More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_0662 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 		 295 aa  607  1e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  72.45 
 
 		 295 aa  437  9.999999999999999e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  75 
 
 		 340 aa  432  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  70.5 
 
 		 299 aa  411  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  69.69 
 
 		 299 aa  412  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  70.46 
 
 		 296 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  70.11 
 
 		 296 aa  409  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  71.79 
 
 		 300 aa  408  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  70.24 
 
 		 299 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  70.57 
 
 		 299 aa  407  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  70.21 
 
 		 299 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  69.37 
 
 		 295 aa  409  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  68.29 
 
 		 296 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  70.46 
 
 		 297 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  73.99 
 
 		 303 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  73.63 
 
 		 303 aa  403  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  70.11 
 
 		 297 aa  402  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  70.11 
 
 		 297 aa  402  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  67.6 
 
 		 303 aa  401  1e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  69.86 
 
 		 299 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  69.15 
 
 		 299 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  68.55 
 
 		 299 aa  403  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  70.11 
 
 		 297 aa  402  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  68.51 
 
 		 308 aa  401  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  73.26 
 
 		 303 aa  400  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  67.58 
 
 		 301 aa  396  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  68.55 
 
 		 299 aa  395  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  66.44 
 
 		 298 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  65.41 
 
 		 299 aa  396  1e-109  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  66.44 
 
 		 298 aa  394  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  67.35 
 
 		 299 aa  397  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  66.44 
 
 		 298 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  65.64 
 
 		 300 aa  393  1e-108  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  64.97 
 
 		 298 aa  391  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  65.53 
 
 		 301 aa  390  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  66.55 
 
 		 301 aa  388  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  65.99 
 
 		 298 aa  388  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  66.56 
 
 		 302 aa  387  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  67.35 
 
 		 300 aa  389  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  66.67 
 
 		 302 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  62.41 
 
 		 303 aa  372  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  61.89 
 
 		 306 aa  368  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  45.58 
 
 		 300 aa  253  3e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  41.58 
 
 		 297 aa  253  4.0000000000000004e-66  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  45.91 
 
 		 286 aa  250  2e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.33 
 
 		 290 aa  248  8e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.13 
 
 		 298 aa  246  4.9999999999999997e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  46.18 
 
 		 293 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  43.11 
 
 		 297 aa  238  5.999999999999999e-62  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  45.07 
 
 		 307 aa  238  9e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  45.8 
 
 		 293 aa  237  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  42.81 
 
 		 307 aa  234  9e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.01 
 
 		 326 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.41 
 
 		 307 aa  232  5e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  45.91 
 
 		 311 aa  232  6e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.41 
 
 		 307 aa  232  6e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  45.91 
 
 		 311 aa  231  9e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  44.21 
 
 		 329 aa  231  9e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  46.27 
 
 		 279 aa  231  1e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.45 
 
 		 313 aa  230  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.78 
 
 		 305 aa  229  6e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.48 
 
 		 292 aa  228  8e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.82 
 
 		 291 aa  228  1e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  45.16 
 
 		 284 aa  227  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  44.57 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  45.14 
 
 		 311 aa  226  4e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.21 
 
 		 285 aa  225  5.0000000000000005e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  44.24 
 
 		 285 aa  224  1e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3894  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.85 
 
 		 313 aa  224  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.52 
 
 		 280 aa  223  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.12 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.12 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.12 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.37 
 
 		 285 aa  222  4e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  42.65 
 
 		 288 aa  222  6e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.95 
 
 		 313 aa  222  7e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  42.05 
 
 		 285 aa  221  9e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  43.33 
 
 		 288 aa  221  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  45.28 
 
 		 285 aa  220  3e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.11 
 
 		 285 aa  220  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.84 
 
 		 282 aa  220  3e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  43.96 
 
 		 281 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  44.64 
 
 		 290 aa  218  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.7 
 
 		 280 aa  218  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1694  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.96 
 
 		 314 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  41.4 
 
 		 291 aa  218  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  45.11 
 
 		 287 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  43.88 
 
 		 291 aa  218  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  44.7 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  44.64 
 
 		 290 aa  218  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  40.99 
 
 		 285 aa  217  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  40.99 
 
 		 285 aa  217  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  40.99 
 
 		 285 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  40.99 
 
 		 285 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  43.73 
 
 		 281 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3522  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.52 
 
 		 321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  43.94 
 
 		 286 aa  216  4e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0889  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.71 
 
 		 322 aa  216  4e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0236612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1256  sigma 32 (RpoH)  43.2 
 
 		 322 aa  216  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3171  RNA polymerase sigma-32 factor  43.31 
 
 		 319 aa  216  5e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171654  normal  0.223351 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>