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
292 aa  599  1e-170  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  80.14 
 
 
280 aa  478  1e-134  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  65.47 
 
 
279 aa  385  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  65.81 
 
 
282 aa  381  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  64.16 
 
 
284 aa  371  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  64.23 
 
 
280 aa  370  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  62.28 
 
 
285 aa  353  2e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  61.57 
 
 
285 aa  351  8e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  59.79 
 
 
285 aa  338  5e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  53.68 
 
 
286 aa  292  4e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  50.69 
 
 
307 aa  282  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  48.84 
 
 
307 aa  281  8.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.35 
 
 
307 aa  277  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  50.35 
 
 
307 aa  275  8e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  50.35 
 
 
299 aa  261  8e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  49.83 
 
 
300 aa  260  2e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  49.83 
 
 
300 aa  260  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  49.48 
 
 
300 aa  259  3e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  46.13 
 
 
308 aa  241  1e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  46.72 
 
 
299 aa  240  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  44.57 
 
 
300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  45.62 
 
 
303 aa  235  7e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.71 
 
 
340 aa  234  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  45.02 
 
 
299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  45.76 
 
 
302 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  45.05 
 
 
303 aa  230  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  45.07 
 
 
300 aa  230  2e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  45.05 
 
 
303 aa  230  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  45.39 
 
 
302 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  42.35 
 
 
297 aa  229  5e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 
297 aa  229  6e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  42.7 
 
 
296 aa  228  6e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  44.48 
 
 
295 aa  228  8e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.35 
 
 
299 aa  228  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  42.7 
 
 
299 aa  228  1e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  42.7 
 
 
296 aa  228  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  42.66 
 
 
299 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  41.99 
 
 
297 aa  226  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  41.99 
 
 
297 aa  226  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  42.35 
 
 
299 aa  226  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  44.64 
 
 
301 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  44 
 
 
295 aa  226  3e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 
299 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 
299 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  44.77 
 
 
303 aa  225  6e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  41.75 
 
 
296 aa  223  2e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  43.26 
 
 
299 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  43.62 
 
 
300 aa  224  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.19 
 
 
290 aa  223  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 
299 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.89 
 
 
389 aa  221  9e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.64 
 
 
303 aa  221  9e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  42.61 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2115  sigma-70 region 2 domain-containing protein  44.12 
 
 
326 aa  220  1.9999999999999999e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000423948  unclonable  0.00000794083 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  42.45 
 
 
306 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  44.29 
 
 
301 aa  218  8.999999999999998e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  42.34 
 
 
295 aa  215  9e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0477  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  46.1 
 
 
474 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0144971 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.27 
 
 
350 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1859  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.77 
 
 
356 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.539066  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2641  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.18 
 
 
322 aa  212  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535725  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1224  sigma 32 (RpoH)  42.18 
 
 
322 aa  212  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2735  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.18 
 
 
322 aa  212  5.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.96 
 
 
433 aa  212  7e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  42.49 
 
 
298 aa  211  9e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  41.58 
 
 
298 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  41.58 
 
 
298 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2545  RNA polymerase sigma-70  43.21 
 
 
357 aa  210  3e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0762323  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  42.66 
 
 
299 aa  209  3e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.93 
 
 
291 aa  209  6e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  41.7 
 
 
298 aa  206  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2116  sigma 70 family protein  43.75 
 
 
360 aa  206  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331512  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1549  sigma-70 region 2 domain-containing protein  43.01 
 
 
356 aa  206  4e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000354786  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2474  RNA polymerase sigma 70 family subunit  44.53 
 
 
321 aa  206  5e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632175  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  39.08 
 
 
297 aa  204  2e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  40.7 
 
 
298 aa  203  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  41.13 
 
 
300 aa  199  3e-50  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  42.5 
 
 
297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  40.6 
 
 
280 aa  196  4.0000000000000005e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  39.65 
 
 
282 aa  195  8.000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  37.91 
 
 
341 aa  194  1e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0356  RNA polymerase factor sigma-32  37.18 
 
 
372 aa  194  2e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000321506  hitchhiker  0.000547654 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  40.44 
 
 
281 aa  193  2e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  37.91 
 
 
287 aa  193  2e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.81 
 
 
289 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48070  RNA polymerase factor sigma-32  40.74 
 
 
284 aa  193  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.254094  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  40.22 
 
 
286 aa  193  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0626  RNA polymerase sigma-32 factor RpoH  38.66 
 
 
283 aa  193  3e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148614  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  38.06 
 
 
277 aa  192  5e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.71 
 
 
285 aa  192  5e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  41.01 
 
 
285 aa  192  7e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  40.36 
 
 
285 aa  192  7e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  39.55 
 
 
286 aa  191  9e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.55 
 
 
286 aa  191  9e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  39.57 
 
 
287 aa  191  1e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3171  RNA polymerase sigma-32 factor  38.41 
 
 
319 aa  191  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171654  normal  0.223351 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  39.93 
 
 
281 aa  190  2e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  39.64 
 
 
285 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2900  RNA polymerase factor sigma-32  38.69 
 
 
286 aa  189  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0400312  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  37.28 
 
 
285 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>